后，在整修监狱内花园时屡屡发现白骨。监狱内还有各种刑具、水牢和刑房等。光复后占领抚顺的国民党，把监狱一分为二，一半当作政治犯监狱，另一半充作马棚。1948年10月解放军攻克抚顺后，这所监狱成为东北行政委员会司法部直属监狱。
把战犯管理所设在抚顺除了抚顺监狱设施条件相对好一些的原因外，还出于形势所需。当时，新中国政府刚刚成立，山海关以内才解放不久，东南沿海许多岛屿和西南地区还未解放。特别是朝鲜半岛形势非常紧张，战争随时都有可能爆发。基于这种情况，不得不选择东北，而抚顺交通便利，即使朝鲜半岛的战火波及到中国，也有可能及时将战犯转移到东北北部或苏联。