（安徽和县）镇将苏峻、寿春（后改称寿阳，安徽寿县）镇将祖约以杀庾亮为名，率叛军攻入建康。幸得陶侃、温峤起兵救援，三二九年，击破苏峻祖约军。王导又执政，东晋朝又算危而复安。庾氏势力不得专擅朝政，转移到上游，宣称以北伐中原为己任，企图建立起自己的根基。庾亮庾翼兄弟相继镇守武昌，占有了东晋朝重要领土的一半。三四五年，庾翼临死，让他的儿子继任，开藩镇世袭的恶例。东晋朝廷不允许他的要求，是合理的，但用桓温去驱逐庾氏势力，东晋朝又出现篡夺事件。
桓温是当时最有才干的野心家。他做了荆州刺史以后，积极对外发展。三四七年，桓温灭成汉国，收复蜀地，威名大振。东晋朝廷疑惧，引用虚名甚大的清谈家殷浩参与朝政，专和桓温作对。桓温伐前秦伐前燕，都遭致失败，损害了他的实力和威望，在王谢两大族抵制下，桓温篡夺的野心未能实现。三七三年，桓温死，东晋朝又算危而复安。
桓温死后，谢安执朝政。桓温弟桓冲做荆州刺史，与谢安同心保护帝室。东晋朝内部出现前所未有的和睦气象，是和谢安完全继承王导力求大族间势力平衡的作法分不开的。谢安的作法是“镇之以和静”。三八三年，晋兵大破苻坚的南侵军。谢安乘前秦国崩溃，使谢玄等率诸将北伐。三八四年，收复徐、兖、青、司、豫、梁六州。三八五年，猛将刘牢之进入河北名都邺。东晋朝建立以来，这是最大的一次战胜扩地。取胜的重要原因之一就是内部和睦，有些力量可以对外。
谢安立了大功，内部和睦状态又开始破坏。当时的皇帝是整天酒醉昏迷的晋孝武帝。他重用同母弟会稽王司马道子。司马道子也是一个整天昏醉的酒徒，引用一批奸人作爪牙，合力排斥谢安。三八五年，谢安病死，朝政全归司马道子。司马道子委任儿子司马元显当政。帝室间晋孝武帝和司马道子兄弟争夺权力，司马道子司马元显父子争夺权力，同时帝室与大族间也展开权力的争夺。三九八年，京口（江苏丹徒县）镇将王恭联络藩镇殷仲堪、桓玄、庾楷等起兵反帝室。王恭被杀，藩镇推桓温的儿子江州（治武昌）刺史桓玄为盟主，形成大族推翻帝室的中心力量。
司马道子父子当权，贪污奢侈，政治败坏到无以复加的地步。早在司马道子当权的初期，儒生范宁就说现在边境上没有战事，国家仓库却空匮无物，现在民众服徭役，一年里几乎没有三天的休息，生下儿子不能抚养，鳏夫寡妇不敢嫁娶。好比在着了火的柴草上睡觉，国家危亡就在眼前了。司马道子父子一伙人当权十多年，受尽苦难的东晋民众再也不能忍受这种恶政。
依靠大族支持和民众容忍而存在的东晋朝，在统治集团内部分裂和民众起义反抗的情况下，不得不归于崩溃。
东晋朝的崩溃——桓玄为盟主的诸藩镇，占据建康以西的州郡，朝廷政令只能施行在东方的会稽（治山阴，浙江绍兴县）、临海（治章安，浙江临海县）、永嘉（治永宁，浙江永嘉县）、东阳（治长山，浙江金华县）、新安（治始新，浙江淳安县）、吴（治吴，江苏吴县）、吴兴（治乌程，浙江吴兴县）、义兴（治阳羡，江苏宜兴县）八郡，一切残酷的剥削自然也集中在八郡民众的身上。司马元显为防御王恭等人的进攻，调东方诸郡“免奴为客”人集合建康充当兵役，号称“乐属”。这又引起地主（乐属的主人）和佃客（乐属）的怨恨。五斗米道徒士族孙恩乘民心骚动，三九九年，从海岛率徒党百余人攻破上虞县（浙江上虞县），又攻破会稽郡，部众骤增至数万人。其余七郡同时起事，攻杀晋官吏、响应孙恩，不到十天，孙恩有众数十万人。孙恩的徒党号称“长生人”，是一群奉五斗米道的亡命无赖。孙恩和这群人专事屠杀掳掠，破坏不遗余力。会稽是王羲之谢安等北方士族聚居的名郡，吴郡、吴兴（包括义兴）是南方士族的中心居地，这三郡号称三吴，是东晋朝经济文化发达的地区。当然，士族所在地的民众，受士族的压迫是说不尽的，对士族的仇恨自然也是难以抑制的，愚蠢而疯狂的野心家孙恩等人利用民众的积怒，纵徒党杀人，甚至婴儿也不能免死。晋将谢琰刘牢之率兵来攻，孙恩徒党在诸郡烧仓库，毁房屋，塞水井，砍林木，掳掠妇女财物，都逃到会稽郡来。谢琰收复义兴吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，进军到浙江边。孙恩起初听说诸郡响应，对徒党们说，天下没事了，我带你们到建康享福去。后来听说刘牢之到了浙江边，对徒众们说，我割据浙江东部，还可以做个越王勾践。等到刘牢之军渡过浙江，孙恩对徒众们说，我是不以逃走为羞耻的。孙恩掳男女二十余万人逃往海岛。此后孙恩连年从海路入寇。四○一年，孙恩率舟师十余万人自海路突袭京口，逼近建康，司马道子惊骇，不知所措，赖刘牢之部将刘裕奋勇进击，大破孙恩军。刘牢之等援军赶到建康，孙恩屡次战败，又逃入海岛。四○二年，孙恩入寇临海郡，被晋兵击败。孙恩穷困投海自杀，徒党和妓（奏音乐的妇女）妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。孙恩连年从海岛