戚继光看得血脉贲张，满心以为皇上定会欣然同意，立刻颁旨允行。可是，圣旨却迟迟未发下来，令兵部和戚继光都为之提心吊胆。
原来，一看到“镇远”、“抚远”这样的名字，朱厚熜立刻就联想到了历史上那令人扼腕痛惜、更为之悲愤不已的北洋水师，为此，他陷入了矛盾之中——一方面，中日甲午海战，北洋水师全军覆没，而组建东海舰队，一是为了平定倭寇，二来也是为了日后远征曰本，用北洋水师的名称就显得不大吉利；另一方面，他非常想以此为东海舰队命名，来剿灭倭寇、远征曰本的胜利纪念为了保卫祖国而奋勇杀敌，壮烈牺牲的中国第一代海军邓世昌等人。不过，犹豫了许久，更经过了激烈的思想斗争，朱厚熜还是抛弃了封建迷信的思想，决定采用兵部拟订的那些名字，并特别将“镇远”、“抚远”和“定远”这三个名字赐给了东海舰队的三支分舰队的旗舰。
作为被皇上一手简拔并悉心培养的青年将领，戚继光自然不敢妄加揣测皇上的心意，只以为皇上是对东海舰队的战力仍不放心，担心“盛名之下，其实难副”，倍感肩头责任重大，因而在奉旨觐见之时，慷慨激昂地表示深受浩荡天恩，自当以身许国，不平倭乱愿意以死谢罪。朱厚熜知道他会错了意，却也不点破其中原委，而是勉励他化压力为动力，从战略上藐视敌人，在战术上重视敌人，务必督率全军从速剿灭长期为祸大明海疆的倭寇海盗。
要将东海舰队整编为理想中的那支能纵横四海的海军，可不只是改变官衔称谓和给军舰命名这么简单，朱厚熜已责令兵部会同五军都督府在着手制订《明军条令》的同时，谋划制订一部《大明海军条令》，包括指挥条令、作战条令、内务条令等等。
当然，朱厚熜也知道，制订条令是关系着大明军队正规化建设的头等大事，当然不能一蹴而就，又是开天辟地头一回，没有任何旧制成例可供参考，难度可想而知，兵部和五军都督府领旨为明军制定条令，商议多次仍不得要领便是明证。加之朱厚熜也不是职业军人出身，只知道有条令这么回事，具体什么内容却说不出个所以然来，只好让他们先根据自己的想法弄出一个草案，发禁军及九边督抚将帅广泛征求意见，做进一步修改完善之后再颁行全军。五军都督府所有将领皆出身于步骑之军，为目前仍被笼统称之为“明军”其实是陆军的明军制定条令尚且如此之难，更不用说是为前所未有的海军制定条令了。
不过，为海军制定一部新的军功奖惩条例倒是相对容易一些。针对水战需要全舰人员齐心协力、密切配合，而不是象步骑之战一样，可以单打独斗，凭借一己之力冲锋陷阵的特点，朱厚熜指示兵部会同五军都督府在制订《大明海军军功奖惩条例》之时，不再采用明军以斩首多少为核定军功唯一标准的一贯作法，而是以军舰为单位，以击沉、击伤敌方船只数核定军功。大致分为三等：一、击沉敌舰一艘，除了按照敌舰舰只类型和舰上之敌人数赏银之外，还可在船头上钉一颗铜制实心五角星；满五颗星，全舰官兵同升一级；满十颗星授予“王牌战舰”荣誉称号，舰长亦授“王牌舰长”荣誉称号。二、击伤敌舰一艘并迫使其退出战斗，可钉一颗铜制空心五角星，两颗空心五角星等若一颗实心五角星，累计受赏。三、俘虏敌舰等同击沉，并根据船只类型加赏数额不等的赏银。
此外，《大明海军军功奖惩条例》之中还特别提出，所有“王牌战舰”退出现役之后，要永久陈列于各处军事博物馆或海军学堂，供后世之人瞻仰；所有“王牌舰长”的画像入海军名人堂陈列，功勋卓著者的名字还将被命名为军舰的名字，以纪念他们为大明海军正规化建设和保卫祖国海疆做出的巨大贡献，激励后辈追思前贤，效命家国，纵横四海，扬威域外。