查研究局下设情报部、政治研究室、党务研究室，毛泽东兼政治研究室主任。中共中央还成立了思想方法学习小组，也由毛泽东任组长。根据毛泽东的提议，中共中央先后发出王稼祥起草的《关于增强党性的决定》和毛泽东起草的《关于调查研究的决定》。中央还把毛泽东主持编辑的历史文献集《六大以来》发给大家，要大家认真阅读，结合实际进行比较和分析，看看哪些是对的，哪些是不对的。
这一系列措施，特别是对《六大以来》的阅读和研究，对开好九月会议起了决定性的作用。胡乔木回忆说：“当时没有人提出过四中全会后的中央存在着一条‘左’倾路线。现在把这些文件编出来，说那时中央一些领导人存在主观主义、教条主义就有了可靠的根据。有的人就哑口无言了。毛主席怎么同‘左’倾路线斗争，两种领导前后一对比，就清楚看到毛主席确实代表了正确路线，从而更加确定了他在党内的领导地位。”“编辑《六大以来》就是为了解决政治路线问题”，“《六大以来》成了党整风的基本武器”。⑨毛泽东在一九四三年把采取这些措施后引起的变化说得很明白：“一九四一年五月，我作《改造我们的学习》的报告，毫无影响。六月后编了党书（指《六大以来》。——引者）。党书一出许多同志解除武装，故可能开九月会议。”⑩
九月会议时断时续开了一个多月，集中讨论了五次。会议重点是检讨党在十年内战后期的领导路线问题。毛泽东在第一天的会上，作了反对主观主义和宗派主义的报告。他一开始就说：党内有这样的历史传统：不切实际，按心里想的去办，这就是主观主义。他指出：“过去我们的党很长时期为主观主义所统治，立三路线和苏维埃运动后期的‘左’倾机会主义都是主观主义。苏维埃运动后期的主观主义表现更严重，它的形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨。”这是因为他们自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，其实是假马克思主义。他说：“遵义会议，实际上变更了一条政治路线。过去的路线在遵义会议后，在政治上、军事上、组织上都不能起作用了，但在思想上主观主义的遗毒仍然存在”。他又说：六中全会打击了主观主义，但仍没有引起一般的注意。主观主义已不占统治的地位，但还相当地存在着。毛泽东分析主观主义的来源主要是党内“左”的传统，苏联的德波林等的影响，以及中国广大小资产阶级的影响。他提出：克服主观主义要从政治局同志做起，研究马恩列斯的思想方法论，“以思想、政治、政策、军事、组织五项为政治局的根本业务”，强调“掌握思想教育是我们第一等的业务”⑾。
会上，有二十八人次发了言，谈了在中央内部开展反对主观主义和宗派主义的斗争有着极大的意义。许多人以自我批评精神认真检讨了自己历史上所犯的错误。
张闻天在发言中指出：“毛主席的报告，对党的路线的彻底转变有极大的意义。过去我们对苏维埃后期的错误没有清算，这是欠的老帐，现在必须偿还。”他还说：“对中央苏区的工作，同意毛主席的估计，当时路线是错误的。政治方面是‘左’倾机会主义，策略是盲动的。军事方面是冒险主义（打大的中心城市、单纯防御等）。组织上是宗派主义，不相信老干部，否定过去一切经验，推翻旧的领导，以意气相投者结合，这必然会发展到乱打击干部。思想上是主观主义与教条主义，不研究历史与具体现实情况。”⑿
博古诚恳地作了自我批评。他说：“一九三二年至一九三五年的错误，我是主要负责的一人。当时我们完全没有实际经验，在苏联学的是德波林主义的哲学教条，又搬运了一些苏联社会主义建设的教条和西欧党的经验到中国来。过去许多党的决议是照抄国际的。”⒀他表示：现在我有勇气公开研究自己过去的错误，希望在大家帮助下逐渐克服。
王稼祥总结了主观主义产生的根源，他说：除中国的社会原因外，“就是经验不够，学了一些理论而没有实际工作经验的人，易做教条主义者，从莫斯科共产国际回来没有实际工作经验的人，更易做教条主义者；实际工作经验多的人，不易做教条主义者，而容易成为狭隘经验主义者”。⒁
这次九月会议，特别是毛泽东在第一天所作的反对主观主义和宗派主义的报告，为以后全面开展的延安整风运动确定了基调，并且在党的领导层内取得了大体一致的认识。
只有王明在会上丝毫不作自我批评。他发了两次言，虽然表示同意毛泽东的发言，承认一九三二年至一九三五年的错误是路线错误，但却完全推卸责任，说自己对博古、张闻天在中央苏区的政策和作法是不同意的，强调博古是苏维埃运动后期错误最主要的负责者。
鉴于这种状况，毛泽东、王稼祥、任弼时一起多次找王明交谈，希望他能够转变态度认识错误。在十月七日的谈话中，王明不但避而不谈自己的问题，反而攻击中共中央自抗战以来的方针是太“左”了。他指责毛泽东的《新民主主义论》和《陕甘宁边区施政纲领》是只要民族资产阶级，不要大资产阶级，这是不好的。认为目前应当以国民党为