出名。先生上书乞退回故里。在皖五年，多病，夜眠二小时，仍坚持讲学会客。待秋后去沪时只有十万卷书，财物无多，人以为怪。十月回嘉兴，埋头读书，不闻政事。十二月整理审订张百熙《退思轩诗集》并作序。
一九一一年(宣统三年。辛亥)六十二岁，去南京与杨仁山居土讨论佛学，一月始归，住上海新闸路三十三号，六月回嘉兴，七月大水，先生和郡守筹办救灾。事毕，清帝退位，先生常居上海。
一九一二年(壬子)六十三岁，在海滨建楼，晨雾缭绕，似黄山峨媚山，作《山居图》寄意。中外登门求教者甚多。九月返嘉兴咏故园草木成九首诗。
次岁题所居为《海日楼》。俄人卡伊萨林持辜鸿铭信求见，为作《中国大儒沈子培》一文：“夙闻儒者沈子培之名，兹得相见之机，余于彼所以期待之者至甚。前在北京，与中国儒者谈论，偶涉欧罗巴事每多舛伪。余意沈氏未必有理解欧罗巴实际之知识，迨一接其言论风采，而宿疑顿祛。沈氏实中国之完人，孔子所谓君子儒也。年逾六十，而精神毅力不异少年，蕴藉淹雅，得未曾有。殆意大利鄂那德达蒲思评论古代西欧之文明，所谓意识完全者，诚中国文化之典型也。其言动无不协于礼义，待人接物，遇化存神，彼深知中国之情形无论已；即于国外亦洞悉其情伪，所谓象物之表里精粗无不到。更能见微知著。平行崇孔教，恶改革，守旧派之魁首也。”(辜鸿铭译自卡伊萨林日记)弟子王蘧常先生评曰：“公在逊清觥之为维新之魁，何云恶改革?何云守旧?盖夫子之道，中庸而已矣。过与不及，皆公所深恶。卡氏未为知公也。”卡氏亦贵族，“改革”大抵指辛亥革命。先生在明，当抗清而死；在清当作遗老以终。此封建伦理使之然。重君主，轻民国，“民”又何曾有过“国”?在遗老中能改革陈弊，发展工厂铁道，比较重民生，合乎现实，在学术上勇于开拓、一点不守旧，与他门下的王国维同为悲剧人物。蘧老为师辩护，亦时代使然。后人苛求，何益?
一九一四年(甲寅)六十五岁，回乡扫墓，登烟雨楼作诗多首。袁世凯连年派人问候，又聘为史馆总纂，谢绝。
次年王国维来请教音韵学，给以启导，王甚敬先生。浙人聘先生修省志，提出只续为宜，叙事起于旧志所止的乾隆元年，止于宣统三年，聘朱疆村、张尔田、王国维诸学者任事，人才济济。
一九—六年(丙辰)六十七岁，袁世凯窃国，先生早洞悉其奸，与康有为等密谋倾覆之，见康诗：“巨君谋帝制。假尧衣弟佗。与公谋覆之，日夕同画沙。偕公被密捕，头颅巨万赊。……”其中事实已难考订。
王国维自日本来沪，先生说：“郝氏《尔雅义疏》一书于诂、言、训三篇，皆以声音通之，善矣。然草木虫鸟兽诸篇以声为义者甚多，似未能观其会通。君何不分条理之?文字有字原有音原，可作释例一卷。”王照办。五月袁贼死。七月，去敦煌盗过唐人手迹的法国人伯希和来与先生讨论契丹、蒙兀儿国书及摩尼、婆罗门诸教源流。
一九一七年(丁巳)六十八岁，四月张勋北上，五月七日先生抱病北行。十三日溥仪复辟，授学部尚书，二十五日事败、奔弟子封家，一见痛哭，七月乘海船归沪。冬大病，头重脚轻。
一九一八年(戊午)六十九岁，亲友弟子拟庆先生与夫人七十双寿，苦辞。书商送来元刻明补《乐府诗集》一百卷，乃以此为庆典纪念品。秋移居威海卫路二百十一号，题寓楼为“隐谷”，自号隐谷居土，筹备亚洲学术研究会。题在安庆所作的词为“僾词”。
一九一九年(己未)七十岁，二月十日起写《月爱老人客话》一卷。海内赠寿文寿诗甚多，先生以自寿诗作答。夏，移居新闸路九十一号，写成《全拙庵温故录》。
一九二0年(庚申)七十一岁，为日本学者白川省三讲《尚书》。九月中风，神智清楚，年终痊愈。
一九二一年(辛酉)七十二岁，弟殁大哭，病数月。始卖字以自给，求者极多不暇接，日本人尤众。
一九二二年(壬戌)七十三岁，正月病愈，三月回乡扫墓。四月弟子林殁。又病，病中每日看书，无学不治。六月十一日，与夫人结婚半世纪，按故乡风习重偕花烛。七月十五日复病，得樊公诗，和以七律五首，后不再作诗，兹录其一：“不死何妨更论文?冀州飙举思夫君。金壶墨尽搜残刻，黄叶阶干省旧闻。俗谛一星成劫火，故人千里梦秋云。年年心绪凋残尽，念我桓山鸟失群。”十月初二中午起书二对联。初三殁。
一九二三年十一月初六葬于祖茔侧南门外王店榨篰村。
先生别名颇多，见于题跋者有：惹庵、忆庵、乙僧、寐翁、睡庵、睡翁、乙叟、逊斋、逊翁、耄逊、巽斋、逊叟、李乡农、馀斋老人、茗香病叟、孺卿、皖伯、宛委使者、菩提坊里病维摩、释持、梵持、建持、持卿、随庵、守平居土、谷隐居土、浮轩、癯禅、癯翁、东畴小隐等等。
沈曾植字子培，一作子裴，号乙盦，亦作檍盦，又号孺卿，别署寐叟、乙龛、逊斋、逊翁、老逊、逊公、逊叟、寐翁