巩固党基，是蒋介石念念有词的又一个党建任务。他所说的党基，主要不是讲国民党的阶级基础和社会基础，因为他是不愿意公开承认国民党的剥削阶级属性的；主要说的是组织建设。这也只能是一个空头支票，因为国民党组织建设的顽症是派系林立，内耗不止。究其根源，固然有历史的因素，但更主要的是，蒋介石带头结党营私，拉帮结派，使国民党内的派系斗争此起彼伏，久斗难了。可以这样说，自蒋介石把国民党领上执政党地位之日起，它的基础就已塌陷；而蒋介石多次搞的“整理党务”，整顿组织，实为打压党内异己力量的手段，结果是越整越乱，越治越散。
事例：
蒋介石为了攫取更多的权力，实行独裁统治，常常是主动挑起党内纷争。拉汪打胡也好，拉胡排汪也罢，扣胡风波也罢，基本上是蒋介石运用权术，挑起的纷争，而且他一次又一次地从中获得很多政治利益，应该说，派系林立，党内纷争不止的源头在蒋介石身上。他使用权术，攫取越来越多的权力，集党政军大权于一身，实行独裁统治，加剧了国民党内部的斗争。
派系林立，导致无序竞争，元气大伤。无序竞争，使国民党政治生活中，出现许多怪现象。１９３１年１１月，召开了三个国民党第四次全国代表大会，就是一大怪事。其缘由在于蒋介石急于想当总统，担心国民会议，不会通过设总统一职的动议，抢先发言，称“总统问题不必提，亦不应提”的谈话，引起政敌的不满，元老派胡汉民和太子派孙科联手发难，搞得蒋介石很狼狈，他指使特务将胡汉民扣押起来。由此引发了宁、粤纷争。
胡汉民被释放后，蒋介石、汪精卫、胡汉民在上海会晤，表示捐弃前嫌，“握手言和”，在上海举行的所谓和平会议，实为分赃会议，达成妥协，由南京国民党中央和广州非常会议分别召开国民党第四次全国代表大会，选出数量相等的中央委员。于是，宁方国民党四大在南京开幕。滑稽的是，蒋介石在大会上致开幕词的题目却是《党内团结是我们唯一的出路》，他高喊国民党要“精诚团结”，团结是这次会议的两大使命之一。同月，在广州也召开了一个国民党第四次全国代表大会，大会谴责蒋介石、张学良对日本的不抵抗主义，坚持必须以蒋介石下野为宁粤合作的先决条件。由于意见不一致，孙科、汪精卫率领他们的人马从广州的“四大”分裂出来，到上海，在汪精卫的主持下，于１２月，又召开了一个国民党“四大”，这样几乎在同一个月，宁、粤、沪三处开了国民党“四大”，真可谓开了政党会议的先河。
在国民党代表大会上，发生行刺风波，是国民党政治生活中的又一大奇闻。１９３５年１１月，在南京召开国民党第五次全国代表大会。在大会代表合影留念时，发生了枪击汪精卫的事件。在这里，暂且不议论行刺者的动机如何，只看此事件发生后，在国民党内所引起的相互指责、猜疑，就可以看到派系建成的隔阂根深蒂固。汪派一方，认为是蒋介石指使特务所为，理由是蒋介石在合影前，自己稍稍离开，再就是蒋介石有对政敌下毒手的劣迹记录。汪精卫的老婆陈璧君与蒋介石大吵大闹，说：“你不要汪先生干，汪先生就不干，为什么要派人下此毒手！”
再一大怪事，那就是国民党中央作出开除与恢复党政要员党籍之事，不胜枚举。谁掌控中央大权，就要下一纸开除、通缉对手的命令，而没多时日，又是同样的中央、同样的掌门人，下令为他们恢复党籍；当然也有这一派开除那一派党首的党籍，那一派开除这一派党首党籍的。之所以如此，因为在国民党内虽然派系林立，但没有定势，没有长久的朋友，也没有长久的敌人，只有永久的利益，今天桂系与粤系联合起来反对蒋系，明天，桂系又与蒋系联合起来倒粤系，派系纷争经久不息。蒋介石早就看出这一弊端，他在１９３１年召开的四大上指出，这几年来，内部纠纷不停，国民党支离破碎，“国民革命的生机几乎断绝”。如何解决，他没有办法。
派系具有天然的排他性，这种影响力从两个方向发展，一方面是圈外的排他，非本圈内的，一律排斥；另一方面，是圈内圈中的排他，在同一派系中，或因籍贯，或因学校，或因隶属，或因出身等等的不同，归根结底是利益关系的不同，在国民党这个特殊的政治土壤里，都可以生长出新派别，可以无穷地分裂下去。
这种排他性，一个突出的表现是相互掣肘。一方遇险或遇难，大多的情况下，不是相互支援，而是观望，幸灾乐祸，更有甚者，是落井下石，借刀杀人。在淮海战役中，蒋介石的嫡系杜聿明的３０万大军被解放军围困，危在旦夕，这是蒋介石嫡系中的嫡系。他心急如焚，下令调暂时归白崇禧指挥的蒋嫡系宋希廉部增援。白崇禧坚决不准宋离开，嘴里说大战区离不开宋希廉部，内心里却是希望蒋的嫡系损失。蒋奈何不得，眼睁睁地看着自己的王牌部队被消灭。
派系林立产生的离心力，使国民党军队濒临崩溃。蒋介石自成体系，排斥异己，党心、军心涣散，离心离德。在解放战争期间，国民党军队成建制地起义，起义当然主要是对