泉二府，并奉永历为正朔，永历二年，永历帝指派宁靖王朱术桂到郑成功的部队监国。永历三年后，清军大兵压境，湖南再度沦陷。永历四年，清军攻克广州与桂林。永历帝被迫退守南宁。
永历五年，孙可望迎永历帝入贵州安隆所。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡州大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武海大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。
之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州湾大捷，1657年又取得护国岭大捷。
永历十年（1656年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥永历帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷。永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永历帝狼狈西奔，进入缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。
这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷一系列的胜利。一度兵临南京城下，并收复长江中下游四府地方，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门海大捷的胜利，全歼达素率领的八旗、绿营水师，炮毙清顺治帝于厦门思明港，稳定了东南沿海局势。
此时清军入缅，逼迫缅甸政府交出永历帝。永历十五年三月郑成功派儿子郑经留守金厦，自己攻打被荷兰占领的台湾，经过九月苦战于次年二月复台。永历十六年四月，永历帝被吴三桂绞杀于云南昆明，南明灭亡。
明郑时期（1662－1683）
永历帝被害后，全国较大规模抗清活动就只有夔东十三家与郑成功在台澎金厦1662年清军开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家自焚。永历十六年五月郑成功病逝后，郑经从厦门来到台湾接手经营，继续沿用永历年号，表面上仍旧奉明监国宁靖王朱术桂为正朔，并于次年从福建迎接朱术桂入台。1663年满清与荷兰联手进攻金门与厦门，金厦两岛陷，明郑势力撤退台湾，在陈永华的辅政下，抚土民、通商贩、兴学校、进人才、定制度，境内大治。1673年三藩之乱爆发，郑经接受靖南王耿精忠请援，率军西征福建。郑经收回厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。后来，广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦败亡，郑经势力败退仅能守住厦门，1680年清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后沉迷于酒色。1681年郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范毒害郑克臧，拥立其婿郑克塽，独揽大权。清康熙帝趁明郑政权内部爆发内讧，以叛将施琅为水师提督着手征讨台湾。1683年，施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，结果郑克塽剃发降清，宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，全国最后一支抗清势力覆灭。
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政治制度
明朝殿阁大学士洪武十三年，朱元璋以宰相胡惟庸谋反伏诛，于是废宰相。秦、汉以降实行一千六百余年的丞相制度自此废除，相权与君权合而为一，明朝早期皇帝大权独揽。但由于国家事务繁多，皇帝无法处理，洪武十五年九月罢四辅官，仿宋殿阁制设内阁。内阁只为皇帝的顾问，奏章的批答为皇帝的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，只照皇帝意旨写出，称“传旨当笔”。权力及地位尚不如过去的宰相。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度，又授予宦官机构司礼监“批朱”。票拟之法补救可君主不愿面见阁臣之弊。为加强对全国臣民的监视，明太