事关重大，着议政王大臣会同九卿、詹事、科道各部门官员共议”。
这种大范围地动员朝廷各部门官员议耿精忠罪，徒具形式。因为罪名已定，皇帝意图已是明显，谁敢给精忠说情？更没有人敢提出减刑。二十日，议政王等大臣会议，还是照圣祖已表示的意见做出判决：将耿精忠等分别“凌迟”或处斩。圣祖当即批准。名单如下：
革去耿精忠王爵，凌迟处死；其子耿显祚革去散佚大臣，处斩；
精忠部属徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振帮、蒋得、刘进忠等均凌迟处死；
判处黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭景汾、罗万里、祖弘勋、陈仪、陈斌、吕八斩首。
以上各犯，立即行刑处决。
其中，耿精忠、刘进忠两人在处死后，割下首级示众。
在处理这一“逆案”中，仅赦免了田起蛟、金镜、李学诗、陈梦雷等四人的死刑，他们中有的是旗人，给予他的本主为奴；系民人的，要入官，给披甲新满洲为奴。以上见《清圣祖实录》，卷100，11~13页。
由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不得进行，迫使朝廷宣布停撤。经过八年血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。其撤藩手段，不过是“擒贼先擒王”，分别把耿精忠、尚之信及其心腹逮捕处死，问题马上就解决了。
从已揭示的史料来看，我们有理由认为，圣祖对耿精忠、尚之信的处置，是一场有组织、有计划、有预谋的政治谋杀。圣祖撤藩，是既定国策，体现了满族统治者的根本利益和要求，当然也符合封建中央集权的要求。耿、尚连同吴三桂及其子孙，再推而扩之，累及他们的部众，都成了撤藩的牺牲品。
圣祖对他们采取的政策，前赦而后治，不能不认为是言行不一，背信弃义。在战争进行中，圣祖千方百计地招抚，许以种种诺言，无论有多大“罪过”，概行宽免，一律不究，官复原职，待遇不变，甚至稍有微劳，即加官晋爵，极尽笼络之能事。他的目的，就是最大限度地孤立分化吴三桂，并借用他们的力量来消灭吴三桂。当他大功告成时，这些人已无使用价值；相反，又视此等曾从叛的人为心腹之患，痛恨起他们曾从恶反对朝廷，尤其对其首要分子和骨干不肯放过，必罗致罪名予以彻底消灭掉，才肯罢休！