黎先生，露臂瞋视，诟于千百人内。其言虽行，其道不胜。苟轩裳之士，世世有昌黎先生，则吾以为孟子矣。”
程朱理学
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自汉以来至今，儒家思想在绝大部分历史时期是中国的主流价值观，但是也有低迷时期。魏晋时期儒学的地位被道教玄学替代。唐代政权基本上以儒家思想为主导，但是也渗透了道教和佛教。宋朝时程朱理学为儒学主流，尊周敦颐、程颢、程颐为始祖，朱熹为集大成者，后取得官方地位，但陆九渊与程朱理学不同，另有一套“明心见性”、“心即是理”的哲学观点，经明朝王阳明又发展为心学。
现在所说的儒家思想，相当部分是来自宋朝的解读。元明清时期，科举考试都以朱熹的理学内容为考试题目，对思想产生了很大的影响。
民国以后，儒家从思想到形式的系统体系在民间和官方的存在转为主要保存了儒家思想的价值观在中国人思想中的主流地位。
在中国大陆，中华人民共和国成立后，尽管政府当局曾经带头“打倒孔老二”，但儒家思想在国人价值观中的主流地位并不可能去除，改革开放以后，以儒家思想为主体的中华文化的恢复、发展越来越得到人们的重视。
陆王心学
中国宋明时期以陆九渊、王守仁为代表的唯心主义哲学流派。南宋时，陆九渊倡言心即理，针对朱熹等人的“理”在人心之外、“即物”才可“穷理”的理论，提出“发明本心”、“收其放心”的“简易”、“直捷”主张。他还同朱熹辩论过“无极”、“太极”等问题，成为与朱熹一派理学相持对立的一家，被称为“心学”。陆九渊弟子很多，著名的有杨简、袁燮等人，杨简将“心即理”进一步发展成为“万物唯我”的唯我主义。宋代以后，由于程朱理学成为官方统治思想，陆学影响不如朱学大。到明代中期，陈献章由朱学转向陆学。王守仁更是集心学之大成，并提出“心外无物”、“心外无理”“心即是理”的命题，在认识论上推行“致良知”的方法，认为“良知”就是“天理”，“致良知”就是“明明德”同时提出“知行合一”的革命性观点，反对宋儒知先行后的说法或知而不行的做法。王守仁是陆九渊以后影响最大的主观唯心主义哲学家。明代后期，王学大盛，出现了众多流派，其中以王艮为代表的泰州学派和李贽等人影响较大。泰州学派内部各人思想不尽相同，但有个共同的趋势，就是强调儒家的“圣”、“贤”是人人可成的，即便是“农工商贾”也可以成圣成贤，声称“人人天地性，个个圣贤心”。李贽还提出“是非无定质”，反对封建专制主义的思想禁锢。
事功学派
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在程朱理学发展的同时，还兴起一个强调“以利和义”，反对义利对立的儒家学派，成为事功学派。不过没有成为主流。
亡国后的反思
1644年，明朝灭亡，这是以汉人为统治者的中国第二次亡国。明亡之后，以黄宗羲为代表的一些儒家学者对历史进行了反思，认为“为天下之大害者，君而已矣。”
清代中期，戴震批判朱熹理学“酷吏以法杀人，后儒以理杀人”。
中体西用
明清以来，西学东渐。鸦片战争中国战败之后，面对西学的压力，清代儒家开明派提出“中学为体、西学为用”的改良主张。
近代对儒学的冲击
近代以来，中国的落后致使人们对中国文化作出反思，儒学内部龚自珍、魏源等，以汉学批宋学，主张改革，成为近代儒学中的异端。之后，又有三次对儒家思想的较大冲击：第一次是太平天国运动中，草根阶层对儒学的冲击。第二次是戊戌变法时代，变法派思想家对儒学的冲击。第三次是民国成立之后的五四运动，各类激进主义新思潮对儒学的冲击。
面对冲击，儒学也作出反应。康有为陈焕章创立孔教，将儒学宗教化。而学衡派的学人对孔子和儒家思想在现代社会的地位做出了深刻的研判，产生了新儒家。
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儒家思想的特点和评论
儒家思想不同其它宗教。一般的宗教，往往力图一统宇宙，把“自然”、“科学”和“人”、“社会”的问题建立在一个体系之下，在当时无法理解的一些基本问题上，各种宗教则做了各种编造。而人类对“自然”、“科学”的认识呈现日渐增长的状态，因而过去宗教的设论不断地变成谬误。而儒家思想关注的中心并非“自然”、“科学”，而是人和社会，是人类永恒的课题。但儒家对宇宙各种现象有自己的解释，而且相信人间各种道德礼节都源于形而上的宇宙自然规律，而人则通过践行这些道德礼节来达到天人合一。此处所谓儒家思想指的是秦朝焚书坑儒后的儒学学说，与先秦儒学有所差异。
先秦儒学是指未经汉儒天人感应之说改造的原始孔孟思想。譬如子曰：［六和之外存而不论］，子曰：［敬鬼神而远之］，说明孔子其实不讲玄幻鬼神之事，而孟子则说：［恻隐之心，人皆有之非由外铄我也