斯和一些理事会成员找到鲍林，反映鲁滨逊当所长有许多缺点，不善于与人沟通思想，并且。谈到了将研究所搬迁到俄勒冈州的看法。
鲍林感到非常恼火，然而又不想陷入是非之争。他希望研究所的人自己把问题解决。1978年上半年，研究所内部不和达到高潮，他和爱娃外出旅行的兴味却更为浓厚——年初又到苏格兰跑了一趟，仍然试图劝诱卡梅隆来美国；随后又花了几大时间到古巴一游——他实在不想卷入研究所里争夺行政领导权的斗争漩涡。
此时，根据鲍林的看法，鲁滨逊也的确很不像话。鲁滨逊原本主持对老鼠的喂食、维生素Ｃ和癌症的研究。试验方案都是他与鲍林一道设计的。其想法是，向不同试验组的老鼠喂食不同剂量的维生素Ｃ，其中有一组老鼠则用海水拌和食物喂养。然而，到了1978年，鲁滨逊却自作主张扩大了试验的范围。启发他这样做的是他与一对有钱的夫妇进行的一次谈话。丈夫名为阿诺尔德·汉姆斯伯格，妻子叫埃蒂·梅伊，他们对另一种药物颇感兴趣。埃蒂·梅伊患过癌症，她本人认为，她从一本名为《怎样用自然的方法征服癌症》一书学到一点经验，就是大量吃水果、饮果汁和生吃蔬菜，结果她把病医好了。因此，这对夫妇要求圣克鲁斯的这家分子矫正研究所推广他们的做法。
鲁滨逊决定用几组老鼠试验一下这种饮食疗法，除了让这些动物服用维生素Ｃ之外，专门喂食生的水果和蔬菜。当鲍林得知这一做法时，很不高兴。一方面是因为这与汉姆斯伯格夫妇有关，他对这两个人没有好感；另一方面是不满鲁滨逊整理出来的数据。从对老鼠进行的试验得到的初步资料表明，使用的维生素Ｃ剂量很高，相当于一个人每天服用50克的剂量时，老鼠身上癌肿的数量和尺寸大大降低；但减小剂量，与一个人每天服用3克到10克的剂量相当时（这也是鲍林建议防止感冒和治疗癌症所用的剂量），其效果看来正好相反，癌症的感染率提高了，有一组老鼠的发病率几乎提高了一倍。鲁滨逊对此提出了一种解释，目的是要鲍林放心，也许是因为老鼠体内就有一种合成抗坏血酸的能力，因此，在饮食中添加的维生素剂量较小时，也许就关闭了体内的合成功能，反而形成了维生素Ｃ不足的情况，因此在喂养的食物中一定要添加很高剂量的维生素Ｃ。
使鲁滨逊更感兴趣的是，他注意到，汉姆斯伯格夫妇建议食用水果和生吃蔬菜的方法似乎还有一种辅助作用，进一步增强了单用维生素Ｃ的保护作用。鲁滨逊与汉姆斯伯格夫妇的关系日益亲密。他们曾经谈起要推广基于这些结果的癌症治疗方法，搞一些饮食疗法的配方，包装上打上经过莱纳斯·鲍林科学和医学研究所批准的字样。
鲍林得知这一消息时，真是火冒三丈。“我把他（指鲁滨逊）找来，对他说，‘你不能这样干——竟然将研究所与一些用某种不寻常的方式行医的人联系在一起。这无论如何不行，必须赶快歇手，”他记得自己当时是这样说的。除了希克斯和另外一些人一再告诉鲍林的一些事情以外，鲍林也的确感到，他这位从前的门生，经他一手提拔，当上了研究所所长。他现在搞的研究项目经过改头换面，已不是鲍林原先计划的事了。
1978年6月12日，鲍林交给鲁滨逊一份书面通知，要求他和希克斯在作任何重要决定时必须先和他商量。鲁滨逊读了这份通知以后几个小时，就把希克斯解雇了。
6月19日，鲍林以研究所理事长的身份，要求鲁滨逊辞去所长之职，并且离开研究所一段时间，以免干扰重新成立行政机构的工作。鲁滨逊要求给他30天时间考虑自己的做法，鲍林同意了。
7月初，鲍林向研究所全体工作人员发布了一份公告，要求他们不要听从鲁滨逊可能发布的任何命令，并且通知他们说，希克斯现在是研究所首席行政官。第二天，鲁滨逊发布了他自己的公告：“根据研究所的公司法条款和内部章程，我是首席行政官，”他这样写道。“无论是鲍林博士还是希克斯先生都无权解除我的职务。”
各种各样的传闻沸沸扬扬。8月15日，研究所理事会请来了律师，选举莱纳斯·鲍林担任所长兼经理。第二天，鲍林通知鲁滨逊，他开始接管对老鼠试验的工作。
九天以后，鲁滨斯提出诉讼，控告莱纳斯·鲍林研究所和五名理事会成员，其中也包括鲍林，要求赔偿2550万美元。
分裂是怎样出现的？双方在后来作出的解释中各执一词。鲁滨逊将根子归之于对老鼠的试验，称鲍林不希望发表这样的结果，即维生素Ｃ除了有抗癌作用外，还可能存在副作用。不过，鲁滨逊对自己试验的结果分析了一种可能的原因，鲍林后来在发表老鼠试验的结果时采用的就是这一种解释。
性格的不合起了一定的作用，特别是在希克斯和鲁滨逊之间，水火不相容。大家都认为，鲁滨逊相对来说缺乏行政管理的能力，这也是一个产生矛盾的因素。“我认为，这一矛盾的本质和根源都在于鲁滨逊那种独断专行的作风，”祖凯康德尔这样评论说。祖凯康德尔与鲍林合作撰写了关于分子进化的论