蒋介石独裁、内战的厌恶，但里面还有一个重要的诱因，那就是蒋介石厚此薄彼，打压、乃至千方百计地削弱非嫡系部队。在整个解放战争期间，国民党师以上的重大起义达６０余起，起义兵力达１１４万人，占国民党总兵力的１／７。如辽沈战役中，曾泽生部的六十军起义就是一个典型例子。曾虽然也是黄埔军校高级班学员，但由于他归属滇军，长期受压，１９４６年受命开赴东北，镇守长春。在此前不久，蒋介石对滇系进行了打击，改组云南政府、免去龙云的军政职务，滇系与蒋的矛盾加深。长春被围，国民党空投粮食，首先满足蒋介石嫡系部队新七军，引起曾部极大不满。在共产党的策反下，举行起义，蒋介石嫡系被俘或被歼。这里说的虽然是军队的起义，但率领起义的都是国民党员，没有他们的命令，起义是无法进行的。
派系使得党基塌陷，还表现在国民党内的民主派因不堪蒋介石的独裁与高压，不满国民党的腐败无能，而另组新的党派上。抗战胜利前夕和解放战争初期，国民党内的民主派秘密成立了三民主义同志会和中国国民党民主促进会。前者由谭平山、柳亚子、陈铭枢等人发起，后者的主要发起人是李济深、何香凝。可以说，这些人如同他们党的名称一样是国民党的促进派，很多是党内的精英。但他们为蒋介石的独裁统治所不容，不得不重新组建革命的新党派，以在人民民主革命中发挥更大作用。１９４７年年底、１９４８年初，国民党各民主派在香港大联合，成立中国国民党革命委员会，大会选举李济深、何香凝、冯玉祥、谭平山、蔡廷锴等十六人为常务委员，宋庆龄为名誉主席，李济深为主席，中国国民党的缔造者孙中山的夫人都在形式上离开了这个党，国民党的基础已经崩溃。
评析：
蒋介石把巩固党基作为组织建设的根本性任务，然而，在国民党内派系林立则是其组织上的顽症。
派系林立党基塌陷。第一，派系林立，导致无序竞争，元气大伤。在国民党政坛，你争我斗，此起彼伏，恶性循环。第二，派系具有天然的排他性，派系与派系之间相互排斥，派系又具有无限可分性，派中有派，圈中有圈，相互掣肘，拆台有余补台少有，各种离心力使国民党组织涣散，很难形成内聚力。第三，压制民主，排斥异己，使党内的民主精英难以栖身。第四，派系林立产生的离心力，使国民党军队濒临崩溃。蒋介石自成体系，排斥异己，党心、军心涣散，离心离德，到了国共两党大决战的时刻，自行瓦解。
派系林立固然有其历史上的因素，但根子在蒋介石，他在党内带头结党营私，形成以“蒋、宋、孔、陈”四大家族为核心的政治集团，自己带头搞派系、立山头，其他的政客必然效法；自己要扩张派系，不能真的去解决派系林立的问题。
派系林立的问题久治难愈，又一个根源在于，政治利益的驱动。各个政治集团为了获得更多的政治利益，或者也为了维护既得利益，需要拉帮结派尤其是蒋介石为了巩固自己的独裁地位，维护所代表的政治集团的利益，常常是主动挑起派系斗争，打压其他利益集团，这样势必促使其他派系的内聚力。即使打着维护党基的旗帜，别人也不会束手就范，这样的组织治理只能是越治越乱，越治越散。
派系林立的问题久治难愈，还有一个原因，那就是国民党缺乏严密、完善并且具有权威性的法律法规，政坛竞争始终处于无序的状态，权术成为重要的运行机制，派系林立既是这一政党政治的产物，又是这一政党机制用武之地的基础。
派系林立的问题久治难愈的根本原因，那就是叛变革命后的国民党已完全丧失革命性，成为腐朽没落阶级的政党，其阶级本性是结党营私、派系林立的总根源。