大利记者丧生。幸存者也面临着严峻的考验：他们还得在日本人追赶的情况下坚持两天才能到中国军队前沿。
“珀内”号被击沉了的消息激怒了美国人，也使山本出了一身冷汗。因为熟知美国历史的山本十分清楚，本世纪初美国参加的三场有名的帝国主义战争之一——美西战争，就是因“梅因”号被西班牙击沉而爆发的。山本十分害怕此时与美国发生纠葛，因而在日本外相照会美国大使馆“深表歉意”并愿意赔偿一切损失的同时，山本也发表声明：“这次事件的责任全在日本方面，海军应该诚恳认错。”并将事件的直接责任者海军第二联合航空队司令三并贞三少将免职查办。美国由于还不想马上与日本交战，也急于使这场危机冷却下来，所以只简单地相信了日本说的日机弄错了“由内”号的国籍的解释，在日本向美国交了一张2214007·36美元的赔款支票后，整个事件就算了结。这总算了结了悬在山本心头上的一桩心事。
可是事隔不久，陆军就要与美国最讨厌的敌人——德国缔结针对美国的条约，这自然不能为山本所同意。本来与德国结盟的意图在于压迫苏联，以有利于日本尽快结束在中国的战争，而现在又要同英、法、美为敌，这岂不是违背初衷？山本基于这一理由，支持海军大臣米内光政在内阁会议中持强硬态度。但陆军也不相让，11月1日，德国正式提出条约草案。11月11日，首、陆、海、外、藏五相举行会议，会上新外相有田八郎就与德国结盟问题作了谅解性的说明，强调“本协定主要是针对‘苏联’，但英法等国一旦加入苏联方面则即成为对象，英法等国本身并不是对象。”由此会议才通过了促进早日缔结日、德、意三国协定，并决定参考德国方案，迅速制定日本方案。但大岛浩与陆军坚持接受德国方案，不同意只把苏联作为对象。走投无路的近卫内阁，不得已刚过新年便于1939年1月4日提出辞职。
1月5日，枢密院议长平沼骇一郎出面组阁。在新组建的内阁中，海军大臣米内、陆军大臣板垣和外务大臣有田等主要阁臣皆未变动。刚刚成立的平沼内阁碰到的主要问题仍是三国同盟问题。1月6日，德国向日本与意大利重新提出三国同盟方案，其内容与1938年11月1日提出的方案完全一样。这一次平沼内阁打算在很大程度上满足德国的愿望，但仍没有走得像陆军所要求的那么远，只是答应可扩大到苏联以外的“第三国”，但如德国直接攻击苏联以外的第三国，而苏联未参战时，日本仍要视情况决定是否援助德国。
这一妥协不为陆军中的右翼分子所满足是在预料之中的。刚升任驻德大使的大岛浩和驻意大利大使白鸟坚决要求完全接受德国的方案，并在与纳粹外长里宾特洛甫谈判时，以欺骗手段答应了德国的要求。对此有所察觉的天皇，特意训令平沼首相，如果驻外机构不服从国内训令时应召回或作适当处理。为此内阁迫不得已，改变了过去以电报发出训令的办法，而采取派遣由外务、陆军和海军组成特使团的办法，直接到国外去传达国内的指令。
特使团于2月下旬前往德国和意大利，向大岛和白乌两位大使传达国内关于缔结三国同盟条约的指示。然而，可笑的是这两位大使不仅不服从政府的指示，反而向外务省提出要按照德国的要求，以苏联以外的第三国为对象，包括武力援助在内。由于两位大使在外拒不执行国内政府的命令，并分别答应里宾特洛甫和齐亚诺说，在德、意与英法开战时，日本将负有参战的义务。这是明目张胆地无视国内指令，超越权限的独断专行。海军大臣米内光政在山本五十六的支持下，坚持要将大岛和白鸟召回国内，但遭到陆军的反对而未果。
到了5月，德国外交部条约局局长高斯提出了妥协案。这个妥协案虽然在表面上作了若干让步，但实质上却和过去的德国方案没有什么区别。5月7日，五相会议研究了高斯方案。陆相和首相主张立即接受，但海相米内坚决反对。为讨论三国同盟问题，平沼先后召集了70多次五相会议，每次都毫无结果，一直到8月下旬，平沼辞职。当时社会上袭用江户时代的做法，编了一首打油诗来形容平沼的窘境：
平沼碍难买斗米，
只好——
今日买半斗，
明日买五升。（五相、五升日语发音相同，意为今日五相，明日复五相。）
德国等得不耐烦了，而日本的答复就像日本人喜爱的一种套箱一样，箱子里面还套有更小的箱子。于是5月21日，对于日本的迟疑已急不可耐的德国，便先和意大利缔结了“钢铁盟约”。在这一形势下，日本国内法西斯分子掀起狂热的反英运动，海军首当其冲成为他们攻击的目标，尤其是山本五十六更成为他们所痛恨的对象。由于海军大臣米内光政一向寡言少语，看起来十分木讷、柔弱，在社会上有“金鱼大臣——装饰”之称，因此对海军的非难主要集中在好斗的山本身上。社会上到处传言，说山本是米内的真正后台老板，指责山本是阻止签订三国同盟的“绊脚石”和幕后策划者，是“亲英美分子”。就连他参加了一次英国大使馆的电影晚会也受