甚至预先写好了遗书。这份遗书，是后来他在太平洋战争中战死后，于海军省次官办公室的保险柜里发现的，全文写道：——
①日本人的一种习俗。人在临死前，都要换上新的兜裆布，类似于中国穿寿衣风俗。——作者
述志
一死报君国，自古为军人之至高夙愿。战死于疆场抑或捐躯于后方，有何异哉？奋战沙场光荣而亡，易；排众议为己志而毙，难。皇恩浩荡，国家长久。吾朝夕所思者乃君国之百年大计，个人之生死、荣辱何足论哉！《论语》曰：“丹可磨而不可夺其色，兰可燔而不可灭其香。”（原文为汉语）吾身可灭，而吾志不可夺也。
昭和14年（1939）5月31日
于海军省次官官邸
山本五十六题
这样，一直到1939年8月，由于山本的反对和内部意见不统一，日本与德国结盟问题始终没有得到解决。与此同时，德国对同日本结盟的打算也因此时其正与苏联打得火热而冷淡。8月23日，长期对立、争吵的苏德两国突然缔结了互不侵犯条约。在这之前，德国与苏联的缔约活动一直隐瞒着日本。8月21日，德国在断定这时把正在进行的苏德谈判通告它的东方盟友已不会有什么风险之后，才将这一消息告诉了大岛浩。大岛对纳粹政权最为倾倒的就是它作出决定的迅速和果断，现在他有充分的机会来欣赏这一点了。里宾特洛甫在那天晚上打电话通知了他，当时里宾特洛甫正准备动身前往莫斯科，在他上飞机以前，已没有时间看到他的狼狈不堪的日本朋友了。惊恐交加的大岛半夜里求见魏茨泽克，那位德国官员后来告诉里宾特洛甫：“日本大使像往常一样显得谈吐自若。但同时，我却发现他的某种不安情绪随着谈话的进行而不断增长。”
当这条爆炸性的消息传到东京时，日本政府就像打开信箱却猛地碰上一群黄蜂飞出来一样，它对事先没有得到通知而感到十分恼火，并茫然不知所措，上下一片混乱。因为德苏互不侵犯条约与先前德国与日本签订的防共协定是根本矛盾的，这不仅意味着日本原先为牵制苏联而加强防共协定的目的已经彻底告吹，还意味着日本被它所一直依靠的德国盟友出卖了。8月25日，平沼骐一郎召集了最后一次五相会议，决定停止三国同盟条约的交涉。遂后便于8月28日以“欧洲发生了复杂离奇的新形势”为借口，全体辞职。
山本从1936年广田内阁开始，连续3年先后在广田内阁、林铁十郎内阁、近卫文鹰内阁、平沼内阁中任海军省次官，至平沼内阁下台，才与米内一起离开海军省。当时，海军省中曾有相当一部分人主张让山本接替米内，山本本人也表示愿意继续留任次官，但米内不愿意看到山本在海军大臣的位置上被人暗杀，推荐了山本海军军官学校的同期同学吉田善吾担任海军大臣，而让山本接任了吉田海军联合舰队司令的职务。据说，米内认为，在国内目前的形势下，只有让山本到海上去，才是保住他性命的唯一办法。山本也因此到了他人生旅途的顶点。这正是：执意反对三国结盟，只为一意称霸远东。欲知后事如何，且看下章评说。
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