——政府各部部长名额减为22人（每个部长代表一个省）；
——成立咨询机构立法委员会，由共和国总统任命24位委员组成，其中12位由议会两院常务机构提名，12位由中央政府提名。
这些决定可以说是按照蒙博托将军的旨意宣布的。他已从幕后走到了台前。共和国总统的宪法权力使他成为这个多难的国家的元首，他的梦想实现了。同时，他清楚地认识到，他所面临的任务是何等艰巨，他的政敌在蠢蠢欲动。当然，这些都不能掩盖一个基本的事实；
政变成功使蒙博托登上了权力的顶峰。
家长、酋长、领袖
蒙博托是靠了军队才得以夺取政权的。然而，军事上的统一并不等于政治上的统一。蒙博托上台后，立即着手政治上的统一，同时对残余的分离主义分子进行军事上的打击。
1966年1月，蒙博托组织建立了“共和国志愿团”，作为建立一个全国性政党的过渡组织。他深深认识到，扎伊尔地大物博，人口众多，加之殖民统治分而治之政策的影响，必须建立一种统一的组织，确立一种统一的意识形态。他经常说：“一个家庭只能有一个家长；一个部落只能有一个酋长；一个国家只能有一个政党，一个领袖。”
这一宗旨成为蒙博托几十年执政的核心思想。
1966年4月6日，蒙博托将军发布通告，将刚果的21个省减为12个省。这12个省的划分是他打击分离主义、消除分离主义的措施。他注意到，在以往的分离活动中，每当发生地方纠纷时，这21个新建省份的一些实力人物总是插手进行干预，随之而来的就是离心活动的出现。
1967年6月4日，蒙博托又向全国颁布了新宪法。新宪法的一个重要内容是对全国的行政区重新划分。宪法规定全国设置24个地区，132个县市。为了对官员的职权加以严格限制，蒙博托还规定：各地区实行“回避”制度，即禁上政府官员在其所属民族地区工作。这一制度大大减少了地方民族主义和各种颠覆活动和分离活动的危险。
蒙博托对西方的多党制向来持怀疑态度。他认为，西方的多党制是“政治杂耍”，根本不符合扎伊尔的国情。1967年4月19日，蒙博托宣布成立“人民革命运动”党，自任主席，从而基本实现了在刚果历史上第一次一个政党和一个领袖的局面。全体公民均为人民革命运动的成员，组织遍布全国。这成了蒙博托控制国家的组织基础。
同年5月2O日，蒙博托在距离首都金沙萨（原来的利奥波德维尔）60公里的恩塞雷召开群众大会。正是在这次大会上，蒙博托提出著名的《恩塞雷宣言》，作为人民革命运动的党纲。宣言规定：
——人民革命运动是政治上组织起来的扎伊尔民族，所有扎伊尔公民生来就是人民革命运动的成员；
——人民革命运动是扎伊尔的唯一合法政党和最高权力机构；
——政府（即执行委员会）、议会（即立法委员会）和司法机构均为人民革命运动的工作机关；
——工人、青年、妇女等群众团体都必须无条件地接受人民革命运动的领导与监督；
——人民革命运动主席是法定的共和国总统、武装力量最高统帅和政府首脑。
《恩塞雷宣言》完成了三个任务。
第一，它确立了人民革命运动的性质，以及它作为扎伊尔惟一政党的地位。
第二，它确定了人民革命运动主席的地位和作用。
第三，它明确了人民革命运动的学说为扎伊尔民族的意识形态。
这样，《恩塞雷宣言》与6月4日颁布的新宪法第一次以政党宣言和国家法律的形式确立了蒙博托为党和国家惟一领袖的地位。他的权力得到了巩固。
蒙博托上台后，国内的一些不安定地区的叛乱分子仍在活动。这主要包括三支力量；控制着克韦卢和东方省某些区域丛林地带的散巴人、一些仍然忠于冲伯政权的“加丹加人”和1964年叛乱的领导人皮埃尔·缨勒尔的追随者。
1966年，蒙博托首先解决了散巴人的问题。刚果国民军在收复了叛乱地区后，于5月7日宣布解除了散库鲁省、卢卢阿堡省和洛马米省的紧急状态。当年年底，8OO名散巴人叛乱分子在基桑加尼（原名斯坦利维尔）以北8O公里处向政府军投降。
两个月以后，外国雇佣军和马卡团的加丹加宪兵突然在基桑加尼发动兵变。这天，蒙博托接到报告：他的亲密伙伴恰奇上校被叛乱的加丹加宪兵杀害了。7月底，加丹加宪兵又占领了伊西罗（韦累），南加丹加省长戈德弗鲁瓦·穆农戈在内政部长艾蒂安·戚希克迪的协助下，竭尽全力平定叛乱，双方战斗十分激烈。
蒙博托决定派博布·德纳尔上校前往增援。博布·德纳尔上校以骁勇善战著称，在他的率领下，刚果国民军于9月25日向叛乱的加丹加宪兵和雇佣军发起猛烈的进攻。在国民军凌厉的攻势下，9OO多名叛乱宪兵向政府投降。随后，博布·德纳尔上校