队则转移到了总参谋部的旗下，由总参谋部负责指挥军队作战。而总参谋部是由军人组成的，并且直接听命于国家元首。因此，军队在战争时期就完全变成了一架战争机器，在国家元首的统帅下作战，而实际操作中，国家元首一般把军队的作战指挥权交给总参谋长负责的，即交给军人！
当然，这不是说国防部在战争期间就没有作用了，而总参谋部在和平时期就是个摆设，这两个部门也有着自己的本质工作。比如，国防部在战争时期的任务就是负责征召新的部队，并且负责采购军备，管理军费，以及负责军人的福利待遇。而总参谋部在和平时期的主要任务就是训练军队，对军官进行考核，以作为国防部任免军官的依据。当然，组织军队演习，以及策划作战行动，这些仍然属于总参谋部份内的事情！
其实，这套军事制度己经在很多国家实行了数百年的时间了，而历史也证明，只有将军政分离的制度，才能够保证军队是由政府控制的，而不是由将军控制的！这其中，就涉及到了将军的权限问题，特别是在和平时期的权限问题！
在新的制度下，将军在和平时期都没有指挥与调动军队的权力，这个权力掌握在国防部的手里，而将军的责任只是执行国防部的命令。在没有命令的情况下，将军没有任何权力调动与指挥军队！因此，军队最高的指挥权是掌握在国防部手里的，而将军则是由国防部根据实际的情况临时任免的！而这也就限制了某一个将军在某一支部队里建立自己的势力基础的事情发生，同时也将将军与军队分开了！
当然，从战争的角度来讲，这种办法一点都不可取，任何一名优秀的将军，要想在战场上取得胜利，就必须要充分的了解自己所率领的军队，没有任何一个优秀的将军是在不了解自己率领的军队的情况下获得胜利的！而这种将将军与军队分隔开来的做法，只能让将军对军队不了解，那么用什么来指望将军们会在战场上有更好的表现呢？
为了解决这一问题，所以在总参谋部设立了一个新的作训处，而这个部门的任务就是在平时集中将军进行学习，并且调查与汇总各部队的情况，好让每位将军都能够掌握每一支部队的情况！而这也是中国军事制度与西方国家军事制度中区别最大的一个地方。虽然在很多西方国家也有着同样的军事部门，或者是类似的部门。但是，在大部分国家中，作训部门是由国防部管辖的，而不是设在总参谋部下面！
这也引出了一个新的问题，即国防部与总参谋部的平衡问题！以往，很多国家其实是把国防部放在更高的位置上的，甚至于，总参谋部只是国防部的一个下设机构而已。但是，中国却是把国防部与总参谋部放在了同样的高度上。将作训部门编在总参谋部旗下，就是起到了这个作用，而总参谋部也由四部门（作战，后勤，情报，人事）制变为了五部门制。
这其实就是一种微妙的权力制约，毕竟中国的政治制度与西方国家还是有差别的，即使是柯敏明的改革行动获得了圆满的成功，这个区别也不小，比如中国的国家元首在国家权力机构中的地位就更加重要，而且权力也更大！加强总参谋部的地位，其实就是让国家元首有了一个多的选择，在国防部之外，他还可以选择参考军人的意见！
从当时的情况来看，如果把总参谋部的权力过于压缩的话，会产生更大的反对力量，柯敏明也认识到了这一点，毕竟改革的重点是政治改革，军事改革本身就是为政治改革服务的。所以，保证一部分军人的权力，这本身就是改革派政治利益的必要手段！
军事改革的第四点虽然在当时看来不很重要，但是却产生了更深远的影响，即中国的兵役体制改革！以往，中国实行过义务兵役制，在２１世纪逐步实现了志愿兵役制。但是，中国的志愿兵役制本身是不完善的，这与中国以往的军事制度有着很大的关系！从这个角度来看，兵役制度改革，其实是其他军事改革的延续与拓展，是一个自然的结果！
以往，中国军队中的普通士兵的服役年限是不受到限制的，特别是在成为甲等军士长之后，就可以一直在军队中服役，直到退役年龄，而在退役之后也可以获取政府的补贴！而军官也基本上是同样的情况，只不过各级军官的退役年限并不一样。最特殊的是普通士兵，其服役年限为六年，如果在这六年中没有成为军士或者是军官的话，那么就必须要退役，当然，在退役的时候会领到一部分津贴，但并不是终身领取！
这种兵役制度的直接后果是国家的军费负担变得极为沉重！比如，一名甲等军士从２０岁干到５０岁退役的时候，国家会为他支付至少２５０万的津贴，而且还会在以后每年提供７万的津贴！军官的待遇还要稍微高一点，而每一年，中国政府的军费预算中，至少有１/３用到了这上面来！而在战争结束之后，大部分普通士兵都已经成为了军士，军官的数量也大为增加，如果这些人今后退役，或者是现在退役的话，那么国家的军费开支将有超过２/３要用来支付军人的津贴！
正是在这种压力下，魏明涛就提出了兵役制度的改革方案。当然，这个方