关岛正式被西班牙人占领，是在四十年后。占领者非常巧，正是征服菲律宾的西班牙海军大将黎牙实比。如今，在菲律宾的西班牙人统治已经被中国人****；现在，西班牙人的关岛也将落到中国人手中了！
1564年11月21日黎牙实比远征队起航时，是从墨西哥的纳提维德港出发，而不是从西班牙出发的。这时西班牙的科尔特斯对墨西哥的征服已经全部完成。1565年1月22日，黎牙实比远征队从纳提维港出发后的两个月零一天，到达了关岛，登陆举行了占领仪式，西班牙王国正式占领了关岛。这位黎牙实比后来征服了整个菲律宾，是菲律宾首任总督，是一个能干的行政人员，又是一个征服者。从那以后，关岛就置于西班牙.的主权之下，受着西班牙法律和文化的支配。
西班牙人占领吕宋岛的马尼拉后，把它建成为东方的商业中心，大帆船贸易的中心城市，关岛就成为横渡太平洋的大帆船贸易船只的中途补给港。每年西班牙人从与中国人的贸易中得到大批东亚货物，这些商品全都在马尼拉集中，再从那里用一艘或更多的船运输到墨西哥王国的阿卡普尔科港去，然后输送到新西班牙和欧洲市场去。
西班牙大帆船“圣巴布洛，号于1565年由宿务运载肉桂前往墨西哥，开始了大帆船贸易。到1815年最后一艘大帆船麦哲伦号开出阿卡普尔科港向菲岛归航为止，这项由大帆船逐年来往于菲、墨之间的贸易制度共持续了250年，其历时之长久是世界历史上少见的，它对西班牙在菲律宾的殖民统治起着重要的作用。
大帆船贸易的建立，是探险家和冒险家为了追求东方财富，进行长期大胆和勇敢的努力的顶点。大帆船于每年7月，载着集中到马尼拉的各种商品的精华，从菲律宾出发，向东北方向航行到北纬38度或40度左右。那里的西风会把船一直送过太平洋，到加利福尼亚北部海岸的门多西诺角。大帆船到那里后，就沿海岸而下，约三千海里左右，就可以到阿卡普尔科港了。由于在高纬度航行会遇到暴风，又由于要避去潜伏在美洲西岸的英吉利和荷兰海盗，后来西班牙当局就把航线向南远移了。但那里的风力没有那么顺利，结果船只经常要在太平洋上行驶五个月或更多的时间，才能到达阿卡普尔科港。
关岛周围海域是大帆船贸易必经之路，如果西班牙人从美洲墨西哥调集军队前来进攻菲律宾，必定会经过关岛。
在尹峰派兵出征关岛前，明朝中国人对关岛从来没有什么认识。董事会的股东们听说了要往极东方的大洋派兵出征，都以为尹峰是疯了。
此时的关岛名义上属西班牙帝国墨西哥副王统治，根据西班牙的法律和习惯，国王陛下任命关岛的最高官员为总督，有些文件称为市长。总督的任期一般为六年，由马德里朝廷任命。他的直接上司为菲律宾的西班牙总督。
西班牙在关岛设置的官吏，第二级则为司令。他统率军队，并负责岛上其他军事行政。但他的职权低于总督，总督操较高的军权。除了负责军事行政外，司令有时代理总督。总督和司令都驻扎在关岛的阿加尼亚。除此以外，还有一支驻屯军，包括上尉一人和士兵100人，由西班牙人和菲律宾人混合组成，上尉胡安.圣.克鲁斯是这支驻屯军的指挥。
阿加尼亚由于人口集中，又由于长期以来是关岛的**中心和文化中心，所以有了一种与岛上其他地区十分不同的区域组织。这就是教区制度。这一点和原先的吕宋殖民地情况相似，每一教区包括一个教堂或分教堂周围的一群家庭的人员。在这一区域的家庭，负有捐款维持教堂和服从神父精神统治的义务。每一教区举行一定的宗教仪式，并举行属于它的守护神的庆典。圣伊格纳西奥教区是最早和最中心的教区，由最高阶层的家庭居住。
西班牙人原本在岛上住得非常舒服，几年前吕宋岛的失陷使得关岛成了孤悬海外的弃儿，大帆船贸易的中断使关岛的西班牙人失去了收入来源。岛上这些西班牙殖民者这几年都是惶恐不安中度过的。他们也派出船只向墨西哥方向求援，但是至今了无音讯。
关岛的现任西班牙总督皮斯科当然知道本岛在西班牙殖民帝国中的重要性，他坚信来自本国或者墨西哥的军队将很快会到来。
但是，1609年12月，万历三十八年的农历一月初，西班牙哨兵在海滩上看到了大批船只在西方海面上出现，悬挂的是他们最害怕的蓝底中字旗。他们等来了中华联合公司远征舰队。
水军副统领范涛率领飞虎号战舰，十艘三桅战船，二十艘福船型运输船，拥有100门大炮，3000名战士。西班牙人自从得知吕宋失陷消息后，在关岛也进行了一些军事准备工作，在阿加尼亚构筑了一个小型的堡垒。无奈殖民地正规军只有100人，其中只有50名西班牙人，其他都是人心不稳的菲律宾土著邦邦牙人，还有一些墨西哥印第安人。当地土著查摩罗身高体壮，但是却桀骜不驯，社会组织松散，虽然表面上服从西班牙殖民者管辖，但是却并不愿意为西班牙殖民者出力打仗。
西班牙军队立