其它机构
太师、太傅、太保为三公。明仁宗之后，三公皆为虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。太子太师、太子太傅、太子太保，明朝只永乐年间，明成祖幸北京，以姚广孝专为太子太师，留辅太子。自是以后，终明一朝皆为虚衔。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，太医院附属有生药库和惠民药局。二十四衙门（十二监、四司、八局，由宦官所担任）。亲军上直二十六卫，除锦衣卫设有南北两个镇抚司，其他二十五卫各设有一个镇抚司，已上俱不属五军都督府管辖。女官，洪武五年，定为六局一司。永乐后，职尽移于宦官，只保留少数女官。
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疆域区划
明朝疆域
明朝明朝疆域在嘉靖以前大体上是“东起朝鲜，西据吐番，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。”1100万平方公里。南海的“千里长沙，万里石塘”尽入版图。其声教所讫，岁时纳贡，而非命吏置籍，侯尉羁縻者，不在此数。呜呼盛矣!（《明史·地理志》）
北方
明朝初年，多次对蒙古用兵，并在与蒙古边境一带设置四十余个卫所防卫，包括东胜卫、云川卫、官山卫、全宁卫、老哈河卫等，都是明朝边防重地。其走向大致为阴山－大青山南麓－西拉木伦河一线。15世纪后，由于天气转寒，农耕不济，加上边塞军队被燕王抽调参与靖难之战。因此边境略有南移。永乐期间明成祖多次北伐，边境形势一度改观。但在明朝中期以后，随着蒙古的再次强大，明边再次南迁。并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设置九边（辽东、蓟州、宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、太原、固原）重镇加强防御。长城也成为明朝中后期的北边，同时也是农耕区与游牧区的界线。
东北
朱元璋设置辽东都司以经营辽东（东北南部）。明朝多次进军黑龙江流域，招抚女真部落，势力一度达到黑龙江口与库页岛。1409年设置奴儿干都司，共辖130多个卫所。1434年废弃，明朝军队全部退守辽东，将东北北部防务交与隶属明朝的少数民族部族，至万历年间该辖区内卫所增加至384个。明末，建州女真逐渐取代了明朝对东北北部的统治，并进占辽东。
东北邻国高丽，及后来的李氏朝鲜，于明初大肆向北扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，一直拓展到鸭绿江、图们江两江流域。明朝虽招抚了鸭绿江图们江流域的女真部落，却不保护女真人利益，满足于朝鲜的“事大至诚”，任凭朝鲜将鸭绿江东岸图们江南岸的女真领地尽收囊中。1393年，朱元璋放弃了在前元朝双城总管府设立铁岭卫的要求；1403年，朱棣同意将历代属于中国的咸兴以北地区划归朝鲜；从1416年至1449年，朝鲜强行在鸭绿江东岸地区设置“西北四郡”，在图们江南岸地区设置“东北六镇”，李氏朝鲜开疆拓土空前绝后，鸭绿江以东图们江以南的中国领土完全丧失。
西北
洪武时期，明朝西北疆界达到今新疆东部哈密地区，并设置一系列卫所。15世纪后，西北吐鲁番与青海蒙古部日益强大。1472年，哈密卫城一度被吐鲁番攻破，卫内迁，后复，1514年再度被并。15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝退守嘉峪关。
西南
1381年，明朝将西南地区完全划入疆域。并设置一系列土司、宣尉司管辖之，边界达到缅甸中北部、老挝北部、泰国北部一线。但后期这些地区多被周边国家所并。
1406年，明军进攻安南，南限达到日南州一带。次年设置交趾布政使司，安南正式成为明朝的一个行政区，下设十五府、卅六州、两百余县。后因当地势力反抗激烈，1427年明朝罢交趾布政使司，放弃安南。安南再次脱离中国独立，恢复黎氏王朝。
东南
1553年葡萄牙租占澳门，获得停泊船只权，1557年取得居留权。但明政府对葡萄牙人可进行管理，依然拥有澳门主权。
1624年荷兰殖民者进入台湾南部，筑热兰遮城。1626年西班牙殖民者进入台湾北部。1642年荷兰赶走西班牙，占领台湾大部。1661年，郑成功进攻台湾，次年驱走荷兰人，正式收复台湾。
行政区划
1376年（洪武九年）改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。1428年弃安南后，明朝在全国设置两京十三使司，包括京师（北直隶）、陕西、山西、山东、河南（以上为北五省）、南京（南直隶）、浙江、江西、湖广、四川（以上为中五省）、广东、福建、广西、贵州、云南（以上为南五省）。共设置16都司、5行都司、2留守司。其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。五行都司是陕西（治甘州卫，今张掖）、四川（