崇祯皇帝也是对东林有些不满，心说你们东林要为熊廷弼翻案不是不行，但是你们不能这么翻案啊，东林这是要一竿子打翻一船人啊，这能行吗。WwWneT现在朝廷需要的是稳定，不要动荡，要团结，不要分裂。
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于是崇祯制止了两派激烈的辩论，说当时朝廷在在追究丢失广宁之罪的时候，处死熊廷弼而流放了王化贞，过矣。不过熊廷弼在辽东任上还是有所建树的，还是有功劳的，这样吧，就把熊廷弼的头颅交还个熊廷弼的子孙，厚葬熊廷弼，在给熊廷弼的子孙一些补偿吧。
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崇祯皇帝这话一说来，既得利益集团肯定是高兴啊，不牵连人啊。东林就不干了，东林就要是要凭借熊廷弼的案子打击既得利益集团啊，所以皇上的这番话在东林看来就是明显的偏袒既得利益集团。
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于是东林官员出列谏言，说当时熹宗皇帝受到阉党的蒙蔽，所以熊廷弼虽贵为辽东经略，但是辽东的兵马却全被巡抚王化贞所掌握。而王化贞识人不明，致使叛将孙得功把持广宁防务，并向建酋投降。
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所以丢失广宁的主要责任应该由王化贞负责，而熊廷弼爱接到广宁有失的消息后，不畏艰险，带领麾下五千兵马，接应王化贞，为了不让关外百万军民不受建酋荼毒，毅然率领关外军民一体撤出关外，这是有功的，朝廷应该奖赏啊。
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既得利益集团听到东林这样的说辞，都气乐了，本以为自己够无耻了，没有想到东林比我们还无耻，瞧瞧人家那话说的，熊廷弼丢失河西广大地区是为了河西民众，这样的行为不应处罚还要奖赏。厉害啊。
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东林说完这些话以后，他们子自己都觉得脸红，这纯粹是狡辩啊.NET不过东林没有办法啊，这么难得的机会，在不抓住就可惜了。所以东林也顾不得难为情了，洋洋洒洒一番话，愣是把黑的说成白的。
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既得利益集团当然不能容忍东林这种行为，所以既得利益集团展开新一轮的反击，说熊廷弼既然担任辽东经略这一要职，就应该明白守土有责。王化贞是丢了广宁，可是熊廷弼却丢失了整个河西地区。
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两派再次陷入激烈的争吵当中。内阁中的韩犷、李标、刘鸿训等看到这种情景，赶忙出来和稀泥。韩犷等人明白，皇上既然已经出面协调了，那双方就应该给皇上面子，罢兵和谈，可是东林太不给皇上面子了，皇上要是生气了，后果是很严重的。
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对于像熊廷弼一案，算是陷入了僵局，东林不依不饶，既得利益集团寸步不让，而皇上太俗暧昧。这下可苦了内阁了，双方都有人马在内阁，虽然东林的人比较的多，内阁首辅也可以借着他的权利强行的为熊廷弼翻案。
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不过皇上的心思实在让人琢磨不透，说皇上是偏向东林，听皇上的话不像；说皇上偏向既得利益集团，也不像。这就让人难办了。皇上已经表示过对东林的不喜，所以韩犷不可能明显的偏向东林。否则他的首辅是当到头了。
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于是大家讨价还价，在皇帝的基调之上，平反的熊廷弼的冤案。丢失广宁确实不是熊廷弼的责任，此事应该有王化贞负主要责任，不过鉴于王化贞年岁过大，在者也在外边流放那么多年，为了体现皇上的仁慈，就然王化贞在外边呆着吧。
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虽然熊廷弼早丢失广宁一事上不负主要责任，但是熊廷弼却未战先逃，丢失河西地区，致使京畿震动，不过熊廷弼在撤退时能够掩护百万民众退入山海关，避免了生灵的荼毒，再加上熊廷弼在前两次两栋任上的优秀表现，朝廷还是要给予表彰的。
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于是朝廷最后给熊廷弼的定论是熊廷弼有功有过，熊廷弼大人在万历三十六年以及万历四十七年出任辽东最高长官的时候，稳定了辽东局势，迫使建酋不敢进犯辽东，为朝廷最初卓越的贡献。
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不过熊廷弼在天启元年出任辽东经略的时候，因为经抚不和，在原辽东巡抚王化贞丢失广宁之后，