治建昌卫，今西昌）、湖广（治郧阳卫，今湖北郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司。此外，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌思藏都司、朵甘都司（实际控制为当地宗教首领八大法王分辖各政教中心的寺院，还有各诸侯家属封地），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，以上均属羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。
明朝实行一省分置都、布、按三司的制度，原为防止地方权力集中。宣德后开始派部（六部）、院（都察院）大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政。景泰朝之后成为各省常制。总督主要署理军务，分短期与长期两种。巡抚主理民政，每省皆有，有的一巡抚辖两布政使地，如正统年间和山西河南巡抚。有的一省一巡抚。有的一省几巡抚。如北直隶有顺天巡抚（驻遵化）、保定巡抚（驻真定，今河北正定）、宣府巡抚（驻宣府镇，今河北宣化，一度兼领山西大同府）三巡抚；南直隶有两巡抚：应天巡抚（驻苏州府，今江苏苏州）、凤阳巡抚（驻淮安府，今江苏淮安楚州）。有的在几省交界处设置一巡抚，如南赣韶汀巡抚就越江西、广东、福建三省。
据《明史·地理志》记载，终明一朝有府140，州193，县1138。而根据《明史·兵志二》记载，明有卫493，所359。此外，明还设置了介于省和府、县之间的道。道分为分守道和分巡道两种。明代并改元的路为府，以税粮多寡为划分标准。粮廿万石以上为上府。廿万以下十万以上为中府，十万以下为下府。
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经济发展
私营工商业的发展
明朝无论是铁，造船，建筑等重工业，还是丝绸，纺织，瓷器，印刷等轻工业，在世界都是遥遥领先，工业产量占全世界的2/3以上，比农业产量在全世界的比例还要高得多。明朝民间的工业不断壮大，而官营工业却不断萎缩。
明朝以较短的时间完成了宋朝手工业从官营到私营的演变，而且变化得更为彻底。迄至明朝后期，除了盐业等少数几个行业还在实行以商人为主体的盐引制外，大多数手工业都摆脱了官府的控制，成为民间手工业。所以，如果说中国农业的私有化出现于战国与汉代，那么，中国手工业的完全私有化，则迟至明代。
晚明时中国民间私营经济力量远比同期西方强大，当英国商人手工场业主拥有几万英镑已算巨富时，明朝民间商人和资本家动用几百万两的银子进行贸易和生产已经是很寻常，郑芝龙海上贸易集团的经济实力达到每年收入数千万两白银，当时荷兰的东印度公司根本无法与之相抗衡。
在商业都市的发展规模、人口城市化状况和市场化程度方面：16世纪的欧洲城市规模较小，1519年至1558年时期，拥有2万至3万人口即可称为“大城市”。根据德国地理学家奥尔布里希特的计算，1600年以前，欧洲的城市人口不到总人口的5％。16世纪初，欧洲没有一座突破20万人口的城市，拥有10万至20万人口的城市也只有5座；直至16世纪末至l7世纪初期，人口在15万以上的商业城市才上升为4座。从城市规模和人口比例看，晚明中国的城市化程度反倒稍高一些。据伊懋可的数据，中国城市人口在明朝末年占到总人口的6％至7.5％。据曹树基的估计，1630年时中国城市化率已达到8％。
商业的空前繁荣
明代中后期，农产品呈现粮食生产的专业化、商业化趋势。江南广东一大片原来产粮区由于大半甚至八九成都用来生产棉花甘蔗等经济作物而成为粮食进口区，其它一些地方则靠供给粮食成为商品粮食出口区。
嘉定地区因植棉业发展，“邑中种稻不能什一”，加上商业人口剧增，本地产粮不足以自饱，必须仰食四方。
长江三角洲一带是当时桑、棉经济作物和手工业最发达的地步，常思患粮食不足……区域内调剂甚繁。但整个区域仍有不足，须由湖北，江西，安徽运入，所谓“半仰食于江、楚、庐、安之栗”。
一般粮食作物的种植，主要有稻、麦、粟、梁、黍、菽等多种谷类；某些本来可以自给的区域，由于手工业的发展，非农业人口的剧增，或经济作物种植面积的不断扩大，使本地生产粮食不能满足需求，因而每年需从外地输入大量粮食。
不少土地主缙绅也逐步将资金投向工商业，“富者缩资而趋末”，以徽商、晋商、闽商、粤商等为名号的商帮亦逐渐形成，并在一定地区和行业中有着举足轻重的地位。农业人口转为工商业者的数量急增。明代戏曲理论家何良俊比较正德前后，说：昔日逐末之人尚少，今去农而改业为工商者，三倍于前矣。昔日原无游手之人，今去农而游手趁食者，又十之二三矣，大抵以十分百姓而言，已六七分去农……今一甲所存无四五户……则空一里之人，奔走络绎于道路。谁复有种田之人哉。吾恐田卒污莱，民不土著，而地方将有土崩瓦解之势矣。可不