就在陈恭澍特务组准备刺杀汪精卫的那段日子里，蒋介石发现武汉的日军正在蠢蠢欲动。他从种种迹象判断，日军即将进攻南昌。
冈村宁次进入武汉不久，就有了一种危机感。他在武汉会战中出任第十一军司令官，上任之初，急功近利，致使部队损兵折将，进展不力，因而深深自责。又因派出松浦师团孤军冒进，导致天皇为陷入万家岭重围的三万日军而心焦，畑俊六大将亲自插手指挥，仍然未能挽救一个整师团被薛岳吃掉的命运，冈村自然受到很大刺激，变得小心谨慎。会战结束之后，他担心中国第三战区与第九战区相互呼应，一起发动攻势，第五战区在江北响应，有可能将他的第十一军困在武汉。
冈村发现，薛岳这个可怕的对手，正在积极部署修水方面的战线。南昌，这个南浔铁路和浙赣铁路相交的省会城市，令冈村觉得如鲠在喉。他急于在他曾经大为丢脸的南浔线战场捞回一点资本。
1939年1月的最后一天，畑俊六同意了冈村的作战方案，决心铲除南昌这个巨大的威胁。发起攻击的日期，确定在3月20日。
日军的动向刺激了蒋介石，他认为先下手为强。1939年国际妇女节那一天，他向薛岳发出命令：第九战区为确保南昌及其后方联络线，立即转为攻势，以打破日军的企图。但是，薛岳已经懂得不能盲目服从蒋介石，他说部队正在整训，需要补给，提请延期发动攻势。
薛岳正在忙于布防。他在江西和湖南的北部，部署罗卓英的第十九集团军防守南昌地区；王陵基的第三十集团军防守武宁地区；樊崧甫的湘鄂赣边区挺进军第八军在武宁以北横路附近占领防御阵地；汤恩伯的第三十一集团军守备湖北南部和湖南北部；卢汉的第一集团军及俞济时的第七十四军控制长沙、浏阳和醴陵地区，为机动部队。
在日军将领中，冈村宁次不仅自负，而且较有头脑。南昌会战紧随武汉会战之后，是日本华中派遣军的第一个大规模攻势，冈村居然做出决定：不用精锐部队，让败军第一○一师团和第一○六师团担任主攻。这个决定在日军中引起轩然大波。松浦师团在万家岭战役中遭到毁灭性打击，是日军最弱的部队，师团长换成了中井良太郎。而第一○一师团从上海打到江西北部，大伤了元气，又在万家岭丢了两个联队，师团长换成了斋藤弥平太，冈村让他们攻打南昌，连东京大本营都强烈反对。可是冈村一意孤行，不愿改变。
为了南昌会战，冈村一共调用三个师团和一个混成旅团。除了将上述两个弱势师团用于正面攻坚外，他将精锐的稻叶师团单独用于武宁正面，将藤堂高英的独立第十四混成旅团用作占领军。
冈村并非不在正面使用精锐的部队，只是不用精锐的步兵。他集中使用战车与炮兵，组建一支强大的机械化攻击纵队，这才是他所需要的精锐。
他的这种做法，改革了日军的传统。日军一贯将战车分散到各个步兵师团分割使用。这一次，冈村打破常规，集中了七十六辆八九式中型战车和五十九辆九四式轻型战车，独立编组为一个战车队，用作突破兵力，并以装甲汽车装载一个步兵大队协同作战，实力相当于两个战车团。加上工兵、步兵和其他特种兵，这个战车群几乎就是一个完整的装甲师。另外，冈村还指定第三飞行团的第四十五战队专为战车队提供空中支持，并派侦察中队连续探察守军动态。这个战车群，具备完整的地空协同作战条件。
冈村在主攻方面集中机械化兵力，形成优势，在助攻方面佯动佯攻，钳制守军。他把日军主渡河点选在河流向己方凸出、对岸交通便利的地方，既便于渡河前兵力调动和集结，又便于渡河后向纵深发展。而守军在修水南岸的防线，未能形成纵深，一点被突破，全局就被动。守军撤退时又没有彻底破坏交通，致使日军机械化部队快速突进。
冈村对这次部署自鸣得意，后来在回忆录中自吹自擂，说他集中使用战车比德军还早。其实，他的战车观是第一次世界大战时就有的，那时候，协约国就是用战车群正面突破德军壕沟，继而在步兵掩护下扩大战果。何况，日军的战车并不难摧毁，其质量差在第二次世界大战中是出了名的，用小口径的战车防御炮就能对付。
遗憾的是，中国军队的战防炮部队还处在实验阶段，多半还在学校里集中训练。原本应该编在各步兵师的战防炮连，被集中编为独立团，部署在后方，就不能发挥功效了。
徐州会战中，日军曾大量使用战车，守军将领杜聿明是装甲兵团司令，把整训中的第五十二炮兵团所辖的各个战防炮连调归第五战区，分配到各师作战。这些操作二十公厘苏罗通小炮的战防炮兵，头次上阵便取得战绩，据保守估计，共摧毁日军战车三十多辆。这次南昌会战，日军也折损了近二十辆战车。
冈村将炮兵集中使用，也打破了日军的传统。日军一向将个别野战重炮兵联队分配给步兵师团，这一次，冈村将四个一五○野战重炮兵联队、两个七五野战炮兵联队、一个七五山炮兵联队和一个一五○加农炮攻城炮兵大队编入第六炮兵旅团，使得这个旅团