好不容易将东江问题解决了，朝臣们刚要喘口气，将主要精力放在内斗上。自从朝廷施行几项新政后，东林与既得利益集团都憋足了劲要把对方置于死地。
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实行新的盐政，势必就会损坏一些商家和朝中权贵的利益，而且在实行新的盐政方面，那些既得利益者会设置重重的障碍，所以在温体仁他们提出改革方案后，并不想派自己人去实行这个改革方案，他们推荐的是东林官员。
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东林也不是省油的灯，他们知道，这是个烫手的山芋，政策施行好了，固然功劳的大大有，但是万一弄砸了，那可就万劫不复了，所以东林说盐务改革方案是温体仁等提出，他们熟悉政策，所以这事应该他们去干。
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所以就造成了好的政策制定出来了，却没有人来实行。最后给崇祯皇帝气的大发雷霆，你们不是都要看对方笑话吗？好，改革盐务，我让你们谁都跑不了。于是崇祯皇帝任命钱谦益和温体仁为钦差大臣，赴两淮盐场改革盐务。
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命令一下，双方都不想去啊，这可是得罪人的一件差事，干好了固然能得到皇上的嘉奖，那要是干不好呢？那些盐商是那么好对付的？不过皇命难为，两人在怎么不愿意，都得去。
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温体仁和钱谦益两人刚走，郑芝龙的奏章就递到朝廷了。郑芝龙在奏章里首先向朝廷谢恩，说郑某为朝廷立下尺寸之功，朝廷竟然封赏如此之隆，郑某就是万死也不足以报答皇恩。
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借着郑芝龙话锋一转，说近日得到情报，海盗刘一香勾结荷兰人，意图进犯闽台，所以建议朝廷暂缓将自己调往广东，不过为了加强广东的海防，自己愿意将郑芝虎部调往广东。
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总之就是一句话，因为有人要进犯闽台，所以郑芝龙要留守福建，至于广东的海防，自己可以派遣他的弟弟郑芝虎去广东。
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郑芝龙的这份奏章，又将朝臣的注意了从内斗集中到了一致对外上。东林与既得利益集团是互相看不上，双方都想打到对方，然后自己独掌朝政。不过不管是东林，还是既得利益集团，他们都是文官官僚集团。
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而郑芝龙是一个海盗出身的水师将领，竟然不听朝廷的命令，想干什么，难道说你郑芝龙想要拥兵自重吗？
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于是朝臣们对郑芝龙反对朝廷调令的这种作为表现出了几乎同仇敌忾的一种愤怒，朝臣们认为郑芝龙的这种行为使得朝廷的尊严受到了挑战，而整个文官官僚集团也大丢面子，所以朝臣们都纷纷上疏要求严惩郑芝龙。
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崇祯皇帝也是不信任的郑芝龙的，郑芝龙这个人，亦商亦盗，而且还不太安分，郑芝龙在晋江安海镇建豪宅，并且拥兵自重，所以朝廷才会将他调到广东，不过看来郑芝龙是不打算遵守朝廷的指令了。
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不过朝廷实在是没有功夫来对付郑芝龙的水师，再说郑芝龙水师实力强大，朝廷没有那个时间和精力来对付郑芝龙。所以崇祯皇帝决定同意郑芝龙的请求，你郑芝龙不想去就不去，不过郑芝虎和郑芝豹你们两必须去广东。
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于是在崇祯皇帝的坚持下，朝廷再次下达旨意，令郑芝龙留守福建，郑芝虎和郑芝豹率领水师部分战船，移师广东，以加强广东的水师力量，防备海盗的袭击，保卫i广东安全。
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同时，崇祯皇帝对两广总督，福建巡抚等闽粤有关官员下达密旨，要求有关官员用各种方法，架空郑芝龙、郑芝虎和郑芝豹，将郑家的水师变成朝廷的水师；不过要秘密的进行，不要打草惊蛇。
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旨意下达后，朝廷的官员们普遍的对郑芝龙极其一家怀有敌意，所以当郑芝龙派出的说客到京城游说朝廷官员，备重礼，要这些朝廷官员在朝廷上为郑芝龙极其一家说些好话的时候，朝廷官员们没有几个接受郑芝龙贿赂的。
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