员带护驾御林军，少说也有好几万人，浩浩荡荡一大队人马过境，沿途各省府州县职官司员都要界接界送、提供食宿，百姓还要黄土铺路、香案跪迎，实在是劳民伤财之举。为免扰官劳民之讥，朱厚熜决定，今次谒陵不走陆路，改走水路，自通州乘船沿京杭大运河溯流而上。虽是逆行，龙舟势必会走得很慢，但因夏季运河水丰，加之如今漕运改为冬季启运，漕河上往来的多是商船，虽然也会影响交通，但比之走陆路，开支还是能节省许多。
装点龙舟、准备祭礼所用物品诸事都非同小可，更是半点也马虎不得，但皇上圣议已决，又是拜谒祖宗陵寝这么大的事情，大明王朝的国家机器就得飞快地运转起来，礼部、工部有司前后忙乎了近半个月才算准备停当。六月五日，在三千御林军的护卫下，朱厚熜带着张茂、严嵩、马宪成等几十位随行文武大臣，浩浩荡荡开赴通州，接受了留守京师的官员拜别，自此登船起帆，前往江南。
同日，御前办公厅协办高拱、秘书张居正，锦衣卫副指挥使、北镇抚司镇抚杨尚贤，千户高振东、谢宇翔等人走陆路，前期前往南京。这些天子近臣、锦衣卫太保们为何不随龙舟船队出发，皇上并未明发上谕，大概是派他们去打前站，检查谒陵诸事准备情况。
刚刚走出通州，皇上又派吕芳乘坐小船，到紧随龙舟之后的张茂、严嵩和马宪成三人的坐船上传口谕，言说船行河上，来往很不方便，免了他们早晚请安之礼；内阁转呈公文奏疏，若非万不得已的重大事项，就由三人斟酌拟办，发回内阁施行；沿途驻锚之时，若有地方官员恳请陛见，也由三位朝廷辅弼重臣代为接见。严嵩诚惶诚恐，力谏曰人臣之礼旦夕不可偏废，更不敢僭越代天子料理朝政、接见外臣。张茂和马宪成也都是持同样的观点，甚或当即就要联袂登上龙舟，当面恳请皇上收回成命。
吕芳见三人坚辞不受命，面露难色，犹豫再三，似乎有隐情不便明说。严嵩见状，忙屏退左右。吕芳才悄声对他们说，其实这只是一个说辞，其实皇上是考虑到当年江南叛乱惊动祖宗陵寝，其后处置藩王宗亲也太过忍心，至今数千朱明皇族子孙还流落海外，虽则事出有因，本意是为了大明江山社稷的万世治安，但仍觉得愧对祖宗，于是决定在龙舟上斋戒清修，求得祖宗宽恕。因此举难免招致朝野内外“优游怠政”之讥，又会令人疑心皇上再度改弦更张，重新迷恋修道成仙，是以万不能为旁人所知，若非三位大人都是皇上一向最信得过的耿忠之臣，咱家也不敢随便对三位大人说这些……
当年嘉靖帝尊崇道教，迷恋方术，动辄就要斋戒清修，十天半月乃至一两个月都不理朝政，更不见外臣，张、严、马三位朝廷重臣早已对此见怪不惊，加之探知了皇上内心深处的秘密，就有为君父保密之责，赶紧跪领上谕，并委托吕芳得便处多多劝慰皇上，逆贼辜恩背主，觊觎大位，谋逆倡乱，动摇国基，惊动祖宗陵寝，其罪之大，实难名状。纵然皇上不以国法穷治其罪，他们也必遭天谴，身死非命，更何况皇上只是将他们贬谪充军，远适海外，还准许他们三代之后归国，这已经是浩荡天恩。而皇上膺天明命，即位大宝，宵衣旰食，孜孜求治，施行善政泽被苍生，整饬军备威加四海，中兴伟业之成效昭昭，已为天人同感共知，我大明列祖列宗在天之灵也必定深感欣慰，皇上且不必自责过甚……