他们没有发现任何东西。他们访谈的每一个人都毫无保留地肯定鲍林对国家的忠诚。他的同事们说，尽管鲍林“毫不隐瞒自己的见解”，是“一个参与者”和“主张自由表达信仰的理想主义者”，他却肯定不是共产党。他们所能告诉调查人员的关于鲍林的最坏的评价是他“好表现自己”，是一个“夸夸其谈的知识分子”。洛杉矶分局进行的调查一直延续到1948年的夏季尚无定论，这使胡佛失去了耐心。他打来电报指责关于鲍林的调查是“本局所进行的最为拖拉的忠诚调查之一”。9月10日，一份长达27页的调查报告终于完成了，到10月14日，胡佛将此报告递交给了公务员委员会以采取进一步的行动。
胡佛迟了一步。鲍林与海军的合同已于9月1日到期，因此他不再受9835号行政命令的约束。另外，此时众议院非美活动调查委员会的负责人托马斯已经去职，他被指控犯有冒领工资罪而于1948年大选后不久被判刑入狱。这个委员会一直在寻找一个有地位的科学家作为攻击目标，要是托马斯不离职的话，根据联邦调查局对鲍林的调查报告，它本来很可能对鲍林进行一次公开审查。于是胡佛采取了另一个步骤，他把对鲍林的调查报告送交司法部长办公室，寻求刑事诉讼的可能性。但是司法部找不出违法的证据。
当鲍林从牛津返回美国的时候，联邦调查局对鲍林的调查已经结束。他回到帕萨迪纳后，同事们告诉他一条烦人的消息，就是特工人员曾来校查问过他的情况，然而特工人员当时曾同时查问过其他一些科学家，特别是那些与原子弹研究有关的科学家的情况，因此鲍林耸耸肩膀，不以为然。
具有讽刺意味的是，当胡佛企图对鲍林的忠诚泼污水的时候，其他人却对他的忠诚大加奖赏。1948年10月，就在联邦调查局竭力找茬以便对鲍林提出刑事诉讼的同时，鲍林与他的四个同事一起在理工学院举行的庆功典礼上接受了总统功勋奖章，这是由政府授予平民的最高荣誉。由杜鲁门签署的奖状肯定了鲍林的“极具想象力的思维能力”，表彰了他在火箭固体燃料和炸药、氧气测量仪和血清代用品方面的“杰出创造”，以及他为“美利坚合众国的杰出服务中所作的特别值得赞誉的事迹”。鲍林对此荣誉感到无上光荣。
这将是在以后的四分之一的世纪中，鲍林从联邦政府得到的最后一次奖励。美国在向右转，作为对杜鲁门的联邦效忠制度的补充，各州政府实施了更加严厉的效忠宣誓措施，这些措施的覆盖面从联邦雇员扩及到了成千上万名州。市政府工作人员。对忠诚性的审查不仅针对间谍或共产党，还针对那些批评美国内政外交政策的平民。在审查人员看来，批评美国政策就是为克里姆林宫效劳。任何批评美国政策的言论，特别是来自左翼的批评，都足以引起审查人员的怀疑。任何人只要与可疑的组织沾上点边，那么即使没有被人抓住犯有颠覆罪的把柄，也会招来恶毒的攻击。1949年初，艾奇逊在被批准担任国务卿的听证会上也曾陷入反共喧嚣的漩涡，他将其称为“野蛮人的攻击”。实行这种高压政策的结果是：批评政府或宣传自由主义目标变得十分危险，人们噤若寒蝉。然而鲍林却仍然我行我素。
到了1949年，任何人都已不敢与哪怕只是带有一丝左倾的组织发生任何牵连，就是在这种情况下，鲍林仍然这样写道：“作为个人，比如像我，必须学会与共产党人和睦相处……我几乎不认识任何被确认为共产党员的人；但是我确实属于一些被称为是共产党阵线的组织。我亲眼目睹这些组织的成员是如何亲密无间，对此我深感兴趣……我从自己的亲身经历中受到鼓舞。假如说，这种现象确实代表了共产党人和非共产党人之间的亲密合作，那么，我就有理由相信，通过建立一个有效的世界政府，世界各国人民最终将发现实现和睦共处是可能的。”
美国自由主义左翼政治团体不断萎缩的时候，也是鲍林在美国的地位和知名度不断提高的时候。他成了残余的左翼分子的护卫者，一位敢于直抒己见的德高望重的科学家。他经常在各种呼吁书上签名并发起各种集会，成了一个引人注目的公众人物，以至于每当一个组织要寻求一个名人来支持某项自由主义行动的时候，都会向鲍林求助。英国主教约翰逊来美国访问时，尽管鲍林倾向于无神论，他还是受人之托帮助组织欢迎活动。约翰逊主教是英国共产党员，被报纸称为“坎特伯雷的红色大主教”①。对他的访问，美国右翼分子纷纷表示抗议，百般加以阻挠。鲍林却不顾这一切，在欢迎约翰逊主教时仍然和他握手，此事被很多报纸广泛报道（然而跑林失望地发现这位红色教长不过是一个古板的老传教士而已）。鲍林发起组织全国性的会议以讨论公民自由权力遭到的侵害，反对政府驱逐外国人的歇斯底里狂潮。他捐款给保卫希斯②基金会，公开反对政府对在纽约受审的十一位美国共产党领导人的迫害，还在洛杉矶的群众集会上呼吁大家“与专搞政治迫害的人和散布共产主义恐慌的人进行斗争”。
①坎特帕雷是英格兰肯特郡的一个区和城市，在英国圣公会体制中，坎特怕雷大主教是全英格兰