入寇，前后数十战，又杀死民众数万人。
孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走。四○四年，卢循攻陷广州，以后连年入寇，四一○年，率兵十余万逼近建康，被刘裕击败，卢循逃到交州。四一一年，交州刺史杜慧度击杀卢循。孙恩在败逃入海以前，多少还算是率领农民起义，卢循则完全是五斗米道作乱。
正当东晋朝全力攻击孙恩的时候，桓玄乘机吞并上游诸藩镇，占有东晋三分之二的土地。三吴破败，东晋朝失去了依靠，成为仅有空名的朝廷。桓玄认为灭晋称帝的机会到了，与孙恩军逼近建康同时，桓玄在江陵聚众，谋夺取建康。四○二年，司马元显发兵要进攻桓玄，桓玄军却顺流而下，攻入建康，杀司马道子司马元显，政权全归桓玄。四○四年，桓玄废晋安帝，自立为皇帝，国号楚。
东晋朝是王谢庾桓四大族势力平衡下的产物，王谢庾三族相继衰落，桓氏成为唯一的大族，骄奢淫昏毫无才能的桓玄便轻而易举地消灭了东晋朝。
孙恩乱后，东方诸郡大饥，一向腐朽的士族中人，这时候披着精制的罗衣，抱着心爱的金玉，关着大门整家整家地饿死。他们连掘些草根充饥的本领也没有，当然不会有人起来和桓玄争夺帝位。但是，桓玄也是腐朽已极的一人，他不可能维持既得的地位。当时存在着一个能够消灭桓族势力的人物——刘裕。桓玄刚登上帝位，刘裕便在京口纠集力量，率众一千七百人攻入建康，桓玄逃回江陵。晋兵杀桓玄，灭桓氏一族。刘裕恢复晋安帝的皇帝名义，自己在政治上武功上积极准备威望。四二○年，刘裕废晋帝，建立起宋朝。
东晋朝十一帝，首尾凡一百零四年。宋朝四二○年至四七九年刘裕出身破落的低级士族。东晋初，刘家避难，从彭城迁居京口。刘裕幼年贫穷，不得读书，以耕地为业，兼做樵夫、渔夫及卖履小贩。他又是个酷爱赌博的无赖，曾因赌输，被京口大族刁逵缚在马桩上索赌债。这种经历使得刘裕懂得劳动民众的疾苦并具有冒险求利的性格。
京口是从北方各地流亡来的士族和民众聚居的地方，号称北府，与历阳同为扬州重镇。居民风俗强悍，敢于从军。谢安辅政，举谢玄为将。谢玄在京口募兵，得勇士刘牢之等人。刘牢之常领精锐当前锋，战无不胜，号称北府兵。淝水大战，苻坚军崩溃，晋军前锋五千人，就是刘牢之统率的北府兵。三九九年，刘牢之击孙恩，刘裕在刘牢之部下当小军官，勇悍善战，屡立大功。刘牢之部下诸将，抢掠财物，比盗贼更凶，独刘裕约束部属，纪律严明，大得民心。从此，刘裕成为北府兵的著名将领，击灭孙恩卢循，主要是刘裕的功绩。
四○四年，桓玄篡晋，刘裕在京口约集失意士人密谋攻桓玄，被众推为盟主。刘裕击败桓玄，掌握东晋朝政权。后来积累战功，打下帝业基础，和晋元帝依靠大族推戴的情形完全不同。刘裕所创的宋朝，皇帝独掌大权，主要辅佐，多选用寒门，原来的高门大族，只能做名大权小的官员，难得皇帝的信任。削弱士族的政治势力，实行皇帝专制的中央集权，宋朝国内的统一程度远非强藩割据的东晋朝所能比拟，政权大大增强了。当时鲜卑拓跋部统一黄河流域，出现强大的魏国，如果没有统一的汉族政权，鲜卑人几次大举南侵，很有可能并吞长江流域，摧残发展中的经济和文化。所以，刘裕消灭纪纲不立、豪强横行的东晋朝，建立起比较有力的宋朝，对汉族历史是一个大的贡献。
刘裕灭桓氏后，要取消司马氏皇帝的名号，还必须自己先取得更高的威望。因此，刘裕为灭晋而进行北伐。同时也为消灭国内割据势力而进行统一战争。
四○九年，刘裕攻南燕。四一○年，破南燕都城广固（山东益都县），灭南燕，收复青州。卢循乘刘裕北伐，率军向建康进攻，刘裕亲率精兵回建康，击败卢循。四一一年，收复广州。四一二年，攻破江陵城，杀割据者刘毅。四一三年，刘裕遣将军朱龄石收复成都，杀割据者谯纵。四一五年，刘裕遣将军王镇恶攻克襄阳，驱逐割据者司马休之。东晋境内在刘裕势力下全部统一了。四一六年，刘裕率将军王镇恶、檀道济、沈田子等分五路，水陆并进，攻后秦国，沿途收复滑台（河南滑县）、许昌、洛阳等重镇。四一七年，刘裕军攻破长安，灭后秦国。刘裕出关回彭城，留守军内乱，四一八年，关中被赫连勃勃夺去。这次北伐，胜利是巨大的，关中虽失去，自潼关东至青州，却成为宋朝的疆土。后来宋魏间战争，多在这些土地上进行，使长江流域得到较为长期的安静。
东晋初，设立侨郡县，凭空增添官职，用以安置流亡士族。四一三年，刘裕实行土断法，令北方流亡来的士民，就所居地作为土著，与南方土著同等待遇。许多侨郡县从此省去，有利于行政统一和节省开支。
东晋朝重要地区用大族作镇将，因而形成割据的局面。刘裕改用皇子作镇将，特别是荆州江州两镇，所统兵甲占全国兵甲的半数，更非选皇子不可，从此建康朝廷不再受大族重镇的威胁。
刘裕完成了上述军事上政治上的措施，东晋朝显然再没有存在的余地了