赴任，仍请以内阁中山用。民国期间，潜志于著述。生平嗜古成癖。以其勤奋治学，博闻强记，故能多所成就。收藏金石资料、古籍善本甚富，精鉴赏，以长于考证著名于时。于历史、地理、簿录、金石诸学，尤为专长。又致力古泉币研究，于光绪初年与古泉学专家饶登秩校勘、监刊倪模《古今钱略》三十四卷，以校刊精审，世称善本。尝摹拓《激素飞青阁钱谱》传世，台湾故宫博物院有藏本。杨氏又得李宝台所作古泉拓本，编为《古泉薮》二十四册，并为之撰前言张之，原稿今藏复旦大学图书馆，已收入新编《中国钱币文献丛书》中，不日可与读者见面。举此数事，可见其于传播古泉学用力之勤矣。著述甚多，其著者有《望堂金石》初、二集，《三续寰宇访碑录》十六卷，《水经注疏》，《历代舆地详图》，《日本访书志》和《邻苏老人手书题跋》等书。
杨氏生前便以书法名世，求书者虽出多金亦难得真迹一纸。及其殁后，守敬书迹益为名贵。印行《邻苏老人手书题跋》，则因其书名特盛也。笔者藏有杨氏致梁鼎芬(节庵)书札数通，今为附印其求梁氏代撰贺缪荃孙(筱珊)寿联文一通，用存一代名流佳话。此百年前泉家手泽，读来饶有清趣，唯其行草书间有较难辨认之字，试为释读如下:
节庵仁弟足下:贵恙当已痊愈！顷闻缪筱翁不日七十寿辰。敝处拟制一联为祝，而未能作联辞，弟所知也。恳为我捉刀，是所至盼。特着小孙诣府，立待撰就掷下。恃爱不情，唯原谅。即请大安！不庄。兄守敬顿首。三十日如不可即就，烦寄东百老汇一百三十二号舍下为恳。
案梁鼎芬善作文情并盛之短札见称于时，又特长制联语，一时名流若陈夔龙、朱益藩、黎湛枝、朱汝珍诸人，常请其代作。杨梁两家为金石文字交，故有请鼎芬代为操觚耳。
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舆地研究
杨守敬一生具有多方面的成就,尤以舆地学的成就最为突出,代表作是与门人熊会贞历时数十年写成的《水经注疏》。《水经注》是郦道元为《水经》所作的注文。《水经》全书一万余字,而《水经注》40卷字数超出《水经》二十余倍,名为注释《水经》,实则以《水经》为纲,自成巨著。郦道元在注文中纠正了《水经》的许多错误,并指出文献引用处的正误。由于当时南北分裂的政治形势,郦道元的足迹未能到达南方,因此涉及此部分的注文也有不少错误。郦书传至宋初,已缺5卷,后有人将剩下的35卷析为40卷,又迭经传抄翻刻,《水经注》遂失其真。有的章节误简夺讹十分严重,几至难以辨读,深为学者所病。明清两代学者,十分重视《水经注》的校理工作。
明代朱谋玮著有《水经注笺》,清初顾炎武、顾祖禹、阎若璩、胡渭等人又治《水经注》。在此基础上,乾隆年间更有全祖望、赵一清、戴震三人全力以赴,各成专书。光绪年间,又有王先谦汇列全、赵、戴三家校语,参考其他研究成果,撰成《合校水经注》。他们不但从大体上分清了先前被混淆的经文与注文,补齐了脱佚的5卷《水经注》佚文,而且纠正了郦道元《水经注》中原有的不少错误,《水经注》已逐步接近原貌。然而,上述诸家仍存在不少问题。杨守敬说:“自全、赵、戴订《水经注》之后,群情翕然,谓无遗蕴。虽有相袭之争,却无雌黄之议。余寻绎有年,颇觉三家皆有得失,非唯脉水之功未至,即考古之力亦疏。往往以修洁之质而漫施手澣者,亦有明明斑疣而失之眉睫者。”(《水经注疏要删·自序》)乃与门人熊会贞发愤为《水经注疏》,其编撰体例、大小纲领皆由杨守敬拟定。
此书初成时,杨守敬已六十六岁,深恐一旦离世,书稿不能传之于后,“因先刻其图,又即疏中之最有关系者刺出为《水经注疏要删》。”(《水经注疏要删·自序》)由于《水经注疏要删》的出版工作做得匆忙、谬误较多,另一方面《水经注疏要删》出书后杨守敬仍继续对《水经注疏》初稿反复进行磨勘,故又有《水经注疏要删》的《补遗》、《续补》和《再续补》的刊出,而《水经注疏》原稿至杨守敬去世前,仍未出版。此后,熊会贞继承师志,继续编纂。至1936年熊会贞去世,《水经注疏》虽有定稿,仍未能刊出。熊会贞临终曾嘱托同乡好友李子魁整理出版该书,1948年李子魁在宜都各界的捐助下刊出《水经注疏》第一卷。1955年,《水经注疏》由中国科学出版社影印出版,至1957年全书40卷出齐,共21册,附原稿之一(残卷),稿本是1954年中国科学院图书馆从武汉藏书家徐行可处购得。1971年,台湾中华书局影印《杨熊合撰水经注疏》40卷,用的是前中央图书馆所藏《水经注疏》另一稿本。
《水经注疏》吸取历代《水经注》的研究成果,以朱谋玮《水经注笺》为正文,考证精详,疏之有据。如《水经注·河水五》:“仲尼曰:以臣召君,不可以训。故《书》曰‘天王狩于河阳’,言非其狩地。”杨守敬《疏》文指出,事出《左传》,并说《左传》末句作“非其地也”,同时还引杜预注云:“河阳属晋,非王狩地。”接着《注》文云:“服虔