学案”及蒙古史迹，参试者有康有为，未取，全场交白卷。中秋与京中名土会于陶然亭。
一八八七年(光绪十三年，丁亥)三十八岁，考订元代《经世大典.西北地理图》，定为回回人所画，参考诸书校定城邑，有发现。
一八八八年(光绪十四年，戊子)三十九岁康有为上书变法，朝廷保守派大哗，将逮康，先生劝其作沉迷金石态韬晦，康博览群碑，著成《广艺舟双楫》。康甚惮先生，一日说大话，先生云“再读十年书来与吾谈书法可耳。”康愧而退。
次岁任总理各国事务衙门俄国股章京。日本那珂通博土慕名来华求教西北地理诸事，先生以中原音切蒙古音教之而去。先生兼治诸邻国地理，考订唐宋航海路线，同时研究宋儒及佛道大典。以中和教康有为，纠正气质之偏，言其受质冬夏气多春秋气少，康答信逊谢。
一八九一年(光绪十七年，辛卯)四十二岁，冬，迁员外郎。
次春任江苏司郎中。二月叔父卒于穗。
一八九四年(光绪二十年，甲午)四十五岁。给事中上书抨击康有为，请焚毁《新学伪经考》，皇帝同意。先生营救无效。甲午海战中国败，先生忧愤深广。好友李慈铭殁，痛哭。
一八九五年，(光绪二十一年，乙未)四十六岁，上书请求允许他个人向英人借款修铁道，为权臣所阻未果。
次年，俄皇尼古拉二世阴谋办黑龙江渔业航务，先生怒斥俄大使。八月二十九日母丧，大哀重病一年，久治不愈，自开处方立治，因侍母疾日久，故通医书。袁世凯召先生去小站委以重任，谢绝。十月。德军侵胶州湾。康有为来吊，先生流涕告康可上万言书求变法。
次岁奉母灵柩南归安葬。皇帝将重用康有为，先生赠《唐顺宗实录》，请康一阅，忧康改革过激生变。康读毕默然。五月应张之洞聘主持两湖书院。提出治学必实用，于人心世道利弊当探本清源。
一八九九年(光绪二十五年，己亥)五十岁，返家合葬父母于祖茔。回武昌时遇盗，失书籍碑帖数十种。居武昌株园，与陈石遗唱和，评议古诗。
一九00年(光绪二十六年，庚子)五十一岁，八国联军入侵，先生携家眷在上海，本拟入京，见时局如斯，乃奔走南京，见两江总督刘坤一，赴武昌晤张之洞、总办商约大臣盛宣怀等，商定联合行动，使联军有顾忌，牵制侵略者。七月敌兵入都，九月李鸿章来沪见先生说：“倘某不出京，恐亦不免如袁爽秋遇杀身之祸矣!”先生大病一场。
次年春至南京为刘坤一拟奏稿，提出：设议局，开书馆，兴学堂，广课吏，设外部，讲武学，删则例，整科举，设警察等十事。“务财训农，通商惠工，敬教劝学。授方任能。”前八字为用，后八字为体。张之洞召见，共议新政，仍返扬州。不久任南洋公学监督。
一九0二年(光绪二十八年，壬寅)五十三岁，辞南洋公学职回京刑部效力，前后十八年。住上斜街。调外务部合和会司员外郎。
次年任江西广信府知府。至南昌，巡抚柯逢时召见，共议全省大计。时土子不愿读书，先生引孟子语“上无礼，下无学，贼民兴，丧无日矣!”
一九0六年(光绪三十二年，丙午)五十七岁，天主教徒王安之打伤南昌知县江召棠，民愤起报复，误伤法、美基督教牧师，法、美两国闻讯，兵舰开入鄱阳湖示威。巡抚胡鼎臣要杀百姓数人向法、美乞和，先生以为不可滥杀百姓，坚持谈判，法、美气焰收敛。四月任安徽提学使，赴日本考察，日人请教者甚多。归皖，设存古学堂，请陈抑斋按外国高校教学法，取各校高材生聚集一堂施教。与安庆名土马其昶、姚仲实、姚永慨、方纶叔博土、胡季庵、徐铁华论文赋诗。十二月升布政使，推行湖北、江苏新法，减轻租税负担。建天柱阁并作联语：“楼阁华严，乘大悲愿；江山中夜，嗟太平人!”有挂笏亭，幽静可读书，名官斋为“曼陀罗室”。
一九0八年(光绪三十四年，戊申)五十九岁，慈禧太后、光绪同日病殁。
一九0九年(宣统元年，己酉)六十岁，创建造纸厂，外国求开铜官山，严拒。命日本教习去黄山采取植物标本，又命人采取霍山药材标本，甚丰富。又欲为两岳植物标本，未成。诏下为礼学馆顾问。八月张之洞卒，甚悲。自写五绝说：“了此宰官身，即是菩萨道。无佛无众生，灵源同一照”。
为马其昶编订并石印《抱润轩文集》。命举人谢石钦赴日考察税制，日大藏省出示文书，谢等回国，编成一书，先生序印之。
一九一0年(宣统二年，庚戌)六十一岁，校刊宋嘉泰本《白石道人歌曲》，附《事林广记》卷八、《音乐举要》卷九乐星图谱于后，与姜夔自度曲谱互相证明，用安庆造新纸印成。上书言国事，被权臣所扣压。赋一律寄慨：“不待招邀入户庭，龙山推分我忘形。留连未免耽光景，铺缀谁能较醉醒?两后百科争夏大，风前一叶警秋蘦。五更残月难留影，起看苍龙大角星。”贝子戴振到安庆，当局命出巨款招待，先生不许，得罪上方及戴振，后者以贪财色