秀才。两年后又在三原宏道书院、泾阳味经书院和西安关中书院继续求学。光绪二十四年(1898)参加岁试，又以第一名成绩补廪膳生，曾被陕西提督学政叶尔恺誉为“西北奇才”。二十六年(1900)八国联军攻陷北京，慈禧、光绪帝出逃西安，参加“跪迎”的于右任，更加认清了清王朝政治腐败、媚外残民的面目，写下了不少忧国忧民、抨击时政的诗篇，自编成《半哭半笑楼诗草》，于光绪二十九年(1903)冬在三原印行。三原知县德锐看到诗集随即报告陕西巡抚升允，升允以“昌言革命，大逆不道”的罪名上奏朝廷。光绪三十年(1904)清廷下令拿办于右任。于的亲友听到消息，以重金雇人去开封，向正在那里参加会试的于报信。恰在这时，西安的电报局和路驿均发生故障，致使清廷缉捕于的公文反比于的家信晚到，于得以迅即逃离开封到上海，化名刘学裕，入马相伯创办的震旦学院读书。入学不久，震旦学院主管教务的法籍神甫乘马相伯生病之机，企图使震旦为教会所把持。马相伯愤而辞职，学生相率离校。为解决离校学生的求学问题，于右任出钱、出关系并聘用马相伯、叶仲裕、邵力子等共同另行筹组复旦公学，于光绪三十一年(1905)中秋节正式开学。
这一年，大批中国留日学生因反对日本文部省对中国留学生的活动进行无理限制，愤然回国。于与王敬方等人发起组织中国公学，使这些留日归国学生能在其中继续读书。复旦公学和中国公学为反清革命造就了大批人才。次年4月，于为创办《神州日报》赴日本考察新闻并募集办报经费，由陕籍留日学生康宝忠、好友刘觉民引荐结识孙中山，并于同年11月加入中国同盟会。孙中山委任于为长江大都督，负责上海一带同盟会事务。回国后，经过紧张的筹备，《神州日报》于光绪三十三年二月二十日(1907年4月2日)创刊，于任社长。该报一出，世人即谓之“炸弹”。次年2月，毗邻的广益书局失火，祸及报社。重新复刊时，因内部意见分歧，于退出该报，另筹《民呼日报》。宣统元年三月二十六日(1909年5月15日)《民呼日报》创刊，于任社长。此前，于即有创刊《启事》公告天下：此报“以‘为民请命’为宗旨，大声疾呼，故曰‘民呼’。”该报问世以后，发表了许多揭露和抨击清王朝黑暗统治的文章，并配以发人深思的漫画，增强了宣传效果。清政府对《民呼日报》和于右任恨之入骨，扬言要挖掉负责人的眼睛，并于同年8月3日将于拘捕。于在狱中多次表示“报纸不能停刊”；但报馆同仁明白：“报纸一日不停，讼案一日不了”，于便一日不得出狱。商讨再三，“不得不重违于君之意”，于同年六月二十九日(8月14日)发出《本报特别广告》，声明报馆财产转让。五天以后，《民呼日报》执照被吊销，于被判令“逐出租界”。于并没有屈服，八月二十日(10月3日)又创刊《民吁日报》。他改“呼”为“吁”，少了两点，象征已去双眼。但他顽强地表示，即使双眼被挖，仍要为民吁天。当时，因自己不便公开露面，乃以范光启为社长，但他仍是该报的实际主持人。不久，租界又以该报报道朝鲜爱国志士安重根刺杀伊藤博文的文章“有损中日邦交”为借口，再次将于拘捕。11月19日，又查封了《民吁日报》，并不准报社原来的机器再印刷报纸。于出狱之后，计划办一规模更大的报纸。在爱国人士沈缦云等人资助下，宣统二年九月初九(1910年10月11日)，以于为社长的《民立报》问世。由于有宋教仁、王无生、景耀月、刘觉民、张季鸾、范光启、谈善吾等一批骨干的帮助、支持，《民立报》成为当时国内发行数量最大的报纸。于以“骚心”为笔名，在《民立报》先后发表300多篇文章，对清王朝的统治进行了猛烈的抨击；这些文章也感动和激励了一代学子。毛泽东曾说：“我在长沙第一次看到的报纸《民立报》，是一份民族革命的日报，这报是于右任先生主编的。”(斯诺：《西行漫记》第115页)。
武昌起义爆发后，孙中山从国外回到上海，首先到民立报馆会见于，并题“戮力同心”四字，嘉勉于及《民立报》对辛亥革命的贡献。南京临时政府成立，于被任命为交通部次长。1912年春孙中山辞职，于亦辞职，回上海继续办报。“二次革命”失败，《民立报》被查封，于避居日本，从事反袁斗争。于右任1948年作行草唐诗册页(八开)
袁世凯死后，陕西爆发了反对陈树藩的斗争。1918年1月，胡景翼、曹世英、刘觉民等人在三原树陕西靖国军旗，请于回陕主持。8月，于回陕就任陕西靖国军总司令，指挥这支武装坚持四年有余，成为北方地区唯一响应孙中山护法运动的军事、政治力量。1922年5月陕西靖国军解体，于于当年8月到上海向孙中山汇报了陕事经过，并协助孙中山进行中国国民党的改组工作。此时，东南高等师范专科学校学生驱逐了不称职的原校长，请于出任校长。于接受邀请，建议把校名改为上海大学。1922年10月23日，上海大学成立，于到校讲话，宣布就职。翌年4月，李大钊到上海，任该校讲座教授，并推荐邓中夏、瞿秋白到上