三十余卫，卫设都指挥使或率使，隶属于枢密院。
镇戍军，负责镇守全国各地。军队包括蒙古军、探马赤军、汉军、新附军等。
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行省制度
元朝行省行中书省
元朝地方最高行政机构，并为一级政区名称。简称行省，或只称省。元置中书省总理全国政务，也称都省；因元朝幅员辽阔，除腹里地区直隶于中书省、西藏地区由宣政院管辖外，又于诸路重要都会设立十个行中书省，以分管各地区。在世祖、武宗朝三次短期设立尚书省主管政务期间，行中书省也相应改称行尚书省。元人称其制为：“都省握天下之机，十省分天下之治。”
行省建置
元世祖中统元年（1260年），遵用汉法，立中书省总领全国政务，始置丞相及平章政事、左丞、右丞、参知政事等宰执官。其后，相继于各大地区建立行中书省。初期，仍沿用前代制度，以中书省宰执官出领各行省，称行某处中书省事。以后此类行省实际上已成为常设的地方行政机构，与前代所置临时性的分遣机构不同，行省官若仍以中书省宰相行省事系衔，就与中书省的权限没有区别，嫌于外重，遂更定官制，只称某处行省某官，不再带中书省宰相职衔。至元二十三年（1286年），铨定省、台、院、部官，罢各行省所设丞相，只置平章政事为最高长官，以与都省相区别。后来，部分地大事繁的行省许设丞相。延祐七年（1320年），复罢各行省丞相，已置者皆降为平章政事。泰定（1324～1328）以后，某些行省又设丞相，视需要及任职者的地位而定。各行省一般置平章政事两员（从一品），右丞、左丞各一员（正二品），参知政事两员（从二品），其品秩与都省官同；左司、右司合为一，置郎中、员外郎、都事，品秩皆低于都省。元末，有些行省还增置“添设”平章、右丞、左丞、参政等官。行省掌管辖境内的钱粮、兵甲、屯种、漕运及其他军国重事，统领路、府、州、县；距离省治远的地方，另设宣慰司统之，作为行省的派出机构。、
各行省设立经过和辖境
①陕西行省——中统元年，立秦蜀行省（也称陕西四川行省、陕蜀行省等），治京兆（今陕西西安），其后两次移治兴元（今陕西汉中）；至元八年罢，以京兆诸路直隶中书省。次年，封皇子忙哥剌为安西王，以京兆为其分地，置王相府治之。十七年，忙哥剌死，罢王相府，复立陕西四川行省于京兆；十八年，分设四川行省，于是只称陕西行省。辖境包括今陕西及甘肃、内蒙古部分地区。
②甘肃行省——中统二年，立西夏中兴行省，治中兴府（今宁夏银川），至元三年罢，改置宣慰司，隶中书省。八年，复立；十年，又罢。十八年，再立。次年，分设行省于甘州（今甘肃张掖），称甘州行省，二十二年罢。二十三年，徙西夏中兴行省治甘州，改称甘肃行省。辖境包括今甘肃省、宁夏自治区及内蒙古部分地区。
③辽阳行省——至元元年，置行省于北京（今内蒙古宁城西），称北京行省；二年罢，改置宣慰司，隶中书省。六年，又置行省于东京（后改辽阳，今属辽宁省），称东京行省，后徙治北京。十五年，又改为宣慰司。二十三年，以东北诸王所部杂处，宣慰司位轻，不足镇抚，再立东京行省，同年罢。二十四年，因乃颜叛乱，复置辽阳行省，以控制东北州县。辖境包括今辽宁、吉林、黑龙江三省及黑龙江以北、乌苏里江以东地区。
④河南江北行省——至元五年，因攻宋战争需要，立河南行省。十年，分立荆湖、淮西两行枢密院负责攻宋，罢行省，河南路仍直隶于中书省。二十八年，立河南江北行省，治汴梁（今河南开封），并割江淮行省所领江北州郡隶之。辖境包括今河南省及湖北、安徽、江苏三省的长江以北地区。
⑤四川行省——至元八年，罢陕西四川行省，另立四川行省于成都；十年罢，分置东、西川行枢密院。十五年，罢二行院，复立行省，次年复罢。十八年，从陕西四川行省中分出，又于成都置行省。其后一度再合于陕西行省，二十三年又分两省。二十五年徙四川行省治所于重庆，二十七年复还治成都。辖境包括今四川省大部及湖南、陕西部分地区。
⑥云南行省——至元十年灭大理国，置治中庆（今云南昆明）。辖境包括今云南省全境，四川、广西部分地区，以及泰国、缅甸北部一些地方。⑦湖广行省——至元十一年，初置荆湖行省于鄂州（今湖北武昌）。次年，元军取荆湖南路地，立行省于江陵以治之，称荆南行省。十四年，移治潭州（今湖南长沙），称潭州行省或湖南行省。同年，鄂州行省并入潭州，并以新得广西地属之，故又称湖广行省。十八年，徙治鄂州。辖境包括今湖南、贵州、广西三省之大部及湖北部分地区。
⑧江浙行省——至元十三年元灭南宋，置江淮行省于扬州，统两淮、两浙地，又称淮东行省、扬州行省。二十一年，徙省治于杭州，称江浙行省。二十三年，还治扬州，复称江淮行省。二十六年，再次徙治杭州。二十八年，以江北州县隶