万寿节和春节过后，朝廷再次陷入繁忙之中，由于朝廷要成立新的衙门，所以吏部尤为的繁忙，吏部尚书成基命更是十分的苦恼，既要顾及人情世故，也要为朝廷选拔能干的官吏，在这两者之间找个平衡和不是一件容易的事情。
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但是吏部就是干这个活的，成基命没有办法逃避，只能硬着头皮上，不过这个成基命也是一个人才，智商高，情商也高，成基命在吏部这几年混的也是风生水起，与内阁、同僚、部下的关系也很好。
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再加上这几年吏部的历练，成基命处理这一类事情是驾轻就熟，游刃有余，但是毕竟这一回新成立的衙门口是管理宗教的，事关重大，不容有半点马虎，所以成基命时常来内阁，与内阁讨论这件事。
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不过没等成基命与内阁讨论出来一个所以然，在一月中旬的时候，西南送来捷报，四川总督朱夔元与云贵总督傅宗龙终于平定了奢崇明、安邦彦的叛乱，朝廷终于有重新控制了西南地区。
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奢崇明，彝族人。万历十四年(1586年)袭职四川土司永宁(治所在今四川省叙永西南、辖境相当今叙永、筠连、古蔺等县地)宣抚使，与其子奢寅久有反明割据之心。天启元年，奢崇明自请调马、步兵2万援辽，随后派遣其婿樊龙、部党张彤等领兵至重庆。
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天气元年九月十七日，奢崇明起兵杀死巡抚徐可求等军政官员20余人，发动叛乱，占据重庆，攻合江，破泸州，陷遵义(今属贵州省)，建国号“大梁”，设丞相、五府等官。尔后，奢崇明、奢寅率军数万分道向成都进发，先后攻陷富顺、内江、资阳、简州(今四川简阳)、新都、龙泉(今四川成都市东南附近)。
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奢崇明与天启元年十月十八日，包围成都。时成都守兵只有2000人，布政使朱燮元急调石柱宣慰司(治所在今四川石柱县)、龙安府(治所在今四川省平武县)等地官军入援，同巡按御史薛溥政等分门固守。明廷升朱燮元为四川巡抚，调派杨愈茂为四川总兵官，入川平叛。
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就在朱夔元率领四川明军加紧围剿奢崇明的叛乱，并快要将其剿灭的时候，贵州水西土司安邦彦与入川平叛为由，于天启二年二月，率军2万至毕节(今属贵州省)，发动叛乱，自称“罗甸大王”，在乌撒(今贵州威宁)土知府安效良的协助下，攻占毕节。
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四川东川(今云南会泽)、云南沾益(今云南宣威)、贵州洪边(今贵州开阳县境)等地土官纷起响应。叛军先后分兵攻陷安顺、平坝、沾益、龙里、瓮安(今均属贵州省)、偏桥(今贵州省施秉县)、沅州(今湖南芷江县)、普安(今贵州盘县)、安南(今贵州晴隆)等地。
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随即安邦彦率领叛军包围贵阳，并且声称破辰(辰州)常(常德)，下荆州，直抵中原。而当时由于四川叛乱，朝廷已经调走贵州大部兵马，贵阳兵力空虚，好在巡抚巡抚李橒、巡按御史史永安、提学佥事刘锡元等官员率领军民奋勇抵抗，才保贵阳不失。
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奢崇明、安邦彦叛乱，朝廷只得再派遣湖广、云南、广西等地4万官军入黔。但是因为朝廷北方边患严重，朝廷中央派系斗争激烈，在加上奢崇明、安邦彦两处叛军联合行动，致使朝廷平叛行动极不顺利。
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天启四年正月，新任巡抚王三善因粮草不济、再加之向明军诈降的陈其愚出卖，王三善所部兵马被叛军击败，王三善本人也被俘、遇害；天启五年正月，鲁钦等回师渡河，遭叛军袭击，士卒死亡2000多人。
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因为朝廷平叛行动极其不顺利，所以朝廷只好重新启用蔡复一，并任命傅宗龙巡按监军主持贵州军务。在经过蔡复一以及傅宗龙通力合作，奢崇明与安邦彦的叛乱终于得到了扼制。
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但是朝廷并没有乘胜追击，使得安邦彦和奢崇明可以从容的退回到水西，后经两年多休养生息，蓄积力量，兵力发展到10万余人。到了崇祯元年，朝廷任命朱夔元和傅宗龙两人总督云、贵、川、广西军务。
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