惧怕，就把店门关起来了。许多人则仿照左邻右舍的榜样，也纷纷关门歇市。不到一个钟头，南京路上的所有店户都关上大门，警察干涉无效。
罢市风声迅即蔓延开来，到了中午时，全上海的店都关了。成千成万的人在街头聚谈观望，交通几乎阻塞。租界巡捕束手无策。男女童子军代替巡捕在街头维持秩序，指挥交通。由剪了短发的女童子军来维持人潮汹涌的大街的秩序，在上海公共租界倒是一件新鲜的事。中国人和外国人同样觉得奇怪，为什么群众这样乐意接受这些小孩子的指挥，而对巡捕们却大发脾气。
几天之内，罢课成为全国性的风潮。上海附近各城市的商店和商业机构全都关了门。上海是长江流域下游的商业中心。这个大都市的心脏停止跳动以后，附近各城市也就随着瘫痪，停止活动，倒不一定对学生表同情。
租界当局听说自来水厂和电灯厂的雇员，要参加罢工，大起惊慌。后来经过商会和学生代表的调停，这些人才算被劝住没有罢工。各方压力继续了一个多星期，北京政府终于屈服，亲日三官员辞职，全体学生释放。
亲日官员辞职，被捕学生释放，上海和其他各地的全面罢课罢市风潮歇止以后，大家以为“五四”事件就此结束，至少暂时如此。但是北京大学本身却成了问题。蔡校长显然因为事情闹大而感到意外，这时已经辞职而悄然离开北京。临行在报上登了一个广告，引白虎通里的几句话说：“杀君马者道旁儿，民亦劳止，迄可小休。”他先到天津，然后到上海，最后悄然到了杭州，住在一个朋友的家里。住处就在著名的西湖旁边，临湖依山，环境非常优美，他希望能像传统的文人雅士，就此息影山林。虽然大家一再敦劝，他仍旧不肯回到北大。他说，他从来无意鼓动学生闹学潮，但是学生们示威游行，反对接受凡尔赛和约有关山东问题的条款，那是出乎爱国热情，实在无可厚非。至于北京大学，他认为今后将不易维持纪律，因为学生们很可能为胜利而陶醉。他们既然尝到权力的滋味，以后他们的欲望恐怕难以满足了。这就是他对学生运动的态度。有人说他随时准备鼓励学生闹风潮，那是太歪曲事实了。
他最后同意由我前往北京大学代理他的职务。我因情势所迫，只好勉强同意担负这副重担。我于是在七月间偕学生会代表张国焘乘了火车，前赴北京。到了北京大学，初次遇见了当时北大学生，以后任台大校长的傅孟真（斯年），现在台湾任国史馆长的罗志希（家伦）。两位是北大“五四”的健将，不但善于谋略，而且各自舞着犀利的一支笔，好比公孙大娘舞剑似的，光芒四照。
我到校之后，学生团体开了一个欢迎大会。当时的演说中，有如下一段：
“……故诸君当以学问为莫大的任务。西洋文化先进国家到今日之地位，系累世文化积聚而成，非旦夕可几。千百年来，经多少学问家累世不断的劳苦工作而始成今日之文化。故救国之要道，在从事增进文化之基础工作，而以自己的学问功夫为立脚点，此岂摇旗呐喊之运动所可几？当法国之围困德国时，有德国学者费希德在围城中之大学讲演，而作致国民书曰：‘增进德国之文化，以救德国。’国人行之，遂树普鲁士败法之基础。故救国当谋文化之增进，而负此增进文化之责者，惟有青年学生。……”
暴风雨过去以后，乌云渐散，霁日重现，蔡先生也于九月间重回北大复职视事。
北大再度改组，基础益臻健全。新设总务处，由总务长处理校中庶务。原有处室也有所调整，使成为一个系统化的有机体，教务长负责教务。校中最高立法机构是评议会，会员由教授互选；教务长、总务长，以及各院院长为当然会员。评议会有权制订各项规程，授予学位，并维持学生风纪。各行政委员会则负责行政工作。北大于是走上教授治校的路。学术自由、教授治校，以及无畏地追求真理，成为治校的准则。学生自治会受到鼓励，以实现民主精神。
此后七年中，虽然政治上狂风暴雨迭起，北大却在有勇气、有远见的人士主持下，引满帆篷，安稳前进。图书馆的藏书大量增加，实验设备也大见改善。国际知名学者如杜威和罗素，相继应邀来校担任客座教授。
第一次世界大战后，中国的思想界，自由风气非常浓厚，无论是研究社会问题或社会原理，总使惯于思索的人们难于安枕，使感情奔放的人们趋向行动。战后欧洲的西洋思想，就是在这种气氛下介绍进来的。各式各样的“主义”，都在中国活跃一时。大体而论，知识分子大都循着西方民主途径前进，但是其中也有一部分人受到一九一七年俄国革命的鼓励而向往马克思主义。“新青年”的主编陈独秀，辞去北大文学院院长的职务，成为中国共产运动的领袖。
在这同时，许多留学欧美大学的杰出科学家，也纷纷回国，领导学生，从事科学研究。教员与学生都出了许多刊物。音乐协会、艺术协会、体育协会、图书馆学会等等纷纷成立，多如雨后春笋。教授李守常（大钊）并领导组织了一个马克思主义研究会。当时北京报纸附栏，称这研究会为“马神庙某大学之牛