—约翰逊法案的一方是那些在战争年代负责协调军界和科技界研究项目的高层管理人员，他们认为与军方共享原子能研究的决策权是最为现实的做法，布什和哈佛校长科南特①等人预言大多数科学家将会支持梅—约翰逊法案。与他们站在一起的有全国各地的上千名支持者。这些支持者相信，该法案能够给予军外科学家足够的代表权，同时又能确保原子能研究的优先地位。比如密立根就联合加州理工学院内外大约200名“平民”向国会递交了一封签名的公开信，敦促国会通过该法案。
①科南特（JamesBryantConant，1893—1978），美国教育家、科学家、哈佛大学校长（1933—1953），为第二次世界大战时组织美国科学为战争服务的中心人物，着有《论了解科学》、《教育与自由》等。
反对梅—约翰逊法案阵线的成员，除了科学家联合会的那些年轻的动乱分子外，还包括了一些受人尊敬的著名科学家，比如贝尔实验室主任和美国科学院院长朱厄特，原子弹研制者费密①和西拉特，当然还有鲍林。鲍林本人同时参加了帕萨迪纳科学家协会和原子科学家联合会，并以个人名义写信支持麦克马洪法案。
①费密（EnricoFermi，1901—1954），美籍意大利物理学家，研究慢中子人工引发原子衰变，最早实现受控链式核反应，获1938年诺贝尔物理学奖，1939年赴美，1942年主持建立世界上第一座原子核反应堆。
大辩论的结果开始偏向反对梅—约翰逊法案的一方。到1946年春天，原子科学家联合会的成员增加到了几千人，其部分原因就是由于该联合会采取的反对梅—约翰逊法案的立场。成员的增加提高了联合会作为院外活动集团的地位。那时麦克马洪的支持者已经争取到了包括杜鲁门总统在内的一些政治家的支持。杜鲁门仔细听取了他们的意见后，感受到了战后选民的情绪，决定支持原子能技术的非军方控制，随后国防部长也很快表示支持。到7月份，麦克马洪法案经过一些修正并让军方在拟议中的原子能委员会中取得一席之地后，在国会获得通过。
这是一个来得有点突然的重大胜利。在鲍林和原子科学家联合会的其他成员看来，这是理智的胜利，它表明和平时期军方不再能主宰一切。杜鲁门和他的部长们开始谈论与苏联和其他国家共享原子秘密的问题，国际关系开始趋暖。人们希望，经过斗争，这个世界有可能摆脱战争的阴影，实现持久的和平。
但是，这种趋势很快就中断了。
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随着麦克马洪法案的通过和广岛冲击波的逐渐淡去，许多科学家重新把自己的精力投入工作和家庭，然而鲍林却继续活跃在政治活动中。公众仍然渴望了解更多的有关原子弹的信息，请他作报告的邀请源源不断。现在他在解释原子弹的技术原理时，还不时插进爱因斯坦等人有关实现平民控制、公开交流科学信息以及成立世界政府的论述。但问题是，他对社会和政治问题谈得越多，他的报告就越发显得苍白无力。
爱娃·海伦目睹了这样的情况。鲍林每次作报告时，她几乎都陪同前往并坐在前排仔细倾听。她注意周围听众的反应，观察哪些地方效果好，哪些地方效果差，并在会后进行点评。她认为鲍林的问题是缺乏信心。每当鲍林谈及政治问题时，他就对自己的有关知识缺少把握，说起来理不直，气不壮。比如谈到原子能技术的控制问题时，他总是服从更高的权威，引用其他科学家或政治家的论断而乏陈己见。这样的讲话丧失了他作科学报告时惯有的幽默感，并由于缺少第一手资料而显得不够真实，因此听起来枯燥乏味。在一场效果很差的报告之后，爱娃告诉鲍林：“你缺乏自信。听众的印象是你对自己所说的东西没有把握。”
对爱娃的评论，鲍林一向是认真对待的。他认识到自己必须努力变成一个原子能政治学方面的专家，如同他以前步入免疫学和生物化学等新领域并成为这些学科的专家一样。他开始研究政治、历史、经济和国际关系。阅读有关书籍，政府报告，从《路易斯安那时报》到《纽约时报》的各种报纸，包括《国民》、《纽约人》和《时代周刊》等在内的各种杂志，还阅读由原子科学家联合会出版的名为《原子科学家通报》的新期刊。
鲍林发现，与量子力学相比，原子能政治学要简单得多。此外，影响决策的竞争对手也比较少，无非是政府、工业部门、军方、科技界和公众等方面。每一方都有自己的计划和关注的热点，把这些东西整理出来并不困难。他发现，只要弄清楚每一方的动机和行动方式，就不难理解人们关于原子弹问题的不同言论。几个月以后，他宣称：“我可以报告自己的研究结果了。”然而，他的演讲却引来了麻烦。
最早邀请鲍林去演讲的团体之一是一个政治行动组织，名叫艺术、科学和专业人士独立公民委员会。这个组织成立于战后，是代表艺术家和知识分子立法利益的一个院外活动集团，同工会或实业家协会的性质相类似。这个组织的政治立场左倾，它的好莱坞分会主要