奏效，他将继续这样做。
政治形势显然发生了变化，但鲍林没有随波逐流。四年之前，他曾被普遍认为是一个典型的新政支持者，一个游移于中间派和左翼之间的自由派民主党人。但四年之后，尽管整个国家已经发生了变化，鲍林的观念依然如故——在1947、1948两年间，他继续公开宣传对原子能技术实施国际控制，反对效忠宣誓，呼吁保障公民自由权和反对反共歇斯底里。现在的形势是，对共产主义的恐惧心理左右了政治走向，根除共党分子变成了全国范围内的陈词滥调，与此唱反调的人则已是寥若晨星。
不是一盏省油的灯
对联邦调查局局长胡佛①来说，这可是千载难逢的好机会。随着人们对国家安全受到威胁的恐惧与日俱增，他的权力和影响力不断扩张，他将美国改造成他理想中的国度的能力也在增长。打着加强国家安全的旗号，胡佛开始搜集公民的材料，不管他们是否是国家公职人员，也不管他们是否真是危险分子。附上索引和交叉索引的厚厚的档案袋装满了一箱又一箱，从议员、律师到码头工人、图书馆员的日常生活细节都成为收集材料的范围。
①胡佛（J．EdgarHoover，1895—1972），美国联邦调查局局长（1924—1972），建立指纹档案、科学侦察犯罪实验室及联邦调查局国家学院，以反共为目标，对美国公务人员进行“忠诚”调查，招致进步舆论抨击。
联邦调查局的一份卷宗上写着莱纳斯·鲍林的名字。1948年冬季，鲍林离美赴牛津访问几个星期之前，胡佛的得力助手托尔森向他递交了一份告密信。信是由美国化学学会的某个会员写来的，信中说他担心学会的当选主席，即将赴英国访问的鲍林，有亲共倾向。托尔森告诉胡佛：“我查阅了一下档案，结果发现我们从未对鲍林进行过调查，但是鲍林与美国进步公民组织关系密切，并在关于解散众议院非美活动调查委员会的决议上签过名，是这个被共产党渗透的组织的成员……有足够的证据表明他不是一盏‘省油的灯’。”
胡佛之所以未对鲍林进行调查，非不欲也，是不能也。根据效忠宣誓法案，联邦调查局可以进行调查的美国人的范围已经扩充到了成千上万的联邦雇员，包括接受联邦政府资助和与政府签约的教授，但是调查范围仍然是有限制的。大战结束之后，鲍林并未从事任何涉及国家机密的科研项目，也未申请联邦资助。根据9835号行政命令，在私立大学工作的研究人员不属于审查范围。
但是，当鲍林抵达伦敦之后，情况立即起了变化。美国海军研究处助理武官办公室的代表拜访了鲍林。这位年轻的军官告诉鲍林，为了国家利益，美国的科学研究必须与英国并驾齐驱。假如鲍林能够告知海军他对访问过的英国实验室的印象，那将是很有用的。这位军官还说，这不是窃取情报，也不存在辜负对方信任的问题。鲍林所要做的只是告知他对英国科学现状的一般印象而已。作为对他履行政府顾问职能的口报，他们将付给鲍林每天20美元的酬金，鲍林只要在一份合同上签个字。然而，从鲍林签字的那一刻起，他就被列入了效忠审查的范围之内，联邦调查局立即开始调查他的政治历史。
由于鲍林对自己参加过的任何组织都不加保密，因此联邦调查局进行调查十分容易。特工人员查阅了有关档案，找到了一份1947年调查人员与鲍林进行谈话的记录，那次谈话的内容涉及到另一位被怀疑有自由主义背景的科学家奥本海默的忠诚情况。鲍林在谈话中称自己是奥本海默的“亲密朋友”，他告诉调查局说，奥本海默是一个“脾气多变、性格复杂而又绝顶聪明”的人，他本人毫不怀疑奥本海默对美国的忠诚。谈话随后进入有关奥本海默的政治活动。鲍林详细讲述了自己与帕萨迪纳科学家协会，与艺术、科学和专业人士独立公民委员会，与美国进步公民组织的联系，还谈了自己对华莱士的支持。在这份谈话记录中，调查人员加了这样的评论：秘密渠道称艺术、科学和专业人士独立公民委员会好莱坞分会是“加利福尼亚共产党的一个主要的政治和宣传组织”，而且称帕萨迪纳科学家协会内共产党员和共产党阵线的活动分子十分活跃。
联邦调查局从众议院非美活动调查委员会借阅了鲍林的档案，发现档案内有很多《工人日报》和其他共产党报纸的剪报，在这些剪报内“无数次地引用了”鲍林关于原子弹政策和人权问题的讲话。他们认为这些活动都很可疑，但是按照效忠法案的规定，鲍林唯一的非法活动是在战时与美苏友好全国委员会关系密切。这个组织一直被列入司法部长掌握的黑名单之中。
尽管材料不多，却已足以使胡佛下令对鲍林进行全面调查。他要求海军情报局跟踪鲍林在英国的活动，下令联邦调查局特工查阅警察局档案和信用档案，对鲍林在伯克利和康奈尔逗留期间的有关人员进行访谈。他还让联邦调查局洛杉矶分局协调在帕萨迪纳进行的调查。特工人员对鲍林的同事、邻居和加州理工学院的行政官员进行了询问，还获准查阅鲍林在理工学院的私人档案。
但是