主，我党跟从之。建议中共中央发表声明不实行新民主主义，同蒋介石设法妥协。最后表示决心同中央争论到底，到共产国际去打官司。第二天，王明在中央书记处工作会议上更系统地阐述他的观点。王明的观点受到会上许多人的批评。毛泽东严肃地指出：王明在武汉时期有许多错误，我们等待他许久，最近我和他谈过几次，但还没有谈通。他认为我们过去的方针是错误的，太“左”了。恰好相反，我们认为他的观点太右了，对大资产阶级让步太多了，只是让步是弄不好的。
因为王明在争论中提出了对目前时局的严重的原则性问题，毛泽东提议停止讨论苏维埃后期的错误问题，集中讨论抗战以来中央的政治路线。他希望王明把他的意见在政治局会议上加以说明。但王明却突然称病不肯出席政治局会议，使会议未能举行。以后，他就长期称病，拒绝参加中央的整风会议。
十月十三日，毛泽东在中央书记处工作会议上宣布，因为王明生病，政治局会议停止讨论。关于王明在武汉时期工作中的错误，依照十月八日书记处工作会议提出的“在武汉时期政治上组织上都有原则的错误，但不是路线的错误”作为定论。⒂
关于苏维埃运动后期的错误，毛泽东起草了一份书面结论草案，题目是《关于四中全会以来中央领导路线结论草案》。草案概括地说明：“这条路线的性质是‘左’倾机会主义的，而在形态的完备上，在时间的长久上，在结果的严重上，则超过了陈独秀、李立三两次的错误路线。”草案分析：这条路线在思想方面犯了主观主义与形式主义的错误；在政治方面，对形势的估计，对策略任务的提出与实施，对中国革命许多根本问题都犯了过“左”的错误；在军事方面，犯了从攻打大城市中的军事冒险主义转到第五次反“围剿”中的军事保守主义（同时也包含着拼命主义），最后在长征中转到完全的逃跑主义的错误；组织方面犯了宗派主义错误。草案还指出，一九三五年一月召开的遵义会议“实际上克服了当作路线的‘左’倾机会主义，解决了当时最主要的问题——错误的军事路线、错误的领导方式和错误的干部政策，实际上完成了由一个路线到另一个路线的转变，即是说克服了错误路线，恢复了正确路线。”⒃这个结论草案的许多重要内容后来被吸收到中共六届七中全会通过的《关于若干历史问题的决议》中。为了进一步弄清党的历史上的路线是非，十月十三日中共中央书记处工作会议决定组织一个研究党的历史的委员会，由毛泽东、王稼祥、任弼时、康生、彭真组成，以毛泽东为首。
大概就在起草这份结论草案以前，毛泽东还写了题为《关于一九三一年九月至一九三五年一月期间中央路线的批判》的长篇文章，从思想上、政治上、组织上以及策略方面逐篇地系统地批判了王明“左”倾路线统治时期的九篇有代表性的重要文献，指出它们的主观主义、冒险主义、宗派主义和关门主义的特征。毛泽东当时只把这篇文章给刘少奇、任弼时看过，一直没有发表。关于没有发表的原因，一九六五年五月毛泽东曾这样写道：“这篇文章是在延安写的，曾经送给刘少奇、任弼时两同志看过，没有发表。送出去后也就忘记了。一九六四年有人从档案馆里找出这篇文章的原稿，送给我看，方才记起确有这回事。在延安之所以没有发表，甚至没有在中央委员内部传阅，只给两位政治局委员看了一下，就再不提起了，大概是因为这篇文章写得太尖锐了，不利于团结犯错误的同志们吧。”⒄因此，当时这篇文章不但在社会上，并且在党内也没有直接发生影响。但通过写作这篇长文，使毛泽东对那个时期中央的路线错误的认识大大深化了。
同一九四○年底政治局讨论党的历史的那次会议相比，一九四一年的九月会议大大跨进了一步，因为它使党的领导层对必须反对主观主义和宗派主义这个根本问题大体上取得了共识。毛泽东曾这样评价：“九月会议是关键，否则我是不敢到党校去报告整风的，我的《农村调查》等书也不能出版”，“整风也整不成”。⒅
九月会议后，毛泽东集中力量领导高级干部的整风学习，他认为“犯思想病最顽固”的是高级干部，“将多数高级及中级干部的思想打通，又能保存党与军的骨干，那我们就算是胜利了。”⒆根据九月会议的决定，成立了中央研究组（又称中央学习组），毛泽东任组长，王稼祥任副组长。延安及各地方也成立高级学习组，归中央学习组管理指导。毛泽东规定中央学习组的任务是：“一方面研究马克思主义思想方法论，一方面研究六大以来的决议。”他还提出，“延安开一个动员大会，中央政治局同志全体出马，大家都出台讲话，集中力量反对主观主义和宗派主义”，但要注意“把犯了错误的干部健全地保留下来”。⒇
对如何研究党的历史，第二年三月，毛泽东在中央学习组上作了讲话。他说：“我们要研究哪些是过去的成功和胜利，哪些是失败，前车之覆，后车之鉴。”“现在来考虑我们过去所走的路和经验，要有系统地去考虑。路是一步一步走过来的，虽然在走每一步的时候也曾考虑过昨天是怎样走的，明天