盛宴上所发生的那一段不愉快的小插曲，丝毫没有影响东海舰队全军汇合的欢乐气氛，三日之后，东海舰队按计划举行了整军大典，营团军前军与河南卫所军正式编入东海舰队，按照皇上钦定的新式军制，两军被整编为东海舰队陆战队第一师和第二师。
嘉靖二十四年五月，朝廷组建平叛军挥师南下平叛，朱厚熜便命内阁会同兵部商议制订全国军制改革方略，兹事体大，分管军务的次辅李春芳和兵部尚书曾铣等有司官员遵循圣意拿出了方略，又数易其稿之后，发九边军镇征询意见并呈报本镇改制具体方案。九边军镇遵上谕将拟改方案陆续报来，经兵部审阅之后呈送御览。各镇边帅熟知兵事，明白政令统一，如臂使指的道理，对重建指挥体系并无异议，但都认为，军、师、旅、团、营、连、排、班各级军官将佐皆称为某长，恐引起混淆，奏请朝廷仍保留原有官名称谓。就连作为明军军制改革试点的禁军各部，也还是沿袭了指挥使、统领等旧称。
对于这些因循守旧的军将，朱厚熜也没有办法让他们明白这不只是一个称谓问题，而是明军迈向正规化的第一大步，只好睁一只眼闭一只眼。不过，如今新组建的东海舰队算是重打锣鼓另开张，自然也就不能再船行旧路。为此，朱厚熜特下圣谕，着令兵部与五军都督府任命营团军前军正副统领曹闻道和林健分别为第一师正副师长，河南卫所军统领钱文义为第二师师长，其他各级军官将佐分别改任旅、团、营、连、排、班长，总算是了却了心头一个夙愿。
与此同时，东海舰队也按照新式军制，将全军整编为第一、第二、第三分舰队，并遵照上谕，自此而始，所有战船不再称“战船”，改称为“军舰”，按照职能确定名称，如战船就称为“战舰”，粮船就称为“补给舰”等等。与之相适应的是，各船管带改称“舰长”，船上各级军官将佐也按各自所司之职确定官衔称谓，如副舰长、水手长、火炮长等等。
但是，舰队提督、分舰队统领官衔称谓保持不变，这是朱厚熜再次向迂腐陈旧的传统观念做出的妥协和让步。
其实，按朱厚熜原来的想法，从舰队到分舰队，各级指挥官应该一律改称“司令”，这才是他心目中的现代化的海军。但在他钦定的新式军制中，已将明军编制定为军、师、旅、团、营、连、排、班八级建制，并明确提出，国家承平之时，军即为最高军事单位，统由兵部直管；战时可根据需要，增设兵团，下辖数军；数个兵团可合并为一个野战军或方面军，只有军级以上的兵团和方面军首长才能称为“司令”。若将一个分舰队的指挥官就称为司令，明军的官阶品秩容易引起混乱，更难免会引起其他各军的嫉妒甚至不快。
此外，当初议定军制改革之时，内阁分管兵部的次辅李春芳就曾对“司令”这一称谓提出疑义，朱厚熜振振有辞地解释说：“所谓‘司令’之‘司’便是执掌、掌握之意；‘令’乃是朝廷之令之意，也便是说方面军、兵团之长乃是奉朝廷之令执掌所部兵马。司令司令，有令才有司，无令便无司，所司之事不过令也！朕以此为名，旨在提醒、告诫为将为帅之人不可忘记朝廷之令而挟军自用。”这样的说法当时把李春芳糊弄过去了，但从现在看来，却是作茧自缚——一个小小的分舰队，自然不必由内阁或兵部直接下令，而没有朝廷之“令”，他们还“司”个什么？
考虑再三，朱厚熜还是觉得现在还没到能将明军分拆为陆军、海军两大军种的时候，为了与其他各军保持一致，不致招来过多的非议和指责，惹出不必要的麻烦，他不得不搞出了这么一个土洋结合、古今混用的大杂烩，如同九边重镇统军大将仍称总兵一样。
不过，朱厚熜力排众议，命兵部下令东海舰队，摒弃了原来以天干地支为每条战船命名编号的作法，授予每条军舰船名，新的船名采用南北两京、中都凤阳及一十三省省府、治下各大城市之名。其中，第一分舰队旗舰——也是东海舰队提督戚继光的旗舰——被授予“镇远号”；第二、第三分舰队旗舰则分别被授予“抚远号”和“定远号”之名。
东海舰队各条战船——如今应改称为“战舰”了——都装备有兵工总署军器局专为战船研制的神龙炮。这两年里，兵工总署军器局在御制神龙炮的启发下，研制和制造火器的技术水平有了长足的进步，为海军研制的舰炮不但比各军神机营所用的御制神龙炮威力更大、射程更远，还更为轻巧。即便如此，朱厚熜仍担心，让他们为舰炮设计了导规，解决了火炮发射后的复位问题。此外，各条战舰从船头到侧舷，吃水线以上都被覆有半寸来厚的铁板，虽说还不能称之为铁甲舰，经军器局的反复测试，防备佛朗机炮还是没有问题的。
如今，又有斗大的镏金铜字钉在各船船头，在阳光下闪闪发光，显得煞是威风。东海舰队有如此坚船利炮，全军将士们无不兴奋莫名。
其实，朱厚熜早就提出此议，兵部遵照上谕，草拟了一系列船名上呈御览，供皇上圣裁决断，有“龙骧”、“虎贲”、“镇远”、“抚远”、“扬威”等等，个个都是无比响亮，令前来京城参加军事检讨会的