坚决不肯相信。惮于孙中山是位名医，又是基督徒，李家焯一时也不敢轻举妄动。
另一边，杨衢云在香港的筹备活动也已经暴露。10月27日，巡官斯坦顿获悉有人雇用约400名战士，乘“保安”号夜航进入广州。斯坦顿马上将情报电报给广州政府。清总督府接电报，立即组织1500多名清军进入广州城内，开始了大搜捕，广州城内的农学会、王家祠等起义的指挥机关都被清军查获。
10月28日凌晨，当“保安”号开抵省河时，清兵已派兵在码头守候搜查。船上虽有起义军400多人，但分装在7大箱的枪支和子弹都被别的货压在底下，无法取出来武装自己。邱四和朱贵全等40人被捕，后来的人因伪装及时，才躲过了抓捕。
这时的广州当局，一面提审被捕人员，一面继续搜捕起义者。在搜捕中陆皓东不幸被捕。
陆皓东原本也可以逃脱搜捕，但他担心双门底机关的会中名册被搜去，将会累及许多会员受难，于是他不顾其他人劝阻，冒险前往。名册烧掉后，他也不幸被捕入狱。南海县令李征庸遵照两广总督的命令，提讯陆皓东。当李叱令陆跪下时，陆挺立不动，并拒绝供出任何会员。11月7日，陆皓东、邱四、朱贵全3人英勇就义，程奎光受600军棍的酷刑，伤重而逝，程耀宸也病死在狱中。这5位是最早为中国革命献身的烈士，孙中山后来在自传里称陆皓东“为中国有史以来为共和革命牺牲者之第一人”。
孙中山见城内风头已紧，立即告陈少白及手下各人迅速离开广州，摆脱了盯梢的人后，他半夜砸开了早年在意奥拉尼学校时的同学家，孙中山在这里听到了他最好的朋友和同学陆皓东不幸被捕的消息，不禁痛哭失声。躲藏了三天，等清军的搜捕和戒备有点松懈下来，便化装成一个商人，与尤列等人搭乘一艘小火轮，离开广州，经顺德又到了香山县，转澳门到达香港。
1895年12月7日，清朝以重金悬赏通缉孙中山等17人，其中孙中山名列榜首。两广总督谭钟麟派人到香港要求引渡孙中山等人，香港当局判令孙中山、杨衢云和陈少白三人出境5年，此后，清政府还向亚洲、美洲、欧洲各国的清使馆发出电文通缉孙中山。
领导广州起义的时候，孙中山年仅29岁。广州起义虽然流产，但“由于先生这一次的起义，才觉醒了醉生梦死的中国同胞，这是伟大的国民工作之开始，中国民族恢复自由平等的起点，在革命史上应该占最重要光荣的一页”（胡汉民：《贯彻总理首次起义精神》）。也是自广州起义后，孙中山开始在人们的心目中成为“革命党”的代表者和旗帜。