8月间，昆明遭到日机的疯狂轰炸，联大许多学生宿舍被毁，实验室、办公室也多遭破坏。但敌人的狂轰滥炸并未能摧毁师生抗战的意志，学生自治会就学校被炸事发表声明，愤怒宣告：“敌人此种特意摧毁我文化机关之野蛮行为，诚属令人发指，然敌机仅可毁吾人之物质，而不能摧毁吾人之精神，仅更增吾人之仇恨，而不可挫折抗战之决心。”为了避免轰炸，适应学习正常进行，学校于昆明北郊距城7．5公里之龙院村北，购地400亩建盖校舍。清华大学也于东北郊龙泉镇司家营成立文科研究所，由冯友兰任所长，闻一多为主任。这个研究所原是闻一多发展中文系的计划之一，清华许多教师都搬到研究所住。
11月13日下午，朱自清雇了一辆马车，至黄土坡黎园村搬运书籍和衣物，五时许运到司家营清华文学研究所。
研究所是一座古旧的院落，一色木结构的建筑，有一方小小的天井，楼上可以晒到阳光，楼下则很阴暗，但环境比较安静，没有空袭干扰，便于著作研究。闻一多全家住在一个侧楼里，朱自清单身一人，遂和浦江清、何善周、许骏斋等三人合住在闻一多对面的侧楼上，中间大楼是图书室，也是公用的书房。由于住处临近，他和闻一多交往逐渐密切，后来他曾详细地叙述了闻一多当时辛勤劳作的情状：我和闻一多先生全家，还有几位同事，都住在昆明龙泉镇司家营的清华文学研究所里，一住两年多。我老是说要细读他的全部手稿，他自然答应。可是我老以为这些稿子就在眼前，就在手边，什么时候都成；不想就这样一直耽搁到我们分别搬回昆明市，到底没有好好读下去。……
在文科研究所住着第二年，他重新开始研究《庄子》，说打算用五年工夫在这部书上。古文字的研究可以说是和《诗经》、《楚辞》同时开始的。他研究古文字，常像来不及似的；说甲骨文金文的材料究竟不太多，一松劲儿就会落在人家后边了。他研究《周易》是二十六年在南岳开始；住到昆明司家营以后，转到伏羲、神话上。①
钦佩之情，溢于言表。
从司家营到城里上课，没有直通车，只能步行，朱自清遂将课集中在三天里，每逢星期二，他便夹着布包，沿着金汁河的堤岸向西步行十来里至联大上课。上完课就在北门街联大宿舍住宿，星期五上午再步行回到司家营。这学期他开讲“文辞研究”，这是中文系为朱自清的专长而特设的课程。关于这方面资料，他搜集很多，每一个历史的意念和用词，都加以详细的分析比较，研究它的演变和确切的涵义。
由于内容比较枯燥，选修的只有王瑶和季镇淮两个学生，尽管如此，朱自清还是如平常那样讲授。“文辞研究”是一门新学科，主要是研究春秋时代的“行人”之辞和战国时代的游说家之辞。没有课本，上课时朱自清“拿着四方的卡片，在黑板上一条一条地抄材料，抄过了再讲，讲过了又抄，一丝不苟，如像对着许多学生讲课一样”。①他从不缺课，对学生也极严格，课上完后，照例对他们分别进行考试，他让季镇淮段标点《左传》成公十六年所记晋楚鄢陵之战的始末，和《孟子·腾文公下》“陈代曰”一章。经过这次考试，季镇淮才认识到分段标点古文并非易事，必须对字句意义先有透彻的了解，才能正确地进行。交卷后没几天，朱自清就把卷子发还给他，上面已用铅笔添注了个别没读懂的字，还校改了几处标点的错误。几天之后，季镇淮经过昆华北院研究生宿舍处，遇见了朱自清，被叫住了，朱自清对他说：“有一处标点还是你点的对，不要改”。这件事使季镇淮很感动，他说：“朱先生阅学生作业不仅认真、细心，而又非常虚心，并不固执己见，对学生作业即使是一个句读符号，也要几番考虑，唯善是从”。②
他还为新同学讲“大一国文”，一个新生被别人怂恿着去听朱自清讲鲁迅的《示众》。他回忆道：上课铃才响，朱先生便踏进教室——短小精悍，和身躯比起来，头显得分外大，戴一副黑边玳瑁眼镜，西服陈旧而异常整洁——匆匆走到教案旁，对我们点了点头，又点过名，便马上分条析理地就鲁迅及《示众》本文的思想内容和形式技巧各方面提出问题，逐一叫我们表示意见，而先生自己则加以补充，发挥。才一开始，我的心在卜卜乱跳，唯恐要在这许多陌生的同学前被叫起来，用还没有学好的国语艰涩地道出我零乱的思想来。然而不多一会，我便忘掉一切，顺着先生的指引，一步一步的终于看见了作者的所见，感受到作者的感受……就这样的，我听完先生授毕预定讲授的大一国文教程中的白话文。①
这时，朱自清的身体已经不好，胃病时常发作，他收入不多，家用又大，经济非常拮据。单身一人，生活无人照顾，只能随着大伙吃大厨房的糙米饭。有时，实在受不了，上课时自城里带回一块面包或两三个烧饼，不然就整天吃稀饭。胃病厉害时，连蔬菜也不易消化，只好在嘴里嚼嚼再吐出来。12月8日，他和别人谈话中，得知日本发动珍珠港事变，攻击美国，太平洋战争爆发，心中十分高兴，逢人便告知这一消息。晚上和朋友饮酒庆祝，不料夜里胃病发作，倚在