问题，我们现在就决”定将此问题排除出委员会的职责范围是很不明智的。”鲍林觉得自己的话很重要，因此当会议结束时在自己的笔记本上记下了这句话。
很明显，军人和科学家的想法不一致，因此会议也没有取得任何重要的成果。双方的不同态度集中反映了指导思想的差异。在将军们的眼里，原子弹就是一种武器，它的研制由军方领导，其秘密由军方控制，其使用服务于军事目的。苏联红军是世界上规模最大的一支军队，它决不会放弃从德国人手中解放出来的那些东欧国家。面对苏联的侵略，世界各国共享原子秘密是不可能的。世界也许正在走向另一场战争——资本主义与共产主义之战，脱离这样的大背景认识原子弹的意义是愚蠢的。而在科学家的眼里，原子弹的威力是科学家应用新技术的一大成果，如果这一技术能够加以公开，并供各国共享，则将造福人类。他们通过讨论感到最不安的是，军方将继续单独控制原子弹及其相关技术，并继续对研究工作实施严格保密，这就彻底扼杀了共享技术、造福人类的任何可能性。
争执的舞台已经搭就，而争夺的对象是对原子技术的控制权。
当全国还在欢庆对日作战胜利的时候，脾气暴躁的格罗夫斯将军——军队工程部门的负责人，曾监管过五角大楼的建设以及曼哈顿计划的实施——却已着手为军方控制原子弹技术进行立法。他为国防部起草了一个精心构思的法案，其内容能满足军方和科技界双方的要求。法案建议成立一个包括军方人员在内的九人小组来管理原子能的开发工作，再由这个小组向一个常设的专职部长作出报告。表面看来，这个法案提供了一个军民共同控制原子能的组织机构，内容温和，因此获得了一大批有影响的科学家的支持，包括奥本海默、布什科学研究与发展局的一些负责人以及参与曼哈顿计划的一些重要人物。这项以提案人的名字命名的海—约翰逊法案于1945年10月4日向议会提出。5天以后，在没有事先通知的情况下，就在议会的军事委员会举行了简短而又敷衍了事的听证会。发言者众口一词，均持肯定态度。
某些当事方明显表现出来的急于通过梅—约翰逊法案的举动在科技界迅速引起了反响。各地的讨论小组纷纷指出，该法案仅由国防部一家起草，并获军方的完全支持。尽管支持者口头上赞成非军方控制，而根据法案，陆海军完全可以、甚至能更加容易地对拟议中的九人小组实施有效控制，而且看起来格罗夫斯本人已瞄准了部长这一职务。不过过了几个星期，各地的讨论小组就开始集会反对梅—约翰逊法案。
由加州理工学院的学生和博士后组成的讨论小组的活动很具代表性。他们开始在学院教工俱乐部的被称为雅典娜神殿的地下室里，开会研讨原子能技术的影响及控制问题，并很快成立了一个名为帕萨迪纳科学家协会的组织。该协会的宗旨是“更好地承担科技工作者在促进人类福利和维护世界和平方面的日益加重的责任”，协会主席、副主席以及一些发起者均来自鲍林的实验室，他们都反对梅—约翰逊法案。
1945年11月底发生的一件事情给反对派的活动注入了新的动力。一批美国军人进入被占领的日本原子能实验室，拆散了5台研究型回旋加速器，并把部件扔进了大海。后来了解到这些加速器是严格地用于非军事目的的，尽管格罗夫斯很快就公开道歉，但是日本科学家极度痛苦的呼唤在美国科技界激起了广泛的共鸣。此事清楚表明军队根本不懂得纯科学研究的基本知识，因此美国原子能研究的控制权显然不应该放在他们的手里。
于是，1945年的秋季，几十个精力充沛的青年科学家来到首都华盛顿，他们中有鲍林以前的学生科耶尔，他辞去了奥克里奇原子能实验室的工作，全力进行反对梅—约翰逊法案的斗争。各地的讨论小组联合组成了一个全国性的组织——原子科学家联合会，并在国会山附近的一幢无电梯的大楼里租了一个房间作为办公地点，配备了一台打字机。他们对议员实行盯人式游说，向国会各个委员会邮寄油印的申述材料，并用激烈的言词在报上发布新闻。反对梅—约翰逊法案联合阵线中一位激进的领导者、诺贝尔化学奖得主哈罗德·尤里①该法案称为“国会所写的第一个独裁者法案，你可把它叫作是共产党法案或纳粹法案，也可用其他任何你想像得出的坏名词。”随后，这些人提出了自己的修正法案。1945年12月份，民主党参议员麦克马洪提出一个包含了原子科学家联合会的意见的法案。该法案建议成立一个原子能委员会，该委员会将由总统任命的若干名军外科学家组成的专职小组领导；法案还建议确保研究工作的独立性并指派非军方人士任部长。这样就把军方排除在外了。
①尤里（HaroldClaytonUrey，1893—1981），美国化学家，因发现氖（重氢）获1934年诺贝尔化学奖，后又研究地球化学和天体物理学，对发展原子弹及地球和其他行星起源理论均有重要贡献。
围绕梅—约翰逊法案和麦克马洪法案展开的辩论公开暴露了科技界内部的深刻分歧。支持梅