“将罗伯特·奥本海默博士视作安全的危险而禁止他参与机密工作……实属美国政府的一次很不光彩的行动，”他这样写道。“任何一位头脑正常的人，只要考察一下实际情况，就一定能得出结论：奥本海默是一位忠诚而又爱国的美国人。原子能委员会的达官贵人也一定能得到这一结论，艾森豪威尔总统本人也不应例外。照此看来，我们不得不认为，政府最近采取的这次行动是政治谋划的结果——奥本海默博士则成了为政治所抛弃的牺牲品。”接下去，鲍林敦促美国领导一场有多方面参加的科学和政治探索，寻求“一种实际可行的方案来替代原子能野蛮时代的疯狂行为。”
那个月晚些时候，奥本海默最终还是被剥夺了参与机密工作的资格。
对科学家来说，此案是杀鸡儆猴，警告他们要安分守己。然而鲍林可不买这个账。“两年来，在政治行动方面，我一直严格克制自己，”他在给一位朋友的信中这样写道，这位朋友曾赞扬他在《国家报》上发表的那篇文章。“我算是看透了！将话憋在心里不说，不但是错误的，而且也不值得。”
鲍林又回到了政治的漩涡中。新的“超级炸弹”以及伴随产生的放射性尘埃，成了他一系列演说的首要话题；与此密切有关的另一中心议题就是奥本海默一案及其对科学自由的影响。6月，鲍林的女儿在俄勒冈里德学院毕业，鲍林在该院举行的毕业典礼上发表演说，严厉抨击华盛顿在奥本海默案中“无法正常思考”。鲍林对与会的毕业生及其家长说，“你们必须永远追求真理。客观真理不会屈从于主观认识。你的邻居与你的看法相左，你得服从真理；一个国家发表了某一声明，另一个国家却一声不吭，你同样也得追求真理。”
在放射性尘埃问题上，全国范围内的争论日趋激烈，追求真理的任务似乎也愈益艰难。原子能委员会在其新任主席刘易斯·斯特劳斯的领导下，执意压下了有关资料，不肯向外界透露放射性尘埃的污染程度和有害后果，意欲表明核弹试验计划至关重要而又非常安全。因此，问题更加扑朔迷离，以致在1954年春夏两季这段相当长的时间里，几乎谁也讲不清楚放射性尘埃到底会产生怎样的影响。在无过硬证据的情况下，种种猜测应运而生，人们议论纷纷。鲍林像往常一样，开始广泛涉猎能够找到的有关资料并作综合分析。放射性尘埃产生的影响逐渐在他的头脑中形成一幅骇人听闻的图景。在自然界原本存在以及在医疗过程中产牛的放射源——包括地球上的放射性元素、Ｘ射线和宇宙射线——是放射性现象的“基底”。与此相比，核弹试验以散落尘埃的形式所造成的放射性污染只是其中的一小部分。但是，放射性会损坏DNA，受到放射性照射的总量的微量增加就足以造成这一后果。根据鲍林的计算，放射性增加的微小剂量决不能轻易忽视，因为它可能增大人体细胞的变异速率。他开始发表演说，撰写文章，论述放射性尘埃与细胞变异之间的关系，并且更加勤奋地钻研小剂量放射可能造成的影响，特别是对基因造成的影响。
6月，鲍林再次向有关方面申领护照，为自己在冬季周游世界进行准备。这一次，他要求对方用书面形式准确地列出拒发护照的种种理由，因为他希望有足够的时间申诉。他收到了希普利的答复，其中罗列了她从联邦调查局关于鲍林的档案中抄来的24条指控材料。鲍林和自己的律师认真准备了一份新的证词，逐一批驳了这些指控。他在给护照处的回复中随附了一封信，其中提到：“这些指控……大多数不值一驳。”鲍林认为，只有一条需要认真对待，那就是说他是隐藏着的共产党员。“我实在难以相信，美利坚合众国的国务院竟然会捏造出这样一个罪名，”他写道。“对于这样一条指控，只需认真地作一点起码的调查……就可以准确无误地表明其中没有任何真实的内容。”其实，希普利早就清楚这一点。她查阅了联邦调查局几份最近写出的有关鲍林的报告，其中提到，经过两年的彻底调查，没有发现确凿证据可以用来证实布登兹告发鲍林是共产党员的指控。
10月1日，希普利在审查了鲍林的证词后，写了回信：“国务院……根据手头的证据得出结论：你在第二次世界大战以后几年里的活动，充分表明，长期来你始终如一地奉行共产党的路线。”鲍林也许不是共产党员，但与共产党员相比也差不了多少，因此，他的护照再次遭到拒发。希普利在信中还附上了一张用于上诉的表格。
鲍林井不希望上诉，他不想在由一群陌生人组成的陪审团面前为自己的案子辩护，不想再次像他以前在就业资格审查委员会面前那样遭人诽谤，接受令人屈辱的审判。几天之后，他致函国务院称：“考虑到去年我在与国务院打交道的过程中所遭遇的经历，我别无他法，只得放弃这次出国的打算。”他在引述上一次申领护照时自己花去的费用和令人心酸的窘境时，这样写道：“我感到，我再也经受不起这么一次经历了。”他就这样撤回了自己的申请。
此时，他心里已有了另一种打算。
通向斯德哥尔摩之路
朗缪尔说过，鲍林“将会赢得诺贝尔奖