史上几次掀起大的波澜。第一次是北宋末年，方腊利用摩尼教组织群众，举行了声势浩大的起义，震动东南半壁河山。第二次是南宋以后，明教和白莲教相联结，在元末农民战争中充当了重要角色。元末农民大起义中的红巾军，多白莲教徒，首领韩林儿又称“小明王”，这个“明”又与明教有关。后来的明太祖朱元璋，当时也是白莲教和明教中人。只是他。取得大权以后，因为深知秘密教派的厉害，逐渐与两教不大和睦。等到他当上皇帝，便采纳李善长的建议，下诏严禁白莲社、明尊教，并把取缔“左道邪术”写进《明律》十一《礼律》，用法律形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式变换名目继续得到发展，明教却逐渐衰落了。在武侠小说中，由于金庸的武侠名著《倚天屠龙记》写到明教，使明教蜚声一时，成为侠的文化形式中秘密教派的一个典型。
浙西明教总舵（现在的搁船尖风景区）的形成经过1000年的历史。最早以秘密宗教的形式出现，历史上第一个女人称帝的陈硕真起义就在浙西发生，留下神秘遗址“天子基”（十门九不锁）和“万年楼”（万年楼），后被明教教主方腊利用，又在同一地方掀起更为浩大的农民起义。《水浒》上记载说：方腊在六甲灵山设置了完整的“五府六部”明教社会。明教教徒朱元璋在搁船尖下的千亩田屯兵时也是利用这里的明教组织进行活动，所以这里民间传说有：朱元璋藏宝处。2009年4月CCTV－4就在大明山寻宝做了一期节目。
2008年12月，福建省霞浦县在第三次文物普查中发现了大量的明教文物和资料。从摩尼教转换到明教的过程中，最主要的是混合了瑜伽教、佛教、道教等，宋代林瞪这个人物起了很大作用。
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3、明教，民间宗教和明王朝
朱元璋以淮右布衣起事，终于奄有华夏大地，很有一些传奇色彩。在中国历史上，没有哪一位皇帝的出身如此卑微，也很少有人以南方的长江流域为基地而最终统一北方及全国。当察罕帖木儿及其养子扩廓帖木儿（王保保）于1359年攻破北方红巾军首都开封而逐步肃清北方农民军队时，蒙古朝廷不免洋洋得意，根据历史经验，还没有谁从南方起事却可北伐成功。然而朱元璋做到了，这是前无古人的巨大成就。
朱建国号“明”，这一名称是个能引起人们议论兴趣的话题，吴晗说：“惟明太祖以至正二十七年（公元一三六七）称吴元年，次年即帝位，始定国号曰大明，纪元洪武。吴非国号，亦非年号。至大明则非初起之地名，亦非所封之爵邑，亦非如后唐后汉之追溯其所始。”（《明教与大明帝国》）
“明”这一国号，体现了这位农民皇帝的一些特质，因为此名称明显来源于民间，不管是“明教”，《大小明王出世经》或是其他。
本文对中国明教（摩尼教），民间宗教及朱元璋起事的一些政治宗教背景进行讨论，希望对此话题的探讨不无补益。
摩尼教或明教摩尼教（Manichaei**，汉语意译明教），三世纪中期波斯人摩尼（Mani）（216－277？）所创，后向其东西两个方向传播，盛极一时，影响久远。但后来其教逐渐式徽，终不可闻。1902年，德国柏林人种博物馆的格伦威德尔（A.Granweldel）教授及其助手民族学家胡瑟（G.Huth）远赴新疆探险考察，发现大量摩尼教经典抄件残片。自此以后，摩尼教研究再次兴隆，许多东西方学者作巨大贡献。王国维、陈垣、伯希和（Pelliot）、沙畹（E.Chavannes），壁立千仞，高山仰止。他们的开创性作品发表后，七八十年间很少有更进一步者，尤其是伯希和与沙畹之《摩尼教流行中国考》刊行后，后世对于摩尼教的研究已无太大空间了，除非另有惊世骇俗的考古发现。
然而值得注意的是，国外学者对于摩尼教源流的考证，似乎更走在前列，冯承钧《摩尼教流行中国考》译本序云：“盖彼有多数之德、法、俄、英、比、荷、意、匈等国学者研究之成绩，互相参考，又有波斯文、康居文、突厥文、梵文等语言专家，以相辅助，此皆我国所缺乏者也。”
道出我国研究的局限与困境，令人扼腕。
摩尼教教义及其与中国佛道诸教摩尼教教义集中于摩尼用波斯文写就的摩尼教经典《撒布拉干》（汉译为《二宗经》），宣扬“二宗三际”思想。“二宗”即明与暗，善与恶：“三际”即过去、现在、将来（初际、中际和后际）。明王及其光明王国的诸神在初际后期与中际时期同魔王率领的黑暗王国群魔不断斗争，终在中际末期大获全胜，世界毁灭，明王（大明尊）将人类带回光明王国。
从教义来看，摩尼教具有强烈的末劫思想与拯救世人的思想，这些对于日后与中国民间宗教融合都是必不可少的。
摩尼草创摩尼教之初，即发下宏誓大愿，要将其教传播于世界各地，成为世界宗教。本世纪初在吐鲁番考古发现的中古波斯文摩尼教残片，编号T11D126（即M5799）记载下了摩尼欲传教于世