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朱夔元和傅宗龙两人通力合作，招流移，广开垦，恢复经济；据险要，立营垒，充实军伍；并且联合忠于朝廷的土司，比如秦良玉等土司。在经过一番整训之后，朱夔元和傅宗龙展开了对奢崇明、安邦彦的军事行动。
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因为朝廷决定，对参与叛乱的土司采取“改土归流”的政策；对于忠于朝廷，帮助朝廷平叛的土司，采取暂时保留土司制度，并且大加封赏的政策，所以那些叛乱的土司负隅顽抗，使得朝廷平叛军队进展缓慢。
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虽然叛军拼死抵抗，但是朝廷军队经过奋勇作战，先后在五峰山、桃红坝、鹅项岭，大败叛军，斩首数万级，叛军主力基本被消灭，安邦彦、奢崇明先后败死。但是安位却率领叛军余部继续顽抗朝廷官军。
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朱夔元、傅宗龙等继续率领官军继续围剿叛军余部。朱夔元、傅宗龙采取“四面迭攻，渐次荡涤”的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储等措施，终于在崇祯五年正月，安位走投无路，向明军投降。
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朝廷费时十余年、耗费巨额粮饷、调动了大量的主力部队，终于平定了西南的叛乱，在这次平叛中，朝廷消灭了西南的两大割据势力，并且在万历之后，再次实行大规模的“改土归流”。
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虽然朝廷付出了巨大的代价，但是朝廷终于能够有一个稳固的大后方，而且朝廷也终于能够腾出一只手来，使得朝廷能够专心的对付北方的边患，再者，朝廷也能够更充足的时间来休养生息。
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所以平定西南来说对朝廷意义重大，但是平定西南以后，因为“改土归流”的需要，朝廷需要选拔大量的官吏到西南去任职。不过根本没有几个官员，其实是压根就没有官员想要到西南实行“改土归流”的地方去任职。
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究其原因，因为西南那块地方，打出明初的时候起，朝廷根本就无法直接控制那个地方，无论是明太祖皇帝还是明成祖皇帝，都无法使西南的土司屈服，所以朝廷无可奈何，只能对西南的这汇总状况睁一眼，闭一只眼。
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即使朝廷在西南任命了一些“流官”，但是朝廷的政令根本出不了县城，到了县城的外边，朝廷的政令根本不管用，全凭当地的土司做主。至于说收缴赋税，那就拉倒了。
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县城周围的那些少数民族的村子，看你这个官还不错，听爱民的，给你点面子，交点钱粮，至于说那些边远的村子，你还去收赋税，还没等你带人到村子，就让人家给你灭了。
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这种情况到了万历皇帝实行“改土归流”之后，有所改变，但是并没有得到根本的改观，致使朝廷里根本没有官员愿意到西南去任职。当然，这种情况不能光算在“土司制”上，朝廷的官员们也是有责任的。
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要改变这种状况，首先朝廷要选派得力官员，以往朝廷派往西南的官员，有很多一部分不懂得处理与少数民族的关系，造成当地官府与少数民族的关系紧张，还有一部分官员在当地作威作福。
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所以这次朝廷派往西南的官员必须是德才兼备的，但是现在朝廷上哪找这么多德才兼备的官员，而且现在“热血青年”也少了，你想啊，刻苦读书几十年，步入仕途，谁不想去一个好地方稳稳当当的当官，有几个愿意去西南任职的。