教合流，显示了其“华化”的决心与成果。甚至有一些摩尼寺庙已经完全道观化，使外人难以分辨。元代陈高的《不系舟渔集》卷十二《竹西楼记》于至正十一年（1351年）记载了温州平阳潜光院的情况：“温之平阳，有地曰炎亭……，潜光院者，明教之始，相传以为自苏林国流入中土，欧越人多奉之。其徒斋戒持律颇严谨，日每一食，昼夜七时，咸暝拜焉。”
潜光院以道观面目出现，实际上是明教庙宇。宋代黄震描绘的崇寿宫也是一样，这两处都是有明确记载的道教化明教庙宇。其余散于民间而不见于史籍的更加不可胜数。
虽然历史上对于中国明教活动的记载片断很多，但值得注意的是，由于明教在个中国传播的历史，大部分时间是在民间进行的，官方及半官方的正统记录往往是道听途说而不可尽信的。并且许多其他民间宗教的活动事迹也混人间，真伪不辨。
最著名的例子，是研究明教者最常引用的1270年《佛祖统记》志磐记载：“梁贞明六年，陈州末尼聚众反，立毋乙为天子。朝廷发兵擒毋乙斩之。其徒以不茹荤饮酒，夜聚淫秽，画魔王踞坐，佛为洗足，方佛是大乘，我法乃上上乘。”
虽然引文中明确表示是“末尼”聚众选择，而且其行为确实有类似明教的地方，但如果仅就此这是明教无疑，显然是证据不足。从其文最后一句：“方佛是大乘，我法乃上上乘。”这一说法，十分类似当时民间流传颇文的三阶教的上乘上上乘一说。考虑到北魏延昌四年（515年）弥勒大乘教暴动，其教义也有类似的地方，可以认为这些聚众造反的教团很有可能在信仰上一脉相承，明教只是他们利用的一面旗帜。虽然明教努力将自己向佛教靠拢，但佛教内部人士却对明教十分嫌恶，称其“魔教”，取“摩”与“魔”谐言，并对其多有诋毁。《佛祖统记》这些记载只是其中之一。“魔教”这一称呼虽然并未取代“明教”这一称号，却也产生了一定的影响，不明就里的人会误认为出现了一个新教派，JacquestGernet在其《中国的日常生活》一书中描述了十二世纪在浙江和福建一带流行的“魔教”，对其教义，仪式都略有描写。其实他描写的正是明教。这已足够证明明教被指成“魔教”这一现象并不罕见。再加上明教徒供奉的“先意佛”、“夷数佛”画象都是西亚或中亚人种，非常不容于一些中国正统人士，便认为他们崇拜魔王。官方人士对于流行于民间的诸宗教教派并不详加甄别，难免张冠李戴，他们对于行动诡异，不食荤酒的各个教派，都污蔑为“吃菜事魔”，其中也包括明教。
虽然明教在宋元之际始终无法发扬光大，只能在少数地区发展流传，但并不意味着明教完全不为官方容许。相反，在这些时期中的大部时间内，明教仍然拥有合法地位。尤其在元朝，蒙古朝廷对于中国本土及外来的各个宗教都采取容忍和保护的立场。这个时期的明教，已经相当“华化”。蒙古统治者一视同仁加以管理。这一点中国史书很少提及，但西方却有史料加以佐证。1951年学者L.Olschki发表“Manichaei**，Buddhi**andChristianityinMarcoPolo‘sChina”一文，引用了一段1928年拉丁文抄本《马可波罗游记》（ⅡMilione）以住不曾公开的一段记载：马可波罗在福州访问过一伙与世无争的教徒，他们不信奉基督教，不事火，不是偶像崇拜者（即佛教徒），也不崇拜穆罕默德，人们不知他们所属何教，马可波罗对他们进行访问，并参观他们的壁画、经卷后，判定为基督教并建议他们北上向忽必烈争取合法地们。终在他们的一番努力下，大汗允许他们归于基督教管辖。Olschki认为他们就是摩尼教徒。凑巧的是，五十年代中国学者吴文良和庄为玑在泉州发现了一块元代墓碑，其中的汉文部分如下：“管理江南诸路明教、秦教等，也里可温，马里失里门，阿必思古八，马里哈昔牙。
皇庆二年岁在癸丑八月十五日，贴迷答扫马等，泣血谨志。“此碑由英国学者刘南强（SamuelN.C.Lieu）及其夫人朱迪思（Judith）解读，认为马里哈者牙为叙利亚语MariHasia音译，意为最尊敬的，马里失里门为人名，阿必思古八是主教，也里可温是景教（秦教）。全文为”献给江南诸路的明教，景教的管领者，最尊敬的基督教主教马里失里门。“此碑的记载与《马可波罗游记》正好互相印证，足以说明明教在元代完全合法存在，完全不是想像中那样心怀不满秘密结社。经常有研究者以《元史。刑法志》中关于禁止”白衣善友“活动来论证元代也曾禁止明教活动，但纵观其整段刑法条文，不难发现，《刑法志》中所禁止的主要是那些秘密结社民间，假托佛道，伪造经文的一些民间宗教，这些宗教具有很强的反抗性，并且组织能力较强，严重危及元廷统治，事实上正是这些团体组织，最终挑起元末农民战争。至于”白衣善友“一名，王见川在《从摩尼教到明教》一书中解释颇为切中要害，他认为”白衣“指在家佛教徒，相对于缁衣，并非指白色衣服，”善友“指教友