（一）历史问题
历史问题是中日关系中敏感的政治问题。如何认识和对待日本军国主义侵略中国的历史，早在一九七二年中日邦交正常化谈判时就是焦点，在中日联合声明和中日和平友好条约中有明确表述，是事关中日关系政治基础的重大原则总量。中方历来主张“以史为鉴，面向未来”，愿意在尊重历史的基础上，发展两国人民世代友好。但前提是必须正视和承认历史。１９９８年江泽民主席访日时，全面、深入、系统地阐述了中方原则立场。日方首次承认对中国的侵略并表示深刻反省和道歉，并与中方共同确认正确认识和对待历史是发展中日关系的重要基础。另一方面，日本极少数右翼势力否定、美化侵略历史的活动仍时有发生，主要表现在：通过炮制历史教科书宣传反对史观、政府阁僚甚至首相参拜靖国神社、右翼势力不时发表否认和美化侵略历史言论、举行为军国主义张目的集会等。
２００１年以来，连续发生历史教科书问题和靖国神社问题，对中日关系形成严重干扰。中方对此及时进行了必要斗争，敦促日本政府以实际行动履行在历史问题上的表态和承诺，并对极少数右翼分子严加约束，以正确的历史观教育国民。１０月，小泉首相对华进行工作访问，参观了卢沟桥抗日战争纪念馆，对在日本侵华战争历史中牺牲的中国人民表示道歉和哀悼，强调日本要反省历史，决不再发动战争。２００２年４月，小泉首相再次参拜靖国神社，给中日关系带来新的干扰。２００５年６月，靖国神社发表声明说，不会将二战后被远东国际军事法庭判处死刑的14名甲级战犯的牌位从靖国神社移走，并宣称之所以作出这一决定，是因为远东军事法庭给这些战犯所定罪名依旧存有争议。
（二）台湾问题
台湾问题涉及中日关系的政治基础。二次大战后，根据《开罗宣言》和《波茨坦公告》，日本台湾及澎湖列岛等归还中国。当时的中国政府曾派员于１９４５年１０月２５日在台北接受日方投降并向全世界宣告收复台湾。此后，日在追随美国承认台蒋的同时，实际上一直把“台湾归属未定论”作为对华政策的一项基本原则。１９７２年，在“尼克松冲击”和日国内强大压力下，田中角荣、大平正芳等日本政治家顺应民心，加速了中日邦交正常化的进程。田中内阁明确表示充分理解我提出的复交三原则，即中华人民共和国是代表中国的唯一合法政府；台湾是中华人民共和国领土不可分割的一部分；“日蒋和约”是非法的、无效的，必须废除。经过反复谈判，１９７２年９月２９日签署的《中日联合声明》第三条载明，“中华人民共和国政府重申：台湾是中华人民共和国领土不可分割的一部分。日本政府充分理解和尊重中国政府的这一立场，并坚持遵循《波茨坦公告》第八条的立场”。上述表明，中日两国之间围绕台湾地位问题已通过邦交正常化从政治上得到了结，双方就日台关系的性质和处理原则达成谅解。
中方关于日台关系的立场是明确的，即对日台开展民间往来不持异议，但坚决反对进行任何形式的官方往来，搞“两个中国”或“一中一台”，要求日方明确承诺台湾不包括在日美安全合作范围之内。１９９８年底江主席访日时全面阐述了我对台湾问题及日台关系问题的原则立场,日方再次作出重要承诺。小渊首相访华期间进一步表示，日方将切实遵循在《中日联合声明》中阐明的立场，并坚持遵循《波茨坦公告》第八条。日本不会也不可能参与支持台独。中国只有一个，海峡两岸的问题应由中国人自己通过对话和平解决。
２００１年日本政府允许李登辉以治病名义赴日，损害了两国关系，中方进行了严肃斗争，要求日本政府严格遵循《中日联合声明》、《中日和平友好条约》和《中日联合宣言》的原则精神，妥善处理好这一问题，维护中日关系大局。
（三）钓鱼岛问题
钓鱼诸岛位于中国台湾省基隆市东北约92海里的东海海域，是台湾省的附属岛屿，主要由钓鱼岛、黄尾屿、赤尾屿、南小岛和北小岛及一些礁石组成。
钓鱼诸岛自古以来就是中国的领土，它和台湾一样是中国领土不可分割的一部分。中国对钓鱼诸岛及其附近海域拥有无可争辩的主权。我国的这一立场有充分的历史和法律依据。
早在明朝初期，钓鱼诸岛就已明确为中国领土，明、清两朝均将钓鱼诸岛划为我国海防管辖范围之内，并非“无主地”。１８９５年日本趁甲午战争清政府败局已定，在《马关条约》签订前三个月窃取这些岛屿，划归冲绳县管辖。１９４３年１２月中、美、英发表的《开罗宣言》规定，日本将所窃取于中国的包括东北、台湾、澎湖列岛等在内的土地归还中国。１９４５年的《波茨坦公告》规定：“开罗宣言之条件必将实施”。同年８月，日本接受《波茨坦公告》宣布无条件投降，这就意味着日本将台湾、包括其附属的钓鱼诸岛归还中国。但１９５１年９月８日，日本却同美国签订了片面的《旧金山和约》，将钓鱼诸岛连同日本冲绳交由美国托管。对此，周恩来总理兼外长代表