中国政府郑重声明，指出旧金山和约是没有中华人民共和国参加的对日单独和约，不仅不是全面的和约，而且完全不是真正的和约。中国政府认为是非法的，无效的，因而是绝对不能承认的。１９７１年６月１７日，日美签订“归还冲绳协定”时，这些岛屿也被划入“归还区域”，交给日本。对此，我国外交部于１９７１年１２月３０日发表声明，强烈谴责美日两国政府公然把我钓鱼诸岛划入“归还领域”，严正指出“这是对中国领土主权明目张胆的侵犯。中国人民绝对不能容忍。“美日两国在‘归还‘冲绳协定中，把我国钓鱼岛等岛屿列入‘归还区域’，完全是非法的，这丝毫不能改变中华人民共和国对钓鱼岛等岛屿的领土主权”。其后，美国国务院发言人表示，“归还冲绳的施政权，对尖阁列岛（即我钓鱼岛）的主权问题不发生任何影响”。
鉴于日方在钓鱼岛问题上有不同主张，我国政府从发展中日关系出发，在坚持我一贯立场的前提下，与日方达成了此问题留待以后解决，不采取单方面行动，避免这一问题干扰两国关系大局的谅解。
日右翼分子在钓鱼岛问题上不断制造事端。我均通过外交途径向日方提出了严正交涉， 日方表示日本政府的基本立场是既不参与，更不支持右翼团体的行为，右翼的行为有害日中关系发展，也背离了日政府立场。
（四）日美安全合作问题
１９９６年日美发表“安全合作共同宣言”，并据此开始修改１９７８年制订的“防卫合作指针”。１９９７年９月，日美正式确定防卫合作新指针。日本国会审议通过新日美防卫合作指针相关法案，标志日美强化安全合作的新体制基本就位。对此，我关注焦点一是其涉台问题，二是日本的军事走向。我迄今通过各种渠道多次表明了我严重关切和有关立场。
１９９９年７月，小渊首相访华期间向我重申并表示日美安保体制完全是防御性的，不针对任何特定国家或地区。日美新防卫合作指针相关法案不会超出日美安保条约的目的和范围。法案明确规定自卫队的活动需经国会批准，对外不得行使武力或以武力相威胁。对于是否发生“周边事态”以及应采取什么措施，日方将从确保自身国益出发，自主做出判断，同时认为同中国保持友好关系是日本的重要国益。日本基于对过去历史的反省，将坚持在和平宪法下走和平国家的道路。坚持“专守防卫”政策，遵守无核三原则，坚持不做军事大国。我强调，台湾是中国领土不可分割的一部分，任何直接或间接把台湾纳入日美安全合作范围的作法都是中国政府和人民坚决反对和不能接受的。日方应以实际行动体现迄今的郑重承诺，并以令人信服的方式消除包括中国在内的亚洲邻国对日本未来军事走向的疑虑和不安。
（五）战争赔偿问题
日本过去的侵华战争给中国人民造成了深重灾难。“前事不忘，后事之师”。我们应牢记这段惨痛的历史。同时应该看到，发动这场战争的责任主要是少数军国主义分子，广大日本人民也深受其害。我们党和政府历来主张把少数军国主义分子与广大人民区分开来。日本政府在1972年中日邦交正常化谈判时，明确表示痛感过去由于战争给中国人民造成的重大责任并对此深刻反省。在此前提下，我国政府从国家根本利益出发决定放弃对日本的战争赔偿要求，并载入１９７２年中日两国签署的《中日联合声明》。１９７８年，五届全国人大常委会第三次会议批准的《中日和平友好条约》再次以法律文件的形式确认了放弃对日战争赔偿要求的决定。我国政府将继续坚持《中日联合声明》的立场，但日本侵华战争的一些遗留问题，至今仍构成现实的危害，如日本遗弃在华化学武器、强征“慰安妇”及强征劳工等问题，我国政府始终从维护我正当权益、保护人民群众利益出发，要求日本方面认真对待，妥善处理。
（六）关于日本遗弃在华化学武器问题
日本遗弃在华化学武器是日本军国主义侵华战争期间犯下的严重罪行之一，也是中日间亟待解决的现实问题。日本在侵华战争期间，公然违反国际公约，使用化学武器，造成大量中国军民中毒伤亡。日军战败时为掩盖罪行，毁灭证据，将大量化武就近掩埋、遗弃。到目前为止，在中国十几个省市自治区三十余处发现了日本遗弃化武。由于这些遗弃化武已经过半个多世纪的风雨侵蚀，锈蚀严重，有的已发生泄漏，对中国人民的生命财产安全和生态环境造成了严重威胁。
为减少日本遗弃化学武器伤害当地人民群众，中国政府早在上个世纪五十年代初期就开始收集和掩埋工作。随着国际形势的变化和中国地位的提高，中国政府在上世纪八十年代后期正式向日本政府提出交涉，要求日本政府解决这一问题。经过多轮谈判和现场确认，日本政府承认在中国遗弃了大量化武。1999年7月30日，中日两国政府在北京签署了《关于销毁中国境内日本遗弃化学武器的备忘录》。日本政府在《备忘录》中表示铭记《中日联合声明》和《中日和平友好条约》精神，认识到解决这一问题的紧迫性，并承诺履