地上的士绅官僚完全来不久对中华军的迅猛进军作出反应。
南京城被海寇攻陷，这种骇人听闻的事一时间镇住了江南民众。中华军毕竟不是什么异族军队，也不是什么军纪糟糕、乌合之众的海盗。平素喊着“治国平天下”的书生文士，在愤怒地面对这支可怕而且陌生的军队的同时，也看到了这支军队所到之处军纪优良、不说秋毫无犯，最起码是在尽力避免扰民。
中华军拥有大量的海船，拥有稳定的后方基地，可以得到充足和稳定的后勤资源，因此中华军在所到之地并不征粮征饷，相反还打开官府粮仓赈济饥民、贫民，维持治安、开展贸易。
当南京城内的局势稳定下来后，尹峰和中华军将领们才搞清明军的真实兵力：中华军的细作、暗桩等谍报人员不可能去一一清点明军人数，因此都是通过朝廷官员的书面文件中得到的情报。但是，南京守备军的名额大半被军官们吃了空饷，因此，传说中的十万明军实际只有四万五千人。
中华军占领南京后，把北城勋贵家族的居住区封锁了起来，同时也封锁了皇宫周围，禁止一切人随意出入。勋贵世家们除非有意要闹事作对，否则中华军只是限制人员出入，并没有对他们下手。不过，南京守备太监高寀的宅邸被抄了家，高寀的所有手下全被抓了起来。同时，南京府库被打开，大批粮草被征用来赈济南京城百姓。
关于中华军攻下南京城的各种传说也迅速流传各地：有说中华军统领尹峰是一妖人，能作法平地升空，由空中直入南京城，一举攻占了城市。
也有人传说中华军的火器都是西洋妖人作法过的，威力奇大，一炮就能轰塌城门……还有人说海寇由海上来，巨炮能打十里，有神物能使炮弹追着官军的头领打……
比较靠谱的传说中，尹峰成了王直一般的倭寇头领，带领海上二十万倭寇大举入侵长江，靠人海战术淹没了南京城……
而官绅士人这些大明统治阶层，都还在震惊中没有清醒过来。熊廷弼靠着亲兵拼死搭救，从三山门冲出了城，一路上收拢溃兵，靠着他个人的威望和努力，终于积聚起1000多号官兵，在南京城陷之后的第八天南逃到了湖州。
高寀太监没能逃出城，他的亲兵抛下他逃走了。高寀想躲入那些勋贵之家去，结果连连吃闭门羹，最后被中华军抓获，关押到了应天府大牢内。
南京守备、兵部尚书吴工亮被震天雷爆**的冲击波击成内伤。城破之时他还在昏迷中，被应天巡抚带着守备部队搭救出城，逃往了苏州城。一路上，他也收拢起了不少溃兵，最后是带着2000多名官兵进入苏州城的。
南京城陷半个月后，中华军在苏州、湖州、广德一线停止了胜利大进军。
实际上，中华军南线部队已经把所有的步军部队、全部的水手总计不到4万的兵力，全都投入了江南战场，也已经达到了军事扩张的极限。
南方明军终于开始步调一致地行动起来。浙江、南直隶、江西等地的明军开始在安庆及湖州积聚兵力，朝廷同时下令四川、贵州、云南、广东广西等地征调兵力，赶赴安庆和湖州两地，准备发动反攻夺回南京城。同时，兵部左侍郎、南京工部尚书张鹤鸣被任命为南京经略，总督江南军务。
明军的南方部队相比北方边军，向来在战斗力方面稍逊一筹；当然，戚家军这种体制外的特殊部队不算在内。这一次反攻南京的战役，朝廷并没有从北方边军中抽调一兵一卒，因为，天津卫附近的大战即将展开，大明朝廷没有余力、也没有财力支援南方的危局了。
同时在南北两线展开大战，朝廷的军饷开支哗啦啦流水般地花了出去，已经到了捉襟见肘的地步了。因此，万历皇帝下令全国田地每亩征税九厘，人称“海饷”。
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