由于杨嗣昌的督师，明朝政府在对农民起义的军事上有了一些起色，暂时还居于优势。到崇祯十三年夏秋之间，将张献忠和罗汝才为首的几支农民军逼到川东，四面围堵，大部分已经投降，罗汝才也正在准备投降，被张献忠及时阻止。张献忠为摆脱明军压力，拉着罗汝才奔往四川腹地。李自成销声匿迹，不再为人注意。然而这只是局部的表面现象。实际上，明朝政权从来没有像在崇祯十三年夏秋间陷入全面的深刻危机。从军事上来看，十三年来崇祯一直陷于既要对付大规模农民起义，又要对付日趋强大的清朝的军事压力。到了目前阶段，四川战事胜负未决，前途变化莫测，而山东、苏北、皖北、河北南部、四川北部和河南、陕西各地，到处有农民战争。山东西部、南部和徐州一带的农民大起义，严重威胁着明朝中央政权赖以生存的南北漕运①。在山海关外，崇祯为防备清兵再次南下，催促洪承畴指挥十几万大军向松山、杏山和塔山一带进兵，谋解锦州之围，但是军心不齐，粮饷补给困难，几乎等于是孤注一掷。从财政经济来看，长江以北的半个中国，尤其是黄河流域各省，由于长期战乱，官军纪律败坏，烧杀淫掠，官府横征暴敛，加上各种天灾人祸，农业生产受到极大破坏，人民死亡流离，往往村落为墟，人烟断绝。到了十三年夏秋之间，不但黄河中下游和淮河流域各省的旱灾和蝗灾特别惨重，而且朝廷所依赖的江南也发生了旱灾和蝗灾，苏州府等地粮价飞涨，城市中发生了多起抢粮风潮。在这种情况下，朝廷的军费开支反而增加，所以财政方面确实快到了山穷水尽地步。军事和财政经济两方面的严重危机，加深了朝廷上的政治危机，一方面表现为崇祯皇帝因借助军饷问题同皇亲、勋旧展开的明争暗斗，另一方面因对拯救危亡的看法不同，崇须同一些朝臣发生直接交锋。
①漕运——明代将江南大米和其他物资从运河运往北京，称为漕运，为朝廷生命所系。
对于当时明王朝所面临的空前危机，皇亲和勋；日这一个只讲究养尊处优的阶层感受最浅，而在朝臣中却有很多人比较清楚，有些人深为国事担忧。受全面危机的压力最大的是崇祯皇帝。现在他正在为克服这一可怕的危机而拼命挣扎，不过有时他还在幻想做一个“中兴之主”，口头上也时常这么说。尽管他不敢想，更不肯说有亡国可能，但这种深藏在心中的无限忧虑和时常泛起的悲观情绪使他更变得刚愎任性，心狠手辣，决不允许任何朝臣批评和阻碍他的行事。
抄家的上谕下了以后，锦衣卫和东厂自然是雷厉风行，趁机发财。住在京城的所有皇亲、勋旧越发兔死狐悲，人人自危。大地主官僚们也担心将来轮到向他们借助，都觉得皇帝未免太任性行事。但廷臣们都害怕皇上震怒，不敢进谏，只是冷眼看这事将如何结局。皇亲们却不能等待，赶快联名上了一封奏疏，恳乞皇上开恩，念李国瑞已死狱中，停止抄家，使其子存善袭爵，以慰孝定太后在天之灵。崇祯一向迷信鬼神，想到孝定太后，心中不免犹豫，打算借着十几家皇亲联名上疏求情的机会赶快转轘，暂停抄家。但过了半天，他想不出另外的措饷办法，各地军事形势又逼得他坐立不安，想来想去，还是决定寸步不让，非将这第一炮打响不可。他在奏疏上用朱笔批“留中”二字，扔向一旁，心中叹息说：“唉，你们这班皇亲国戚、勋旧世家，真是糊涂！你们的富贵自何而来？倘若朕的江山不保，你们不是也跟着家破人亡？皮之不存，毛将焉附！”他又暗恨薛国观，倘若不是他当时赞同向李国瑞头上开刀，另外想一个筹饷办法，何至于今日进退两难！
又过三天，他正在乾清宫中发闷，秉笔太监王承恩送来了一叠文书。他先看了几封奏疏，都是攻击杨嗣昌的，说了一些杨嗣昌的短处，认为他督师剿贼很难成功。其中有詹事府少詹事黄道周的一封奏疏，措词特别激烈。他抨击杨嗣昌加征练馆，引荐陈新甲做兵部尚书是为暗中同满洲议和准备，又攻击杨嗣昌继母死后没有回原籍奔丧守孝，而是“夺情视事”。崇祯看了前几封奏疏已经很生气，看了黄道周的奏疏更加愤怒，在心中恨恨地说：
“这个黄道周，才回京不久，竟敢上疏胡言，阻挠大计，博取清直敢言之名，殊为可恶！”
他没有批语，也没有心情再看别的奏疏，站起来来回走动，脚步特别沉重。忽然，他忍不住叹口气，说出一句话：
“朕的为国苦心，黄道周这班人何曾知道！”
黄道周和崇祯一样，一心要维护摇摇欲倒的明朝江山，但是他坚决反对崇祯的几项重大措施。他不敢直接批评皇帝，只好激烈地批评杨嗣昌的误国。他反对加征练饷，在一定程度上代表了中小地主阶级的利益，但中心目的是害怕朝廷为此而失尽人心，将广大没有造反的百姓逼迫到造反的路上。崇祯为同意加征练饷的事，在去年已引起朝议哗然，但这是出于形势所迫，好比明知是一杯鸩酒，也只好饮鸩止渴。崇祯在心里说：“你们这班朝臣，只会放空炮，没有一个人能想出更好的办法！”关于同清朝秘密议和的事，崇祯最忌讳有人说出，而偏偏黄道周在疏中公然抨击。崇祯一直认为：满