干才尚且难以尽责，何况范志完是一个大言不惭毫无军事才能的人！为什么周延儒会把如此重要的岗位交给范志完，其中必然有不可告人的内幕交易。一旦事发，这两个人都难以辞其咎。
果然，清军从长城的墙子岭要塞突破，攻陷蓟州、北京附近地区。这是范志完的重大渎职事故，官员们弹劾他疏于防范、贪婪无能，要求严加惩处。朱由检考虑到敌军未退，责令他戴罪立功。但是他戴罪而不立功，胆怯之极，始终不敢与清军决战，听任他的军队尾随清军，到处抢掠。
山东武德道兵备佥事雷演祚向朝廷揭发，范志完纵兵掠、克扣军饷，贪腐渎职，就是这样一个无德无才之徒，通过勾结“大党”，从一个小官骤然升为总督。如果没有周延儒这个“大党”为后盾是不可想象的。他把矛头指向周延儒：“座主当朝，罔利曲庇，只手有燎原之势，片语操生死之权，称功颂德，遍于班联。”朱由检召见雷演祚，当面听取他的揭发，下令逮捕范志完。
崇祯十六年（1643）七月初八日，朱由检召开御前会议，要雷演祚与范志完当面对质。
朱由检问雷演祚，他奏疏中所说“称功颂德，遍于班联”指的是谁？
雷演祚回答，是周延儒。并且说，周延儒招权纳贿，自以为有功，乘考选科道官之机，网罗门生。通过幕僚董献廷之手，卖官鬻爵，凡是求得巡抚、总兵官职的，先行贿董献廷，用两根玉带、十三颗珍珠作为暗号；如果成功，便有巨额贿赂送到周延儒家中。
御前会议的结果，范志完因纵兵掠、贿赂朝廷政要等罪状，判处死刑。由于牵涉周延儒“招权纳贿”的种种劣迹，朱由检决心查个水落石出。
兵科给事中郝揭发吏部文选司郎中吴昌时，作为周延儒的干儿义子，窃权附势，纳贿行私，凡是内阁票拟、国家机密，事事都预先知道。这不仅渎职，而且过于肆无忌惮。郝如此分析周延儒的内心世界：由于过多而无法刚直，虽然智谋足以掩盖过失，毕竟缺乏谋国的忠心；一心想依附于君子，而又不肯屏弃小人。面对忠直之人表面援护，而实质疏远；面对邪佞之人表面亵慢，而实质亲昵。因此辜负皇上知遇之恩，耽误封疆安危。他的结论是：周延儒是天下的罪人，吴昌时又是周延儒的罪人。
这话一点也不错。吴昌时这个复社成员，成事不足败事有余，连他的同社盟友吴伟业也说，此人过于贪利，醉心于升官发财，自以为协助周延儒复出有功，专擅权势，周延儒反而为他所累。
御史蒋拱宸的揭发更加令人震惊。吴昌时作为周延儒的亲信，与董廷献狼狈为奸，贪赃难以数计。有一场科举考试，周延儒录取了不少亲戚以及用重贿买通关节的人，都是吴昌时为周延儒经办的。周延儒的弟弟周肖儒、儿子周奕封公然榜上有名，毫无顾忌，以至于没有文化的“白丁”以及充满铜臭的商人，都利用贿赂，夤缘登榜。贪横到了如此地步，心目中哪里还有朝廷的法纪！最让皇帝不能容忍的是，吴昌时竟然“通内”——买通宦官打听宫内机密。朱由检把蒋拱宸的奏疏放在书桌上反复审阅，亲笔写下朱批。为了不让宦官泄密，把奏疏放在自己的袖子里，他要严惩吴昌时，进而严惩周延儒。
对吴昌时的审讯非常特别，是所谓“廷审”——在宫殿里由皇帝主持审问。崇祯十六年（1643）七月二十五日，朱由检郑重其事地身穿素服，带着两个儿子来到中左门，内阁、五府、六部等官员早在那里恭候了。
朱由检声色俱厉地喝令吴昌时上前，要他交代“通内”的情节。
吴昌时矢口否认：祖宗制度规定，勾结宦官者处斩，法律极为森严，臣下虽然不才，怎么能犯这种错误？
朱由检命蒋拱宸当面对质，不料蒋拱宸在奏疏中说得头头是道，一见这样森严的场面，吓得浑身发抖，匍匐在地，说不出一句话。
吴昌时见到这种情景，口气更加强硬：皇上一定要把这一罪状强加于臣，臣不敢违抗圣意，自然应该承受。如果想屈打成招，绝对不可能。
听到这些话，朱由检火冒三丈，命令宦官准备严刑拷打，逼他招供。内阁辅臣蒋德璟、魏藻德出面劝阻，历来没有在宫殿里面对犯人用刑的先例，建议把吴昌时交给司法部门审问。
朱由检立即把他们驳了回去，振振有词地说：此辈奸党，神通广大，离开此地，还有谁敢公正审讯？他的潜台词是，吴昌时牵涉到周延儒，司法部门碍于人事关系，很难公正审讯。蒋德璟、魏藻德只得退一步，请求不要用刑，因为在宫殿用刑，实在是三百年来从未有过的事。
朱由检这个皇帝却并不拘泥于什么“祖宗法度”，反驳说：吴昌时这厮，是三百年从未有过的人！一记闷棍，把蒋、魏二人弄得哑口无言。
于是“三百年从未有过”的事情上演了。宦官对吴昌时动用酷刑，把他的两腿胫骨夹断，情况极为惨酷，哀号之声响彻殿陛之间。在场的人莫不为之暗暗叹息：呜呼，国家元气丧失殆尽了。由于吴昌时已经昏迷不省人事，朱由检命令把他押入锦衣卫监狱。
不久，朱由检指示刑部、都察院、锦衣卫，以“把持朝政，奸狡百端”的罪名，把吴昌时斩首。