中共中央所在地上海。中共中央农委原已决定设立，但组织一直没有健全。毛泽东到任后方才正式办公。
毛泽东主持中央农委工作后，立刻把自己的重点从对中国农民问题的研究，进入到对在全国范围内发展农民运动作出通盘的部署。他所做的第一件事就是制定《目前农运计划》，并于十一月十五日得到中央局批准。这个《计划》提出，农民运动要首先在那些具有有利条件而又在国民革命中具有重要意义的地方大力开展起来。“在目前状况之下，农运发展应取集中的原则。全国除粤省外，应集中在湘、鄂、赣、豫四省发展。”因为这四省是北伐战争准备首先推进的地区，发展这里的农民革命，从根本上瓦解军阀统治的基础，这是毛泽东历来的主张。“次则陕西、四川、广西、福建、安徽、江苏、浙江七省亦应以相当的力量去做。”这个以重点带动全局的设想，使全党的农运工作有了一条具体的行动路线。《计划》还要求“各地农运须切实与国民党左派合作”，决定“在武昌开办农民运动讲习所”。
毛泽东不愿只是坐在大城市里去指导农民运动。为了实施《目前农运计划》，十一月下旬他赴长江沿线一带视察，联络江西、湖南、湖北诸省国民党省党部，商办武昌农民运动讲习所事宜。
在南昌，毛泽东会晤了林伯渠。林此时担任国民革命军第六军党代表、国民党中央政治委员会常委。他在十一月二十六日的日记中记载：“晚开会晤润之。归寓已十二时矣”。⑾第二天，他们又一同访问第二军代理军长鲁涤平和该军副党代表李富春，以争取支持。晚上，国民革命军总政治部副主任郭沫若宴请林伯渠、毛泽东等。这是郭沫若第一次同毛泽东见面，后来他把此事写进回忆录《洪波曲》，感觉毛泽东“静如处子”，很有些像汉初的张良。由于毛泽东、林伯渠、李富春多方面地做工作，江西临时政治委员会二十九日作出决定：江西选送一百五十名学员到武昌农讲所，并负担经费一万三千元。林伯渠在这天的日记中说：“十一时开十一次政委会，议决农讲经费、农民协会补助费、合作社各案。”⑿
这时候，随着北伐战争的节节胜利，湘、鄂、赣三省出现了农村大革命的高潮。毕业于广州第六届农讲所的毛泽民、贺尔康、庞叔侃、朱友互、王首道等三十多名学员回湖南后，成为农运骨干。到一九二七年一月，湖南派往各县的农运工作人员有二百零三人，农民协会会员从四十万人激增到二百万人，能直接领导的群众增加到一千万人，在湖南农民全数中差不多有一半已经组织起来。凡有农协的地方，农民对土豪劣绅、不法地主展开了减租、减息的经济斗争，并旁及各种宗法的思想和制度。湖南有些县成立县务会议，出席这些会议的有农协和工会的代表，群众团体实际上已参与政权的工作。
像急风暴雨般迅猛兴起的农民运动，在人们面前提出了一系列以往从来没有遇到过的新问题。如何看待这些问题，成了社会各界瞩目的焦点。
同地主豪绅有千丝万缕联系的国民党右派，包括北伐军中的一些军官，坐不住了。“农民在乡里造反，搅动了绅士们的酣梦。乡里消息传到城里来，城里的绅士立刻大哗”⒀。他们攻击农民运动“破坏了社会秩序”，是“痞子运动”，是“扰乱了北伐后方”。一些中间派分子也开始动摇起来，说农民运动已经“越轨”了，应该加以限制，防人利用。联合阵线内部潜伏的危机越来越表面化了。
关于农民运动的争论，也反映到党内。
一九二六年十二月初，毛泽东从南昌到达武汉。在汉口设立中央农委办事处，同国民党湖北省党部筹商农讲所事情。十二月十三日至十八日，毛泽东以中央农委书记身分在汉口参加中共中央特别会议。
这次会议错误地根据陈独秀的政治报告作出决议案说：当前“各种危险倾向中最要的严重的倾向是一方面民众运动勃起之日渐向‘左’，一方面军事政权对于民众运动之勃起而恐怖而日渐向右。这种‘左’右倾倘继续发展下去而距离日远，会至破裂联合战线，而危及整个的国民革命运动。”根据这个分析，会议规定当时党的主要策略是：限制工农运动发展，反对“耕地农有”，以换取蒋介石由右向左；同时扶持汪精卫取得国民党中央、国民政府和民众运动的领导地位，用以制约蒋介石的军事势力。事实上，蒋介石的军事势力和他的日益向右并不是这种策略所能限制得了的。推行的实际结果，只是单方面地限制工农运动的发展，牺牲工农群众的利益。在会上，陈独秀还说湖南工农运动“过火”、“幼稚”、“动摇北伐军心”、“妨碍统一战线”等。
会上不少人不同意陈独秀的意见。广东区委的负责人重申依靠工农群众反对蒋介石的主张。中共中央委员、湖南区委书记李维汉提出，根据湖南农民运动的发展趋势，应当解决农民土地问题，“毛泽东赞同湖南区委的主张，但陈独秀和鲍罗廷不赞成马上解决土地问题，认为条件不成熟。”⒁毛泽东讲了他不同意陈独秀的看法，但讨论没有展开下去。毛泽东还在会上提醒中央注意：“右派有兵，左派没有兵，即右派有一排