以化枉邪为善人，不仁者自当屏迹矣。何烦分辨党人，或恐有伤仁化。”司谏吴安诗、正言刘安世交章击纯仁党确，纯仁亦力求罢。
明年，以观文殿学士知颖昌府。逾年，加大学士、知太原府。其境土狭民众，惜地不葬。纯仁遣僚属收无主烬骨，别男女异穴，葬者三千余。又推之一路，葬以万数计。夏人犯境，朝廷欲罪将吏。纯仁自引咎求贬。秋，有诏贬官一等，徙河南府，再徙颖昌。
召还，复拜右仆射。因入谢，宣仁后帘中谕曰：“或谓卿必先引用王觌、彭汝砺，卿宜与吕大防一心。”对曰：“此二人实有士望，臣终不敢保位蔽贤，望陛下加察。”纯仁将再入也，杨畏不悦，尝有言，纯仁不知。至是，大防约畏为助，欲引为谏议大夫。纯仁曰：“谏官当用正人，畏不可用。”大防曰：“岂以畏尝言公邪？”纯仁始知之。后畏叛大防，凡有以害大防者，无所不至。宣仁后寝疾，召纯仁曰：“卿父仲淹，可谓忠臣。在明肃皇后垂帘时，唯劝明肃尽母道；明肃上宾，唯劝仁宗尽子道。卿当似之。”纯仁泣曰：“敢不尽忠。
宣仁后崩，哲宗亲政，纯仁乞避位。哲宗语吕大防曰：“纯仁有时望，不宜去，可为朕留之。”且趣入见，问：“先朝行青苗法如何？”对曰：“先帝爱民之意本深，但王安石立法过甚，激以赏罚，故官吏急切，以致害民。”退而上疏，其要以为“青苗非所当行，行之终不免扰民也”。
是时，用二三大臣，皆从中出，侍从、台谏官，亦多不由进拟。纯仁言：“陛下初亲政，四方拭目以观，天下治乱，实本于此。舜举皋陶，汤举伊尹，不仁者远。纵未能如古人，亦须极天下之选。”又群小力排宣仁后垂帘时事，纯仁奏曰：“太皇保佑圣躬，功烈诚心，幽明共监，议者不恤国事，一何薄哉。”遂以仁宗禁言明肃垂帘事诏书上之。曰：“望陛下稽仿而行，以戒薄俗。”
苏辙论殿试策问，引汉昭变武帝法度事。哲宗震怒曰：“安得以汉武比先帝？”辙下殿待罪，众不敢仰视。纯仁从容言：“武帝雄才大略，史无贬辞。辙以比先帝，非谤也。陛下亲事之始，进退大臣，不当如诃叱奴仆。”右丞邓润甫越次曰：“先帝法度，为司马光、苏辙坏尽。”纯仁曰：“不然，法本无弊，弊则当改。”哲宗曰：“人谓秦皇、汉武。”纯仁曰：“辙所论，事与时也，非人也。”哲宗为之少霁。辙平日与纯仁多异，至是乃服谢纯仁曰：“公佛地位中人也。”辙竟落职知汝州。
全台言苏轼行吕惠卿告词，讪谤先帝，黜知英州。纯仁上疏曰：“熙宁法度，皆惠卿附会王安石建议，不副先帝爱民求治之意。至垂帘之际，始用言者，特行贬窜，今已八年矣。言者多当时御史，何故畏避不即纳忠，今乃有是奏，岂非观望邪？”御史来之邵言高士敦任成都钤辖日不法事，及苏辙所谪太近。纯仁言：“之邵为成都监司，士敦有犯，自当按发。辙与政累年，之邵已作御史，亦无纠正，今乃继有二奏，其情可知。”
纯仁凡荐引人材，必以天下公议，其人不知自纯仁所出。或曰：“为宰相，岂可不牢笼天下士，使知出于门下？”纯仁曰：’但朝廷进用不失正人，何必知出于我邪？”哲宗既召章惇为相，纯仁坚请去，遂以观文殿大学士加右正议大夫知颖昌府。入辞，哲宗曰：“卿不肯为朕留，虽在外，于时政有见，宜悉以闻，毋事形迹。”徙河南府，又徙陈州。初，哲宗尝言：“贬谪之人，殆似永废。”纯仁前贺曰：“陛下念及此，尧、舜用心也。”
既而吕大防等窜岭表，会明堂肆赦，章惇先期言：“此数十人，当终身勿徙。”纯仁闻而忧愤，欲斋戒上疏申理之。所亲劝以勿为触怒，万一远斥，非高年所宜。纯仁曰：“事至于此，无一人敢言，若上心遂回，所系大矣。不然，死亦何憾。”乃疏曰：“大防等年老疾病，不习水土，炎荒非久处之地，又忧虞不测，何以自存。臣曾与大防等共事，多被排斥，陛下之所亲见。臣之激切，止是仰报圣德。向来章惇、吕惠卿虽为贬谪，不出里居。臣向曾有言，深蒙陛下开纳，陛下以一蔡确之故，常轸圣念。今赴彦若已死贬所，将不止一蔡确矣。愿陛下断自渊衷，将大防等引赦原放。”疏奏，忤惇意，诋为同罪，落职知随州。
明年，又贬武安军节度副使、永州安置。时疾失明，闻命怡然就道。或谓近名，纯仁曰：“七十之年，两目俱丧，万里之行，岂其欲哉？但区区之爱君，有怀不尽，若避好名之嫌，则无为善之路矣。”每戒子弟毋得小有不平，闻诸子怨章惇，纯仁必怒止之。江行赴贬所，舟覆，扶纯仁出，衣尽湿。顾诸子曰：“此岂章惇为之哉？”既至永，韩维责均州，其子诉维执政日与司马光不合，得免行。纯仁之子欲以纯仁与光议役法不同为请，纯仁曰：“吾用君实荐，以至宰相。昔同朝论事不合则可，汝辈以为今日之言，则不可也。有愧心而生者，不若无愧心而死。”其子乃止。
居三年，徽宗即位，钦圣显肃后同听政，即日授纯仁光禄卿，分司南京，邓州居住。遣中使至永赐茶药，谕曰：“皇帝在藩邸，太皇太后在宫中，知公先朝言事忠直，今虚相位以待，不知目疾如何