1895年，面对已衰败不堪的大清王朝，一些心存忧虑的中国人用各种方式试图来拯救。5月2日，康有为联合各省应试举人1300多人发动“公车上书”，要求“拒和”、“迁都”、“变法”，资产阶级改良派开始登上政治舞台。
另一方面，孙中山等人试图用另一种方式来改变这个国家的前途和命运。10月10日，兴中会的主要骨干孙中山、陈少白、郑士良、杨衢云、黄咏商、谢缵泰等七八人在香港集议，选举兴中会的主要领导人——总办，而且大家商定，这个总办就是起义成功后所成立的临时政府的大总统。对于这一重要职位的人选，兴中会内部有两种不同的意见：陈少白、郑士良等人认为非孙中山莫属，而谢缵泰则拥戴杨衢云。
这种分歧不难理解。原香港辅仁文社的几个人加入兴中会后，虽在革命大方向上与孙中山等一致，但因派系不同而存在矛盾。其中尤其是辅仁文社创始人之一的谢缵泰，对孙中山印象一直不好，他曾这样描述他眼中的孙中山：
孙逸仙看来是一个轻率的莽汉，他会为建立“个人”的声望而不惜冒生命的危险。他提出的都是易招物议的事情，他认为自己没有干不了的事情，他认为自己没有干不了的——事事一帆风顺——“大炮”！
选举开始还比较顺利，大家都同意孙中山当总统。选举后，孙中山本来打算很快回广州，在起义前不准备再来香港，所以他要杨衢云负责香港方面的工作。杨也答应。
不料事隔一日，情况突然发生变化。据陈少白在《兴中会革命史要》里回忆：杨衢云突然提出要把总统一位让给他。
孙先生听到这几句话，觉得事情还没有开始，同志间就发生地位之争，非常痛心，精神上就受了一个很大的打击。所以就约了我同郑士良三个人，开一个会议。郑士良听到孙先生说明上面的事情，他就说：“这是不能答应的，我一个人去对付他，我去杀他，非杀他不可。”当时我就说：“这是不对的。杀了他，在香港就出了人命案件，我们还能起事吗？照我的意思，我们先去省城办事。办成功那就没有问题了；办不成功，随便什么人作总统是没有关系的。”孙先生就依照我的意思，在当天晚上，再开一次联席会议，出席的人中还有一个英国人和一个美国人（系化学师），是孙先生由檀香山约来的。在会议席上，孙先生就自己提出来，把总统的名义让给杨衢云。
无论如何，孙中山还是以革命利益为重，让出了“总统”职位，这也是他人生的第一次让位。其实从实力上看，孙中山也有他的让位考虑：杨衢云手握起义运动的经济大权，他的经费来源主要是黄咏商和余育之两人所捐，余与黄都是支持杨衢云的人；相比之下，孙中山等人所得甚少。这样广州起义的经费不得不依靠香港杨衢云方面。另外，杨衢云不但掌握经费，还负责起义的诸多工作，征募部队、密购枪弹等。这也是孙中山不欲与杨起纠纷的原因。
杨衢云回香港后一直积极作起义准备工作，寻找敢死队队员。但就在起义前一天，出了意外。
得到“总统”名义的杨衢云在香港先组织了一个小分队，名为“总统卫队”，卫队成员与其他领队待遇一致，此举导致领队们心存不满，认为杨衢云有失公正——卫队配备的武器精良，而他们的配备有好有坏，于是要求更换，否则晚上不带士兵上船。此时，杨衢云已无时间满足这些领队的要求，于是急告广州方面，要求延期两天行动。
10月26日，预定的起义日，孙中山接到香港方面无法按时前来的电报。陈少白回忆：
……到初九日（26日），天还没有亮，我就起来，马上跑到农学会，等了好久，并没有消息。绿林首领、军队首领、民团首领等都来讨口号等命令，而孙先生却还没有来。本来香港船在早晨六点就应该拢岸了，我们一直等到8点钟，才见孙先生行色匆匆地拿了一个电报来，一看是杨衢云打来的。电报上说：“货不能来。”我就同先生商量这事怎么办呢？我说：“凡事过了期，风声必然走漏，再要发动一定要失败的。我们还是把事情压下去，以后再说吧！”孙先生也以为然。一方面就把领来的钱，发给绿林中人，叫他们回去再听命令，同时马上打电报给杨衢云，叫他“货不要来，以待后命”。
原来的起义部署被完全打乱，缺乏香港方面的力量，冒险举兵起义，难以保证起义得到成功；孙中山只好采纳暂缓行动的建议，于是党员急起而消灭种种形迹，毁文籍、藏军械，以保存力量。同时，打电报给杨衢云，让他们暂时不要来广州。
其实在此之前，起义计划已遭到告发。而告发之人，正是起义领导人之一朱淇的哥哥朱湘。朱湘是位清末举人，任广州西关清平局书记。朱淇是兴中会骨干，为起义起草讨满檄文及安民布告，而起义前两天，碰巧被哥哥朱湘看到。他唯恐受到牵连，就假借朱淇名义向省河缉捕统带李家焯告密。李得报后一面派人监视孙中山，一面向两广总督谭钟麟报告。岂料，谭钟麟并不相信著名医生孙逸仙会造反，反而哈哈大笑说，“孙乃狂士，好作大言，焉敢造反”，