玉器的颜色分为两类：一类是材质本身的颜色，也就是玉矿之色，常见的有白色、灰白色、绿色、天青色、黄色、黑色，这些颜色的形成同玉材中所含的微量元素有关；第二是玉器制成后出现的颜色变化，这是古玉研究中令人关注的问题。
玉器制成后发生的色变有下列几种：
１、玉材在空气中的氧化。玉材暴露于空气中会产生风化，主要的变化是氧化，如人们在相玉时，经常需要透过玉璞去猜测里面的玉色，而多数玉璞的外皮与内部玉料成色不一致。从岩石学角度上看，玉璞外皮与内核为同一种岩石，成色上的差异是由风化造成的。台湾大学的一位地质学家在河床中采集玉璞时遇到这样的情况，玉璞的上半部暴露于空气中，带有赭色薄膜，下部长期浸于河水内，呈玉的原色（邓淑苹：《仿伪古玉研究的几个问题》）。这些情况说明，玉材在空气中是会出现风化或颜色上的变化，但这种风化和颜色变化视材质的细密程度而不同，质地坚细的玉料所产生的风化要小，或者不产生变化，质地松散的产生的变化较大。还有很多被采集到的玉籽，表面莹润，几乎没有色泽上的变化。玉材在空气中被氧化而产生的色变的过程是非常缓慢的，一些玉器在自然状态下置放数百年，表面色泽几乎没有变化，故宫博物院存有一批明代玉带板，其中一些白玉光素带板，可能为明代前期的作品，表面颜色已经发暗，局部呈灰黄色，应该是空气中含氧气体侵蚀所产生的颜色变化。据此我们可以推断，玉器在自然状态下置放五百年左右，一些玉的表面或可产生可辨识的微小色变，这种色变往往发生在某些白玉、青玉制品上。
２、玉器在墓葬中产生的颜色变化。古墓中出土的古玉器，多数都带有颜色变化，变化产生的原因，可能是由墓中随葬物所含化学成份所致，也可能受土壤中化学成份的侵蚀所致。对这一问题，古人曾给予了很大的注意，称为‘沁色‘，意即墓中或土壤中的某些成份渗入或沁入了玉中，使玉产生了色变，现代人借用古人语言，也使用了‘沁色‘这一词语。
３、人工盘摩。玉器制成后，经过使用者一定时间的手工摩擦，或与人体的长期摩碰。表面光泽会更润，透明度会略强，尤其是入过土的古玉器，经过盘摩，颜色还会产生变化。邓淑苹先生在《仿伪古玉研究的几个问题》中指出，有些玉的红色是‘入土变沁后，又经盘摩，逐渐转变的‘熟红‘‘（邓淑苹《传世古玉辨伪与鉴考》）。
４、人工染色。对玉的人工染色是非常古老的工艺，只要存在着对古玉颜色的追求，就存在着人工染玉的可能。最初的人工染玉仅是追求玉器美感，随着伪古玉的出现，玉染色便成为仿古做旧的重要手段。有材料说明，宋代的仿古玉制造中已经采用了人工做旧的方法，这种方法在明、清两代又有重要发展，时至今日，伪古玉制造泛滥，人工染色又成为仿伪做旧的主要手段。
下面是几种主要玉色的识别简要：一般来看，玉的本色是较易识别的，主要有青、白、黑、黄、绿等颜色，而人工染色与玉的色变却非常以难以识别，在玉器鉴别时，往往遇到人工染色，沁色及玉本色相互类似的现象，这就需要识玉者认真进行分辨，这类现象主要有下列几种：
１、黄斑与土沁
一些青玉、白玉制品往往带有黄斑，这些黄斑可分为玉皮色、沁色、染色三类。玉皮色是玉材表皮原有的颜色，这种颜色是玉材在空气中风化所致，可分为两种，一种是年久风化，玉的表皮已槽朽，形成较厚的皮层，皮层往往呈深黄、暗赭等色，也就是人们常讲的玉璞之皮，从玉璞的外面已很难了解内里的玉色。另一种风化时间较短，表面仅呈膜状，常出现于玉籽上，从外面常能透出里面的玉色。一些出土硬度玉上也带有这种黄斑，《格古要论》一书记载：‘尝见菜玉连环上俨然黄土一重，并洗不去，此土古也。‘也就是说这种黄色是玉器在土内埋藏所致，按照古人的说法，这种玉经盘摩后，颜色变化更为复杂，孔尚任在《享金薄》中谈及古玉沁色：‘汉玉羌笛，色甘黄如柳花，为汉器无疑，全体光莹，不沾汗浆，亦无土花‘，‘雷纹汉玉环，径二寸，内好相等，包浆熟润若凝酥也‘。这里谈的汗浆、包浆，都是讲的玉沁色后又经盘摩而致。其实，在考古发掘中很少能见到带有黄色沁色的玉器，个别玉器上的黄色斑，很可能是原来的玉皮，传世玉器上带有的黄色斑块，往往是人工染色，因而遇到带有黄色斑的玉器，应认真分辨。
２、黑斑与水银沁
青白色玉料中常有局部的黑色，这是‘白玉或青白玉的单晶料子之间，夹杂大量石墨所致‘。（邓淑苹《传世古玉辨伪与鉴考》）。这类玉材大致有几种，一为黑色墨点存于透度较高的青白玉间，人们称为芝麻斑，汉代玉器至明清玉器中都有这类玉料使用。现代仿古玉也采用这类玉料。二为局部的浅淡墨色，其色深浅不一，有浓淡变化。三是纯黑如漆，在玉中形成斑块，黑色与白色界线分明。
古人把某些玉器上的黑斑称为水银沁，认为是玉材受到了土壤中的水银沁入产生的色变。其实，被称